PDB-4v0u: The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v0u

タイトル

The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex

要素

ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B
SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

キーワード

MOTOR PROTEIN/HYDROLASE / MOTOR PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RAF activation / PTW/PP1 phosphatase complex / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein phosphatase type 1 complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids ...Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RAF activation / PTW/PP1 phosphatase complex / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein phosphatase type 1 complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / protein phosphatase regulator activity / cytoskeletal motor activator activity / protein serine/threonine phosphatase activity / ER overload response / glycogen metabolic process / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / troponin I binding / filamentous actin / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / mesenchyme migration / phosphatase activity / actin filament bundle / microtubule organizing center / cleavage furrow / actin filament bundle assembly / negative regulation of protein phosphorylation / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / blastocyst development / stress fiber / skeletal muscle fiber development / protein dephosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / titin binding / actin filament polymerization / response to endoplasmic reticulum stress / filopodium / actin filament / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / response to hydrogen peroxide / kinetochore / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron differentiation / calcium-dependent protein binding / regulation of translation / lamellipodium / presynapse / cell body / midbody / spermatogenesis / dendritic spine / mitochondrial outer membrane / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / nuclear speck / protein domain specific binding / cell division / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / protein kinase binding / nucleolus / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

HOMO SAPIENS (ヒト)

ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 7.88 Å

データ登録者

Chen, R. / Yan, Y. / Casado, A.C. / Ron, D. / Read, R.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: G-actin provides substrate-specificity to eukaryotic initiation factor 2 alpha holophosphatases.
著者: Chen, R. / Rato, C. / Yan, Y. / Crespillo-Casado, A. / Clarke, H.J. / Harding, H.P. / Marciniak, S.J. / Read, R.J. / Ron, D.

履歴

登録	2014年9月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v0u.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v0u.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v0vC 4v0wC 4v0xC 4biyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4v0w-1 5j28-2 1ikg-d 1hvb-d 5j28-1 1nar-d 5ioh-1 3amc-1 5yqt-1 4mhb-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (9) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

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PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (9)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (9)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (6)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (3)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

B: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

C: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

E: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

F: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

G: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

H: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

I: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

J: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

K: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

L: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

M: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

N: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

O: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

450 kDa, 15 ポリマー
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1

J: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

K: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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2

F: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

G: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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3

N: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

O: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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4

H: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

I: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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5

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

E: PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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6

A: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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7

B: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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8

C: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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9

L: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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10

M: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.910, 149.930, 318.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	1 - 375	1 - 375
2	1	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	1 - 375	1 - 375
1	2	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	1 - 375	1 - 375
2	2	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	1 - 375	1 - 375
1	3	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	1 - 375	1 - 375
2	3	ASP	ASP	PHE	PHE	L	L	1 - 375	1 - 375
1	4	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	1 - 375	1 - 375
2	4	ASP	ASP	PHE	PHE	M	M	1 - 375	1 - 375
1	5	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	1 - 375	1 - 375
2	5	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	1 - 375	1 - 375
1	6	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	1 - 375	1 - 375
2	6	ASP	ASP	PHE	PHE	L	L	1 - 375	1 - 375
1	7	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	1 - 375	1 - 375
2	7	ASP	ASP	PHE	PHE	M	M	1 - 375	1 - 375
1	8	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	1 - 375	1 - 375
2	8	ASP	ASP	PHE	PHE	L	L	1 - 375	1 - 375
1	9	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	1 - 375	1 - 375
2	9	ASP	ASP	PHE	PHE	M	M	1 - 375	1 - 375
1	10	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	7 - 300	7 - 300
2	10	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	7 - 300	7 - 300
1	11	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	7 - 300	7 - 300
2	11	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	7 - 300	7 - 300
1	12	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	7 - 300	7 - 300
2	12	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	7 - 300	7 - 300
1	13	LEU	LEU	GLU	GLU	D	D	7 - 300	7 - 300
2	13	LEU	LEU	GLU	GLU	N	N	7 - 300	7 - 300
1	14	LYS	LYS	ARG	ARG	E	E	639 - 658	14 - 33
2	14	LYS	LYS	ARG	ARG	G	G	639 - 658	14 - 33
1	15	LYS	LYS	ARG	ARG	E	E	639 - 658	14 - 33
2	15	LYS	LYS	ARG	ARG	I	I	639 - 658	14 - 33
1	16	LYS	LYS	ARG	ARG	E	E	639 - 658	14 - 33
2	16	LYS	LYS	ARG	ARG	K	K	639 - 658	14 - 33
1	17	LYS	LYS	ARG	ARG	E	E	639 - 658	14 - 33
2	17	LYS	LYS	ARG	ARG	O	O	639 - 658	14 - 33
1	18	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	7 - 300	7 - 300
2	18	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	7 - 300	7 - 300
1	19	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	7 - 300	7 - 300
2	19	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	7 - 300	7 - 300
1	20	LEU	LEU	GLU	GLU	F	F	7 - 300	7 - 300
2	20	LEU	LEU	GLU	GLU	N	N	7 - 300	7 - 300
1	21	LYS	LYS	ARG	ARG	G	G	639 - 658	14 - 33
2	21	LYS	LYS	ARG	ARG	I	I	639 - 658	14 - 33
1	22	LYS	LYS	ARG	ARG	G	G	639 - 658	14 - 33
2	22	LYS	LYS	ARG	ARG	K	K	639 - 658	14 - 33
1	23	LYS	LYS	ARG	ARG	G	G	639 - 658	14 - 33
2	23	LYS	LYS	ARG	ARG	O	O	639 - 658	14 - 33
1	24	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	7 - 300	7 - 300
2	24	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	7 - 300	7 - 300
1	25	LEU	LEU	GLU	GLU	H	H	7 - 300	7 - 300
2	25	LEU	LEU	GLU	GLU	N	N	7 - 300	7 - 300
1	26	LYS	LYS	ARG	ARG	I	I	639 - 658	14 - 33
2	26	LYS	LYS	ARG	ARG	K	K	639 - 658	14 - 33
1	27	LYS	LYS	ARG	ARG	I	I	639 - 658	14 - 33
2	27	LYS	LYS	ARG	ARG	O	O	639 - 658	14 - 33
1	28	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	7 - 300	7 - 300
2	28	LEU	LEU	GLU	GLU	N	N	7 - 300	7 - 300
1	29	LYS	LYS	ARG	ARG	K	K	639 - 658	14 - 33
2	29	LYS	LYS	ARG	ARG	O	O	639 - 658	14 - 33
1	30	ASP	ASP	PHE	PHE	L	L	1 - 375	1 - 375
2	30	ASP	ASP	PHE	PHE	M	M	1 - 375	1 - 375

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.253283, -0.62016, -0.742461), (-0.616221, -0.695062, 0.370351), (-0.745734, 0.363717, -0.558203)	157.756, -62.9053, 319.872
2	given	(-0.357962, 0.552242, 0.752922), (-0.480153, -0.80044, 0.358816), (0.800822, -0.233075, 0.551688)	150.394, -84.1798, 4.60396
3	given	(-0.552648, -0.78661, -0.275363), (-0.77894, 0.370026, 0.506293), (-0.296364, 0.494293, -0.817216)	108.916, 7.62283, 176.162
4	given	(-0.44035, 0.781556, -0.441886), (0.839478, 0.183879, -0.511336), (-0.318384, -0.59612, -0.73707)	248.8, -90.1695, 168.491
5	given	(0.129235, -0.499968, -0.856347), (-0.532237, -0.763626, 0.365512), (-0.836673, 0.408542, -0.364789)	191.502, -76.3136, 311.747
6	given	(-0.152449, 0.558474, 0.815393), (-0.4881, -0.759942, 0.429238), (0.85937, -0.332556, 0.388444)	123.255, -87.7376, 4.99855
7	given	(0.563868, -0.656766, 0.500711), (0.804794, 0.300893, -0.511634), (0.185364, 0.691463, 0.698225)	53.4284, -78.0983, 167.607
8	given	(-0.536937, 0.665099, -0.518981), (0.826588, 0.291767, -0.481273), (-0.168673, -0.687397, -0.706424)	251.33, -82.022, 149.727
9	given	(0.131613, -0.497661, -0.857328), (-0.528488, -0.766921, 0.364051), (-0.838677, 0.405174, -0.363945)	191.405, -76.5921, 311.843
10	given	(-0.152893, 0.563352, 0.811947), (-0.494287, -0.755046, 0.430797), (0.855748, -0.335469, 0.393899)	123.843, -86.6609, 4.97868
11	given	(0.562751, -0.657403, 0.501131), (0.804593, 0.296581, -0.51446), (0.189582, 0.69272, 0.695843)	53.4441, -78.0947, 167.638
12	given	(-0.539318, 0.665523, -0.515961), (0.825769, 0.297872, -0.478934), (-0.165051, -0.684362, -0.710216)	251.371, -81.4234, 150.009

-
タンパク質 , 3種, 15分子 ABCLMDFHJNEGIKO

#1: タンパク質	ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE / ALPHA-ACTIN-1 / ACTIN 分子量: 41862.613 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 3-377 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT / PP-1G / PROTEIN PHOSPHATASE 1C CATALYTIC SUBUNIT / PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT 分子量: 37030.777 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 1-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P63087, protein-serine/threonine phosphatase
#3: タンパク質	PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B 分子量: 10185.355 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 631-701 / 由来タイプ: 組換発現詳細: TRUNCATED HUMAN PPP1R15B INCLUDING RESIDUES OF 631-701G 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5SWA1

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物	ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B / ラトルンクリンB 分子量: 395.513 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉NO₅S / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.17 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 7.88→82.79 Å / Num. obs: 5111 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 7.88→8.08 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CCP4I		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BIY AND STRUCTURE OF MOUSE PP1G IN COMPLEX WITH TRUNCATED HUMAN PPP1R15B INCLUDING 631-660

4biy

解像度: 7.88→82.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.647 / SU ML: 7.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 7.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.39976	290	5.4 %	RANDOM
R_work	0.37024	-	-	-
obs	0.3718	5111	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 388.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.46 Å²	0 Å²	-19.35 Å²
2-	-	-1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 7.88→82.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26765	0	300	0	27065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	27695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.024	0.02	26035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.98	37560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.337	3	60145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.432	5	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.658	24.008	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.608	15	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.999	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	30935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.101	14.969	13550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.101	14.969	13549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.888	22.449	16905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.751	14.661	14145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	23615	0.02
1	2	A	23615	0.02
2	1	B	23611	0.02
2	2	C	23611	0.02
3	1	B	23612	0.02
3	2	L	23612	0.02
4	1	B	23608	0.02
4	2	M	23608	0.02
5	1	A	23612	0.02
5	2	C	23612	0.02
6	1	A	23616	0.02
6	2	L	23616	0.02
7	1	A	23609	0.02
7	2	M	23609	0.02
8	1	C	23622	0.02
8	2	L	23622	0.02
9	1	C	23616	0.02
9	2	M	23616	0.02
10	1	D	19463	0
10	2	F	19463	0
11	1	D	19460	0
11	2	H	19460	0
12	1	D	19462	0
12	2	J	19462	0
13	1	D	19464	0
13	2	N	19464	0
14	1	E	818	0.02
14	2	G	818	0.02
15	1	E	818	0.02
15	2	I	818	0.02
16	1	E	817	0.02
16	2	K	817	0.02
17	1	E	817	0.01
17	2	O	817	0.01
18	1	F	19462	0
18	2	H	19462	0
19	1	F	19460	0
19	2	J	19460	0
20	1	F	19461	0
20	2	N	19461	0
21	1	G	819	0
21	2	I	819	0
22	1	G	818	0
22	2	K	818	0
23	1	G	818	0
23	2	O	818	0
24	1	H	19460	0
24	2	J	19460	0
25	1	H	19456	0
25	2	N	19456	0
26	1	I	818	0
26	2	K	818	0
27	1	I	818	0
27	2	O	818	0
28	1	J	19461	0
28	2	N	19461	0
29	1	K	817	0
29	2	O	817	0
30	1	L	23619	0.02
30	2	M	23619	0.02

LS精密化シェル

解像度: 7.88→8.083 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	15	-
R_work	0.372	371	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8641	-0.0656	2.8092	2.5183	2.7459	6.3017	0.5389	0.6812	1.581	-0.0397	-0.1411	0.1767	0.6136	-0.5469	-0.3978	1.7034	0.0516	-0.2487	2.4212	-0.0828	1.7246	128.3236	-33.3945	140.1785
2	3.5509	2.5076	0.372	4.0066	3.4303	5.423	0.2784	-0.0919	-0.1994	0.3281	-0.6997	0.3544	0.1219	0.5112	0.4214	0.3376	-0.0423	-0.4839	2.9193	0.2436	1.8095	108.3632	-67.6153	133.0862
3	2.0271	-0.3083	2.98	0.1852	-0.1864	8.163	-0.4749	0.5778	-0.7597	0.0106	-0.7322	0.0318	-0.111	0.0596	1.2072	3.1347	0.0254	-0.5326	3.1922	0.6046	2.8057	92.0923	-84.4434	76.3979
4	5.5928	2.6481	-1.7358	6.2246	-3.3442	3.8833	0.3509	0.22	-0.1645	-0.3054	-0.3114	-0.357	-0.6936	-0.1423	-0.0394	0.9719	-0.2847	0.2415	1.8639	-0.1365	1.9309	143.1195	-69.6653	176.3877
5	196.2292	-75.921	190.5692	29.9011	-79.7306	257.6356	-13.4551	10.6909	3.829	4.3931	-3.3173	-2.8168	-3.3485	-0.5178	16.7724	4.329	-2.4707	2.154	2.4775	-1.1669	4.6895	139.3919	-86.6912	173.588
6	7.5674	0.5432	-2.0749	8.55	6.2978	8.1479	0.0219	0.3979	0.7639	0.4092	0.3209	0.6377	-0.6904	0.0754	-0.3428	1.8323	-0.0857	-0.2682	2.4361	0.3703	2.3799	103.4577	-36.1868	93.2407
7	53.8604	-35.1874	119.2053	65.6156	-56.356	281.2037	-1.772	1.4081	-2.8199	0.6472	4.8718	-1.6647	-6.9086	5.802	-3.0998	1.9282	0.9097	-0.9087	2.0732	0.5541	5.5749	114.4381	-22.3937	91.2354
8	0.7973	-1.1887	-0.2743	10.5188	0.9282	3.7095	0.1105	0.8312	-0.4268	0.0182	-0.1263	-0.5118	0.9582	0.6888	0.0158	1.8408	0.291	-0.0908	3.4812	-0.4974	2.5859	135.4437	-59.6434	90.5279
9	124.0512	-20.482	24.6585	6.2398	-13.2576	35.5966	5.3803	3.5526	-14.2467	-1.7961	-1.9738	1.7085	2.3408	4.3936	-3.4065	5.0763	-0.9955	2.8493	4.4138	2.1524	7.834	141.9271	-47.7922	79.0307
10	8.5344	1.3477	-0.2335	10.9911	-2.6626	11.1258	-0.4636	0.6645	-0.109	0.1812	0.1537	-0.4007	-1.4592	-0.7563	0.3099	1.8999	0.2342	-0.7297	1.9065	-0.1393	2.386	58.9905	-50.293	46.7247
11	4.5653	-12.123	-10.0158	38.9767	10.8991	90.0014	0.2776	-0.605	-1.9555	1.8939	4.4492	4.8426	-11.3848	-1.5546	-4.7268	3.5814	-1.3648	1.2505	3.6143	-1.0817	3.9031	42.5887	-54.926	51.6303
12	1.0145	2.5863	-1.1364	7.3326	-3.7187	2.2605	0.1704	-0.4584	0.729	1.876	0.2316	1.2153	-1.5727	-1.4591	-0.402	3.9667	1.4919	-1.3138	5.1162	0.0319	2.7901	31.8902	-48.2274	3.2933
13	3.3704	-3.192	2.0013	3.2992	-1.8061	1.5049	-0.3062	1.0691	1.2568	-0.4857	-0.7409	-1.7803	-1.1277	0.3875	1.0471	4.2942	-1.5557	0.2961	6.5541	-0.5277	2.5764	109.7307	-66.8467	45.0708
14	9.6876	-2.7049	-1.1797	5.8122	-1.0681	3.7077	0.0394	0.7271	-1.0717	-0.7734	-0.3919	0.5814	0.5214	0.1579	0.3526	2.9671	-0.2923	-0.4968	2.36	-0.4305	1.9373	63.8244	-86.6995	31.3752
15	6.0991	-9.0445	-4.382	13.7164	6.5875	3.205	-0.4806	-0.1591	1.3426	0.2862	1.1385	-0.6952	0.0109	0.7931	-0.658	4.4349	-5.3022	-1.08	8.9156	2.6167	6.0505	52.1609	-92.2332	43.5458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 1377
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 1377
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 1377
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	639 - 658
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	639 - 658
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	639 - 658
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	7 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	639 - 658
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 1377
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	1 - 1377
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	7 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	639 - 658

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)