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- PDB-5i87: Crystal structure of BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i87
タイトルCrystal structure of BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase
要素(BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase) x 2
キーワードLIGASE / Carboxylase / carrier protein-dependent enzyme / fatty acid metabolism / multienzyme
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Stuttfeld, E. / Hunkeler, M. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation138262 スイス
Swiss National Science Foundation159696 スイス
Swiss National Science Foundation145023 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: The dynamic organization of fungal acetyl-CoA carboxylase.
著者: Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T.
履歴
登録2016年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase
B: BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4687
ポリマ－117,9062
非ポリマー5625
水00
1
A: BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7743
ポリマ－61,5491
非ポリマー2252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6954
ポリマ－56,3581
非ポリマー3373
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)267.270, 267.270, 210.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase


分子量: 61548.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. Due to the low resolution of the diffraction data, authors could not identify the correct numbering/type of the residues. The residue numbering is arbitrary. The one-letter sequence for ...詳細: 1. Due to the low resolution of the diffraction data, authors could not identify the correct numbering/type of the residues. The residue numbering is arbitrary. The one-letter sequence for the protein corresponds to Uniprot accession Q13085 residues 622-1584. 2. Residues 753-818 of Uniprot accession Q13085 were replaced by a GSG linker in the crystallized construct.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: acetyl-CoA carboxylase
#2: タンパク質 BT-CD domains of human acetyl-CoA carboxylase


分子量: 56357.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. Due to the low resolution of the diffraction data, authors could not identify the correct numbering/type of the residues. The residue numbering is arbitrary. The one-letter sequence for ...詳細: 1. Due to the low resolution of the diffraction data, authors could not identify the correct numbering/type of the residues. The residue numbering is arbitrary. The one-letter sequence for the protein corresponds to Uniprot accession Q13085 residues 622-1584. 2. Residues 753-818 of Uniprot accession Q13085 were replaced by a GSG linker in the crystallized construct.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: acetyl-CoA carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MES, tri-potassium citrate, PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→84.518 Å / Num. obs: 77629 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.24
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 4.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSVERSION March 1, 2015データ削減
XSCALEVERSION March 1, 2015データスケーリング
SHELXCD2014/2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.7→84.518 Å / SU ML: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 51.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3807 2036 5.01 %
Rwork0.3468 --
obs0.3485 40647 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→84.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6925 0 5 0 6930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8329566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7091342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7003-3.78640.57511350.49822528X-RAY DIFFRACTION99
3.7864-3.8810.50641370.45782537X-RAY DIFFRACTION99
3.881-3.9860.42681310.45632518X-RAY DIFFRACTION99
3.986-4.10330.51521300.44862542X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-4.23570.49031280.42532564X-RAY DIFFRACTION100
4.2357-4.38710.44471200.39412551X-RAY DIFFRACTION100
4.3871-4.56270.44951460.38082535X-RAY DIFFRACTION100
4.5627-4.77040.41361160.38152567X-RAY DIFFRACTION100
4.7704-5.02180.42211450.37372565X-RAY DIFFRACTION100
5.0218-5.33640.4591420.38582564X-RAY DIFFRACTION100
5.3364-5.74840.39341260.42122578X-RAY DIFFRACTION100
5.7484-6.32670.53891320.40542602X-RAY DIFFRACTION100
6.3267-7.24170.39631570.36592592X-RAY DIFFRACTION100
7.2417-9.12210.30711380.27092630X-RAY DIFFRACTION100
9.1221-84.54020.31151530.2952738X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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