PDB-5bz1: Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bz1

タイトル

Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound to MFA2 RNA

要素

RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*UP*UP*GP*UP*A)-3')
Suppressor protein MPT5

キーワード

rna binding protein/rna / PUF RNA-binding domain / rna binding protein-rna complex

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular mRNA localization / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of translational initiation / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: RNA regulatory networks diversified through curvature of the PUF protein scaffold.
著者: Wilinski, D. / Qiu, C. / Lapointe, C.P. / Nevil, M. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M.

履歴

登録	2015年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bz1.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bz1.ent.gz	142.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bz1_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bz1_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	5bz1_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5bz1_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bymSC 5bz5C 5bzuC 5bzvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bzu-d 5bym-d 6noh-d 3qgb-d 6nof-d 6noc-d 3k5q-d 3qg9-d 3k5y-d 3k64-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Suppressor protein MPT5

B: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*UP*UP*GP*UP*A)-3')

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.748, 106.748, 167.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Suppressor protein MPT5 / Protein HTR1 / Pumilio homology domain family member 5 分子量: 45310.414 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 201-600 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39016
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(UPGPUPAPUPUPUPGPUPA)-3') 分子量: 3140.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG3350, CBTP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 31214 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BYM

5bym

解像度: 2.15→40.479 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	1999	6.41 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1807	31174	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2987	207	0	208	3402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	4513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.03	1259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.2841	133	0.238	1926	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2038-2.2634	0.282	137	0.2111	2012	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2634-2.33	0.2563	142	0.2063	2059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4052	0.2317	138	0.1929	2036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4052-2.4911	0.2518	141	0.1857	2063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4911-2.5909	0.2186	142	0.1941	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5909-2.7088	0.2317	142	0.1878	2069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7088-2.8515	0.245	142	0.1868	2075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8515-3.0301	0.2279	143	0.1943	2087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0301-3.264	0.2026	143	0.1944	2093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.264-3.5923	0.1994	145	0.1793	2106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5923-4.1117	0.2113	147	0.1595	2140	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1117-5.1786	0.1779	147	0.1428	2148	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1786-40.4859	0.1746	157	0.1794	2293	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7841	-1.2313	-1.0292	2.9568	0.6893	5.4717	0.0959	0.7241	0.0001	-0.4066	-0.0846	0.0038	0.327	-0.3374	-0.0059	0.2828	-0.0133	-0.0235	0.436	0.0334	0.2224	99.1618	-33.6307	135.8224
2	1.5659	0.6316	0.2509	1.9962	0.8624	4.4017	0.0571	0.15	-0.0429	-0.1233	-0.0596	-0.1033	-0.0947	0.2299	0.0025	0.2162	0.0329	-0.0488	0.3136	0.0636	0.2416	103.199	-29.3714	152.0385
3	0.7459	-0.14	0.4302	2.2548	-1.9961	4.3653	-0.0735	-0.0894	0.103	0.2863	0.0654	-0.0422	-0.2957	-0.1538	0.0076	0.2006	-0.0076	-0.0406	0.2162	0.0167	0.1956	105.1785	-32.4544	174.8497
4	5.0666	6.4824	-4.7809	8.5323	-5.7291	5.2445	0.2296	-0.6115	0.5245	0.6577	-0.1264	0.2654	-0.385	0.2018	-0.1617	0.3203	0.0119	-0.0621	0.3718	0.0012	0.3088	111.953	-37.8293	193.6349
5	9.2034	3.0595	4.9004	4.2044	0.113	5.8594	-0.2879	0.5868	-0.1009	-0.019	0.014	-0.7015	-0.1551	0.3524	0.2458	0.2735	-0.0387	-0.0351	0.2178	0.0774	0.285	117.3081	-46.4044	190.7314
6	3.1173	0.1723	-0.2699	5.6506	-0.9504	3.0228	-0.2897	-0.4182	0.31	0.4472	0.0468	-0.7229	-0.1576	0.2	0.1889	0.4682	0.01	-0.1749	0.2962	0.0128	0.3085	118.0754	-48.7398	198.0387
7	4.9634	4.3884	-1.7281	8.1732	-0.7369	8.5648	0.1136	-0.9122	-0.2432	0.9602	-0.5314	-1.0452	-0.3405	0.8672	0.4056	0.4789	0.1077	-0.2164	0.3615	0.0671	0.4837	120.5783	-54.0803	205.8263
8	2.9238	1.5176	4.0132	3.8211	1.3542	5.6797	0.3975	-0.2086	-0.8319	0.066	-0.0581	-0.1819	0.4518	-0.2816	-0.2691	0.491	-0.0005	-0.0598	0.2978	0.0783	0.3332	116.0724	-64.7412	198.6182
9	0.6976	-0.1431	-0.1976	2.2836	-1.2478	0.7813	0.3481	0.1701	-0.0116	-0.5949	-0.132	0.2049	0.783	0.2329	-0.2655	0.4861	0.0094	-0.065	0.316	0.0085	0.3099	100.7826	-50.3571	167.3558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 203 through 257 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 258 through 321 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 322 through 425 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 426 through 449 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 450 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 553 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 554 through 579 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 580 through 599 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 10 )

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