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- PDB-5h43: Structural and mechanistical studies of the nuclear import by Imp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h43
タイトルStructural and mechanistical studies of the nuclear import by Importin-alpha
要素
  • (Histone acetyltransferase KAT8) x 2
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/TRANSFERASE / importin alpha / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of mitochondrial transcription / Sensing of DNA Double Strand Breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / MSL complex / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / regulation of DNA recombination / protein propionyltransferase activity / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin ...positive regulation of skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of mitochondrial transcription / Sensing of DNA Double Strand Breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / MSL complex / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / regulation of DNA recombination / protein propionyltransferase activity / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / regulation of mRNA processing / positive regulation of viral life cycle / histone H4 acetyltransferase activity / dosage compensation by inactivation of X chromosome / post-embryonic hemopoiesis / NLS-dependent protein nuclear import complex / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / myeloid cell differentiation / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / NSL complex / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of type I interferon production / protein-lysine-acetyltransferase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / oogenesis / DNA metabolic process / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / NuA4 histone acetyltransferase complex / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase / neurogenesis / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / promoter-specific chromatin binding / ISG15 antiviral mechanism / kinetochore / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / histone deacetylase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / host cell / chromosome / HATs acetylate histones / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / regulation of autophagy / Golgi membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / enzyme binding / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat ...: / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Acyl-CoA N-acyltransferase / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Histone acetyltransferase KAT8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, R. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of China31470726 中国
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the nuclear import of the histone acetyltransferase males-absent-on-the-first by importin alpha 1
著者: Zheng, W. / Wang, R. / Liu, X. / Tian, S. / Yao, B. / Chen, A. / Jin, S. / Li, Y.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Histone acetyltransferase KAT8
C: Histone acetyltransferase KAT8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4903
ポリマ－49,4903
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.222, 82.222, 169.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46359.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52292
#2: タンパク質・ペプチド Histone acetyltransferase KAT8 / Lysine acetyltransferase 8 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 1 / hMOF


分子量: 1328.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 140-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT8, MOF, MYST1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H7Z6, histone acetyltransferase
#3: タンパク質・ペプチド Histone acetyltransferase KAT8 / Lysine acetyltransferase 8 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 1 / hMOF


分子量: 1801.974 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 128-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT8, MOF, MYST1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H7Z6, histone acetyltransferase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3%(v/v) Tacsimate pH5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH5.6, 16%(w/v) PEG 3350
PH範囲: 5.0-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 34657 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KND

3knd


解像度: 2.3→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24253 1301 4.9 %RANDOM
Rwork0.21144 ---
obs0.21298 25226 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 0 146 3614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9654800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03838000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.49725.724145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.07915612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9411515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.6676.5851809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.6646.5841808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.0499.8422256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.0499.8442257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2747.1161717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.2727.1181718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.12510.4182545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.18252.9594215
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.19752.8684190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 90 -
Rwork0.356 1831 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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