[日本語] English
万見
- PDB-1nar: CRYSTAL STRUCTURE OF NARBONIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nar
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NARBONIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素NARBONIN
キーワードPLANT SEED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase-like / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vicia narbonensis (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hennig, M. / Schlesier, B. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of narbonin at 1.8 A resolution.
著者: Hennig, M. / Pfeffer-Hennig, S. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Schlesier, B. / Nong, V.H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: A Tim Barrel Protein without Enzymatic Activity? Crystal Structure of Narbonin at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Hennig, M. / Schlesier, B. / Dauter, Z. / Pfeffer, S. / Betzel, C. / Hoehne, W.E. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Narbonin, a 2S Globulin from Vicia Narbonensis L. Crystallization and Preliminary Crystallographic Data
著者: Hennig, M. / Schlesier, B. / Pfeffer, S. / Hoehne, W.E.
履歴
登録1993年9月10日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NARBONIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1401
ポリマ－33,1401
非ポリマー00
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.900, 75.500, 50.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: GLY 38 - PHE 39 OMEGA = 9.34 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO 139
3: TRP 261 - ASN 262 OMEGA = 12.67 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

-
要素

#1: タンパク質 NARBONIN


分子量: 33140.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicia narbonensis (マメ科) / 参照: UniProt: Q08884
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE WAS DETERMINED BY INTERPRETATION OF THE ELECTRON DENSITY (REF. 1). FOR ...THE AMINO ACID SEQUENCE WAS DETERMINED BY INTERPRETATION OF THE ELECTRON DENSITY (REF. 1). FOR FINAL REFINEMENT THE SEQUENCE WAS CORRECTED AT SEVERAL POSITIONS USING CDNA AND GENOMIC SEQUENCE: SEQUENCE ENTRIES XEMBL: VNNAF6NB, VNNAG2NB, VNNAN21NB.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化
*PLUS
pH: 9.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
30.45 M1dropNaCl
40.1 MTris-HCl1reservoir(pH 7.2)
5acetic acid1reservoirsome drops

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 27227 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 124224 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.078

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.159 27227
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 0 513 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0880.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8351
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4331.4
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2142.1
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.3842.1
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1750.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.230.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor17.543
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.9815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor22.0120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 27227 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21 Å2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る