PDB-5ht0: Crystal structure of an Antibiotic_NAT family aminoglycoside acet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ht0

タイトル

Crystal structure of an Antibiotic_NAT family aminoglycoside acetyltransferase HMB0038 from an uncultured soil metagenomic sample in complex with coenzyme A

要素

Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

キーワード

TRANSFERASE / Antibiotic_NAT family / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / COENZYME A / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.752 Å

データ登録者

Xu, Z. / Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2016年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ht0.cif.gz	623.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ht0.ent.gz	524.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ht0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ht0_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ht0_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5ht0_validation.xml.gz	66.6 KB	表示
CIF形式データ	5ht0_validation.cif.gz	86.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5ht0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5ht0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mmzC 6mn0C 6mn3C 6mn4C 6mn5C 7kesC 7laoC 7lapC 2nygS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kes-d 6mn0-2 6mn1-d 6mmz-3 1vfg-2 5yy5-1 6mmz-1 5wna-1 6vry-d 4m1d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95436

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

B: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

C: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

D: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

E: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

F: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

ヘテロ分子

179 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

B: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

D: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

F: Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.016, 159.501, 146.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- SO4

#1: タンパク質	Aminoglycoside acetyltransferase HMB0005 分子量: 28753.482 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059X981
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 11 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.5 M Capso pH 11, 10mM sisomycin, 5mM coenzyme A

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→25 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.76
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NYG

2nyg

解像度: 2.752→24.973 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2331	2021	3.36 %	Random selection
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.2048	60061	95.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.752→24.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12016	0	393	340	12749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	12694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.827	17304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.967	4646
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7525-2.8212	0.3077	121	0.3128	3197	X-RAY DIFFRACTION	74
2.8212-2.8974	0.3057	129	0.31	4022	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8974-2.9825	0.339	153	0.2924	3977	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9825-3.0786	0.3872	124	0.2976	4023	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0786-3.1885	0.2714	142	0.2757	4092	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1885-3.3158	0.2733	153	0.2458	4084	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3158-3.4664	0.2527	141	0.2252	4199	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4664-3.6486	0.2649	146	0.2111	4273	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6486-3.8764	0.2013	145	0.1836	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8764-4.1744	0.1937	162	0.171	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1744-4.5922	0.1897	147	0.1541	4358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5922-5.2513	0.1761	151	0.154	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2513-6.5959	0.2189	151	0.1891	4368	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5959-24.9743	0.2192	156	0.1825	4367	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7709	-0.8347	0.5728	4.0082	0.3249	3.8448	-0.068	-0.1847	0.0009	-0.0043	0.1353	-0.5161	-0.0362	0.5719	-0.0357	0.2514	0.0104	0.0482	0.2145	0.0249	0.2708	117.5248	-14.9431	306.5516
2	3.1793	-2.6058	-4.5625	2.1412	3.7381	6.5493	-0.8014	-1.0749	-1.9575	2.3289	0.0371	1.555	1.3383	-0.5432	0.6462	1.5514	-0.1054	0.5415	0.8375	0.0272	1.3893	86.2763	-5.1955	310.6624
3	1.241	-0.2689	0.7135	3.3624	-0.2307	1.4066	0.0379	0.0378	0.0689	-0.0343	0.0665	0.284	0.0115	-0.0769	-0.0961	0.181	0.0432	-0.0133	0.2618	0.0086	0.2635	100.5065	-16.0418	302.1898
4	5.2364	3.2387	-3.6772	6.8742	-6.1665	6.6438	0.0734	0.2755	0.1546	-0.0222	1.0098	1.5138	0.3119	-0.724	-1.0297	0.2896	-0.0136	-0.023	0.3643	-0.0002	0.8158	86.329	-11.4739	299.5727
5	2.4462	-1.393	0.8158	4.0325	-1.5446	1.6291	0.0581	-0.5017	-0.218	0.1927	0.0675	0.4625	0.2306	-0.1899	-0.1615	0.3109	-0.0181	0.0258	0.3283	-0.0169	0.2919	100.217	-27.411	311.0479
6	2.3872	1.6877	2.1332	2.2148	0.8643	2.3087	0.2675	-0.696	0.2576	0.2531	0.1685	0.5845	-0.02	-0.8668	-0.4335	0.381	-0.0066	0.0484	0.4661	-0.009	0.2774	89.4132	11.9303	308.2432
7	7.9626	-0.2602	-0.383	2.7202	0.0517	3.7379	-0.0017	0.0155	-0.005	-0.0508	0.0478	-0.073	0.0169	-0.0547	-0.1086	0.2075	0.0109	-0.0144	0.1283	-0.044	0.2402	102.4211	12.7973	304.4606
8	3.7086	-4.955	-1.7904	7.5023	-0.2968	9.1376	-0.2736	-0.3038	2.6417	2.4105	-0.6972	0.4749	-0.4455	-0.2148	1.0117	1.2231	-0.05	-0.3744	1.1231	-0.4927	1.9664	130.6439	2.8153	315.1645
9	2.6973	-1.0879	-0.6346	2.3048	0.4917	0.5022	0.004	-0.2079	0.3213	0.1151	0.1414	-0.4017	-0.0591	0.2907	-0.1351	0.2724	-0.0364	-0.0366	0.3239	-0.0401	0.3343	120.5662	13.5876	304.4707
10	9.0989	1.5778	-0.5985	5.3267	-0.4435	4.2086	-0.0835	-0.5085	0.8123	0.1932	0.1323	-0.1662	-0.463	0.3644	0.0266	0.3148	0.0239	0.0382	0.2634	-0.0853	0.2898	110.5356	29.0673	313.779
11	7.9329	1.1782	-0.4795	8.9491	-6.2092	7.3639	-0.2009	-0.1678	0.2604	0.6104	-0.1314	-1.093	-0.7568	0.7488	0.2894	0.4412	-0.0456	-0.1164	0.5086	-0.1227	0.5163	121.9188	52.3893	332.4154
12	2.0393	1.6144	-0.3157	3.0414	0.8127	2.3817	-0.2927	0.6882	0.5696	0.1241	0.1138	0.0346	0.206	0.2953	0.3203	0.4152	0.0916	-0.1049	0.4947	0.0162	0.3282	113.9271	40.8537	331.7493
13	3.156	0.8897	-3.8553	8.3568	-5.8779	8.7646	-0.6116	-1.4902	-0.2334	0.2747	0.765	0.9344	0.3756	0.3255	-0.2973	0.5487	0.0616	-0.0008	0.6045	-0.037	0.3748	90.9239	36.4819	330.6356
14	3.0679	0.623	0.9251	2.73	-0.7541	2.8108	0.0488	-0.5359	-0.3084	0.4195	-0.0467	-0.1997	0.1343	-0.2366	0.0113	0.4546	-0.0026	-0.0287	0.4707	0.0103	0.2953	107.7183	34.797	337.6365
15	5.2105	2.3044	-1.6391	6.6232	-3.3417	7.427	0.2207	-1.1994	-0.1511	1.2856	-0.2235	-0.7074	-0.3483	0.7154	-0.0124	0.7317	0.0167	-0.2326	0.7478	-0.1122	0.4964	116.568	41.7582	353.2603
16	5.922	2.6314	4.7648	4.2586	1.1017	4.1672	0.6286	-2.3742	1.604	1.6647	-0.3265	3.2037	-1.6256	-3.5873	-0.0686	0.6809	0.0504	0.3734	1.254	-0.0382	0.9291	80.8843	47.6724	327.2356
17	6.4804	0.6255	0.359	2.9853	-0.0417	5.7386	-0.0525	-0.2783	-0.0313	0.2116	0.2809	0.1145	0.2528	0.0109	-0.2145	0.3104	0.0029	-0.0144	0.2136	-0.017	0.3199	93.3476	48.5844	314.971
18	9.1868	5.7047	-5.8321	3.5426	-3.623	3.7113	1.4569	-0.4909	-0.2997	0.7163	-0.6859	0.5042	-0.4701	-1.8739	-0.6674	1.126	0.0511	-0.1756	1.596	-0.0227	0.7863	119.6467	69.1006	319.2728
19	2.5533	-0.0331	-0.001	1.7629	-0.7403	1.2775	0.034	-0.1587	0.1104	0.053	-0.0534	-0.2478	-0.0341	0.0541	0.0331	0.2758	-0.0144	-0.0186	0.2411	-0.0395	0.2962	105.55	59.5732	307.6187
20	4.4696	3.2655	-2.459	7.2342	-5.4333	7.3846	0.0188	0.3816	0.3569	-0.0723	0.6463	0.5835	-0.0253	-0.4809	-0.8029	0.1752	-0.0109	0.0547	0.3669	-0.0007	0.4052	88.4702	64.0738	302.5919
21	4.5566	-1.8554	0.8084	5.4508	-1.7983	5.0125	-0.1629	-0.0547	-0.3086	-0.3578	0.0016	-0.2219	0.2292	0.4497	0.1332	0.3486	-0.067	0.0529	0.4247	-0.0456	0.2822	126.2623	28.5161	252.8074
22	6.0398	-1.2968	-7.4847	7.2552	0.045	9.6251	-0.5144	5.9438	-1.2328	-4.2026	-0.1105	1.4074	1.8743	-2.3155	0.6175	1.8117	-0.1814	-0.2392	2.0172	-0.1347	0.8299	94.9517	38.6557	242.0545
23	2.7124	-0.6454	-1.029	3.1578	-0.6555	1.6619	0.0162	0.4925	0.0884	-0.2505	0.1064	0.0305	-0.238	-0.1133	-0.141	0.4628	-0.0903	-0.0352	0.4677	0.003	0.2476	113.9046	42.4735	246.9408
24	5.2845	-0.6527	-2.051	9.686	6.4784	4.9149	0.5112	2.0083	-0.0643	-1.0209	-1.0349	0.6127	0.0858	-1.9931	0.7483	0.8009	-0.1857	0.0052	1.2547	0.0008	0.482	111.4255	42.6485	232.0624
25	3.4384	-1.5816	1.6272	4.7606	-3.7228	7.7577	-0.0272	0.8261	0.2016	-1.1993	-0.033	-0.793	0.1371	0.6767	-0.0071	0.8068	-0.1552	0.1644	0.8426	-0.1029	0.4223	127.5948	35.6603	231.9183
26	6.8187	-2.2159	0.3646	3.8142	-0.3465	4.0118	0.0774	0.3864	0.2449	-0.1876	-0.0069	0.1784	-0.3192	-0.1398	-0.1347	0.3142	-0.0582	0.0251	0.1712	0.0116	0.3183	96.0315	29.3903	264.5424
27	6.2862	-6.825	-5.9588	7.4323	6.4801	5.6536	0.8148	-0.026	0.0655	-1.2972	-0.6863	-0.0296	-0.3166	-0.9664	-0.2573	0.8839	0.0857	-0.0219	1.1382	-0.14	0.6151	121.5621	11.4672	267.172
28	8.4374	-2.4685	-1.0749	3.7123	-1.8547	3.8674	0.1342	0.24	-0.0522	-0.0119	-0.0585	-0.2442	-0.0894	0.3431	-0.0715	0.2272	-0.0727	-0.018	0.2771	-0.0636	0.246	114.0306	24.4115	268.9871
29	4.5729	0.203	0.92	1.9897	-0.244	1.5664	-0.0668	0.0228	-0.0519	-0.0052	0.0434	0.0035	0.014	0.0535	0.0176	0.2779	-0.0117	0.0103	0.1768	-0.0102	0.2239	103.025	14.4262	277.0487
30	5.5898	2.8715	-5.2182	4.1694	-1.3921	5.4892	0.6693	-0.0592	-1.084	-0.0795	-1.0587	0.6891	0.3208	0.4574	0.3115	0.5701	0.1066	-0.0344	0.4868	0.0559	0.4136	95.0194	-1.3792	285.494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 4:66)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 67:74)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 75:179)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 180:193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 194:262)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 3:14)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 15:67)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 68:74)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 75:210)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 211:262)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 3:50)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 51:67)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 68:88)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 89:206)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 207:263)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 3:6)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESID 7:69)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 70:75)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 76:227)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 228:262)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN E AND RESID 3:68)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN E AND RESID 69:75)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN E AND RESID 76:199)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN E AND RESID 200:210)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN E AND RESID 211:263)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN F AND RESID 4:66)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN F AND RESID 67:72)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN F AND RESID 73:129)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN F AND RESID 130:256)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN F AND RESID 257:262)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)