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- PDB-5hb3: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nic96 SOL-Nup53 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hb3
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Nic96 SOL-Nup53 complex
要素
  • Nucleoporin NIC96
  • Nucleoporin NUP53
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nucleocytoplasmic Transport / Protein Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / protein import into nucleus / protein transport / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP53
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lin, D.H. / Stuwe, T. / Hoelz, A.
資金援助 米国, ドイツ, 中国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM111461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5 T32 GM07616 米国
V Foundation for Cancer Research 米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation 米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer Research 米国
Heritage Medical Research Institute 米国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds ドイツ
China Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Architecture of the symmetric core of the nuclear pore.
著者: Lin, D.H. / Stuwe, T. / Schilbach, S. / Rundlet, E.J. / Perriches, T. / Mobbs, G. / Fan, Y. / Thierbach, K. / Huber, F.M. / Collins, L.N. / Davenport, A.M. / Jeon, Y.E. / Hoelz, A.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NIC96
B: Nucleoporin NUP53
C: Nucleoporin NIC96
D: Nucleoporin NUP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,1197
ポリマ－175,0134
非ポリマー1063
水1,27971
1
A: Nucleoporin NIC96
B: Nucleoporin NUP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5423
ポリマ－87,5062
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34830 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoporin NIC96
D: Nucleoporin NUP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5774
ポリマ－87,5062
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area34870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.520, 86.950, 98.010
Angle α, β, γ (deg.)100.69, 99.59, 95.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NIC96 / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 81516.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NIC96, CTHT_0008480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S024
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP53 / Nuclear pore protein NUP53


分子量: 5989.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP53, CTHT_0012410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S156
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M TRIS (pH 7.0), 12 % (w/v) PEG 6000, 1.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 48566 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.65→47.285 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2368 4.88 %
Rwork0.2116 --
obs0.2134 48535 88.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11477 0 3 71 11551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56215851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8934410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6499-2.7040.33281340.29632511X-RAY DIFFRACTION82
2.704-2.76280.37961410.29812596X-RAY DIFFRACTION86
2.7628-2.8270.33181370.28322820X-RAY DIFFRACTION92
2.827-2.89770.3731400.26392796X-RAY DIFFRACTION91
2.8977-2.97610.30341480.27062826X-RAY DIFFRACTION91
2.9761-3.06360.31521300.26732714X-RAY DIFFRACTION89
3.0636-3.16250.31611470.26812720X-RAY DIFFRACTION89
3.1625-3.27550.3441390.25942599X-RAY DIFFRACTION85
3.2755-3.40660.27991220.23752543X-RAY DIFFRACTION83
3.4066-3.56160.29151540.22972829X-RAY DIFFRACTION92
3.5616-3.74930.2391290.22012815X-RAY DIFFRACTION91
3.7493-3.98410.2331410.20312784X-RAY DIFFRACTION90
3.9841-4.29150.21721360.18612656X-RAY DIFFRACTION87
4.2915-4.7230.20341440.17832674X-RAY DIFFRACTION88
4.723-5.40560.2081420.18042848X-RAY DIFFRACTION92
5.4056-6.80730.21881390.21012648X-RAY DIFFRACTION87
6.8073-47.29290.20771450.16962788X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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