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- PDB-4mhb: Structure of a putative reductase from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhb
タイトルStructure of a putative reductase from Yersinia pestis
要素Putative aldo/keto reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha and beta protein / TIM beta/alpha barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbic acid biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / aldose reductase (NADPH) activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldo/keto reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Kwon, K. / Rembert, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative reductase from Yersinia pestis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Kwon, K. / Rembert, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative aldo/keto reductase
B: Putative aldo/keto reductase
C: Putative aldo/keto reductase
D: Putative aldo/keto reductase
E: Putative aldo/keto reductase
F: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,44448
ポリマ－204,4106
非ポリマー4,03542
水30,3011682
1
A: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8379
ポリマ－34,0681
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6457
ポリマ－34,0681
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8379
ポリマ－34,0681
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6457
ポリマ－34,0681
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7418
ポリマ－34,0681
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7418
ポリマ－34,0681
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子

D: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,48116
ポリマ－68,1372
非ポリマー1,34514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456x-1/2,-y+1/2,-z+5/41
Buried area3650 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
8
F: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子

B: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,38515
ポリマ－68,1372
非ポリマー1,24913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-y+1/2,x-1/2,z-1/41
Buried area3450 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
9
C: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子

E: Putative aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,57717
ポリマ－68,1372
非ポリマー1,44115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_644-y+3/2,x-1/2,z-1/41
Buried area3790 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.746, 128.746, 277.614
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-619-

HOH

31D-438-

HOH

41D-598-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

-
要素

#1: タンパク質
Putative aldo/keto reductase / Uncharacterized protein


分子量: 34068.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM 10+ / 遺伝子: aRA11, y1125, YP_1162, YPO2805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q7CJX8, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.3M Ammonium Sulphate, 3.2% Jeffamine ED-2001, 10mM Ethanole, 100mM HEPES, 2% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 233672 / Num. obs: 232270 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.75-1.816.20.7842.46231261100
1.81-1.896.20.5543.54230681100
1.89-1.976.20.3755.03231271100
1.97-2.076.20.2567.12231881100
2.07-2.26.20.189.86231471100
2.2-2.386.213.312.8423278199.9
2.38-2.616.210.315.523314199.9
2.61-2.996.17.919.123310199.5
2.99-3.7764.927.2123243198.5
3.77-505.6431.0223469196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1101精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→36.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7531 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / σ(I): 2.5 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 10112 5 %random
Rwork0.1779 ---
obs0.1791 231535 99.1 %-
all-233685 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.31 Å2 / Biso mean: 27.75 Å2 / Biso min: 10.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13451 0 210 1682 15343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01613961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43518940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1142048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5435060
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.810.298111470.2638721875972294399.2
1.81-1.880.261311530.2316726576472304299.8
1.88-1.970.231811550.2082730876942304799.7
1.97-2.070.210411580.183729576772311099.6
2.07-2.20.206811540.1671731076952312799.8
2.2-2.370.197911590.1631728476702318699.6
2.37-2.610.20511640.1675730576902327099.7
2.61-2.990.20311660.1688730176862328699.4
2.99-3.770.185911550.1692728276672319298.3
3.77-36.40.185611600.1739731276982335095.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60261.81090.05042.5113-1.21028.28810.1237-0.1822-0.09750.0318-0.1412-0.2530.0974-0.01610.05190.10790.0077-0.06670.20660.01560.247162.050930.2205152.8335
20.80590.12270.23871.0856-0.461.22560.0627-0.0487-0.03280.0967-0.0305-0.115-0.02260.0759-0.02520.1159-0.0085-0.0310.13790.00040.169361.188441.6207151.6448
31.50550.32980.46271.8005-0.6732.86850.0945-0.1987-0.17990.1699-0.025-0.08830.0881-0.1612-0.0440.1492-0.0101-0.03350.14160.00930.186150.928921.9749152.4138
40.61730.456-0.1662.4494-0.14270.19530.03960.078-0.04260.32180.0886-0.0230.05520.0021-0.12990.23880.0044-0.03580.23130.01670.193643.087635.122150.0057
51.5642-1.2285-0.24291.33230.63042.11080.1421-0.1639-0.22280.0461-0.03420.11280.0733-0.0964-0.07990.2892-0.05950.02390.2460.11850.282394.55122.3208136.4522
60.49670.2227-0.22160.7611-0.23510.9228-0.0501-0.2103-0.30.0638-0.0125-0.06880.31270.1640.08340.19020.03440.01360.2240.12330.2221105.86052.9918135.0993
71.1997-0.1888-0.35781.6119-0.71782.5330.0064-0.2873-0.15310.2632-0.00480.1528-0.08360.0286-0.00070.1243-0.02270.00410.19960.05130.165386.285513.3659135.9154
86.25371.4143-2.27012.0064-0.70861.74260.0522-0.330.1173-0.1588-0.00860.1753-0.139-0.1035-0.05750.17080.003-0.020.13750.01790.127189.861522.2459130.4471
92.0557-1.50170.63624.9687-0.13260.2248-0.0138-0.6877-0.46610.96260.22250.3962-0.286-0.1357-0.10620.20930.00430.04630.41450.06960.1676113.703619.5153138.0109
102.3314-1.41550.29363.1045-1.68148.15910.14770.19160.0591-0.19630.0237-0.2297-0.15270.2793-0.13410.1353-0.01060.09140.24510.0070.2478126.34634.0498108.1961
110.9221-0.3376-0.15610.8013-0.25831.00730.11760.00650.0379-0.1272-0.0227-0.13330.00350.1591-0.00240.08880.01490.0430.16140.01760.1465125.480122.64109.4799
121.4698-0.2145-0.37531.1732-0.49162.16930.15290.11210.2516-0.228-0.0117-0.1367-0.204-0.0602-0.10180.18340.0160.06780.13140.01360.1649115.274542.3107108.7807
132.36391.122-0.18586.5993-1.02161.65610.1325-0.24140.1543-0.1947-0.04120.123-0.2732-0.1519-0.09010.1520.03530.04530.24750.00450.1481106.370238.8327114.2484
145.453-5.0548-6.54994.89036.01378.1190.51351.00770.4856-0.6283-0.2129-0.1016-0.4891-0.5511-0.28850.2803-0.0208-0.03380.32040.06340.2503108.927215.0195106.5595
153.02121.45492.64361.03890.74464.89530.0507-0.1151-0.06290.08050.14510.1888-0.0131-0.2058-0.15530.29150.06060.14060.25770.02130.2971134.048636.1416154.4949
160.7393-0.0633-0.18060.95120.66762.06020.053-0.009-0.03610.19570.02220.1680.0615-0.2555-0.01170.2022-0.0050.08850.18350.02420.2301134.255823.8216155.397
170.71120.4131-0.05921.37870.39160.98050.0282-0.01620.07920.20330.03680.0712-0.06210.007-0.06040.22640.02130.06470.16890.01220.1986146.272440.5703150.9163
186.13223.1485-4.8482.0511-3.37526.4450.26-0.51410.24720.4246-0.16120.1108-0.40680.5331-0.19410.28070.02960.01210.1765-0.04680.2326152.028316.5888154.137
191.2406-1.10391.65982.2889-1.1362.31010.258-0.14620.27-0.04940.0771-0.0394-0.12270.3109-0.30050.3377-0.13660.08630.3219-0.14680.3067100.538459.0891138.0695
200.41990.09610.15380.83090.42690.86730.1092-0.12750.2076-0.12020.0843-0.0167-0.490.06990.2640.204-0.04240.0550.1669-0.10380.195688.230758.836138.9587
210.878-0.3275-0.06021.12370.23840.99850.1202-0.26220.141-0.01510.0195-0.0972-0.07860.1825-0.06380.1463-0.06710.03720.2634-0.08090.1624104.962146.8236134.5594
220.5001-1.6159-1.61125.5674.72665.85950.0124-0.2246-0.05640.4073-0.0258-0.00730.45730.31-0.13250.11-0.0097-0.04080.1942-0.02430.179781.034641.0111137.626
232.6371-1.0661-1.73541.6947-0.24488.86690.0266-0.01520.101-0.1122-0.07810.1984-0.044-0.26840.03950.24490.0539-0.15340.3415-0.05160.301369.744428.2992106.5716
240.50750.23370.27630.35980.30360.95670.01520.05380.1174-0.241-0.01780.207-0.203-0.28750.0660.28380.0815-0.12310.2659-0.03280.256870.924940.0959108.2343
251.4014-0.21580.5050.91330.2713.35450.07120.1524-0.0511-0.3119-0.0350.1185-0.09880.0396-0.02210.19240.0101-0.06870.1302-0.01480.153681.3520.5232106.6832
260.4785-0.0983-0.36321.77930.26050.2938-0.0198-0.07080.0051-0.52620.14810.0646-0.0725-0.0698-0.13180.31590.0242-0.0640.2886-0.01630.190488.910533.3991110.5964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 173 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 261 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 262 through 297 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 15 through 38 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 173 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 174 through 261 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 262 through 283 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 284 through 297 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 15 through 38 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 39 through 173 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 174 through 261 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 262 through 283 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 284 through 297 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 15 through 38 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 39 through 152 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 153 through 283 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 284 through 297 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 15 through 38 )E0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 39 through 152 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 153 through 283 )E0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 284 through 297 )E0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 15 through 38 )F0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 39 through 173 )F0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 174 through 261 )F0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 262 through 297 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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