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- PDB-5bzv: Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bzv | ||||||
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Title | Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound to SMX2 RNA | ||||||
![]() |
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![]() | rna binding protein/rna / PUF RNA-binding domain / rna binding protein-rna complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of mRNA binding / intracellular mRNA localization / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of G1 to G0 transition / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of translational initiation / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, C. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: RNA regulatory networks diversified through curvature of the PUF protein scaffold. Authors: Wilinski, D. / Qiu, C. / Lapointe, C.P. / Nevil, M. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 175.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 137.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 441.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5bymSC ![]() 5bz1C ![]() 5bz5C ![]() 5bzuC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45310.414 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: uno residues 201-600 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: RNA chain | Mass: 2817.711 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.13 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 / Details: 15-20% PEG3350, 0.1M CBTP, pH 7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 83.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5BYM Resolution: 2.354→45.053 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.354→45.053 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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