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- PDB-6nof: Crystal structure of FBF-2 repeat 5 mutant (C363A, R364Y, Q367S) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nof | ||||||
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Title | Crystal structure of FBF-2 repeat 5 mutant (C363A, R364Y, Q367S) in complex with 8-nt RNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | rna binding protein/rna / PUM repeat protein / RNA BINDING PROTEIN / rna binding protein-rna complex | ||||||
Function / homology | ![]() sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McCann, K.L. / Wang, Y. / Qiu, C. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Engineering a conserved RNA regulatory protein repurposes its biological function in vivo . Authors: Bhat, V.D. / McCann, K.L. / Wang, Y. / Fonseca, D.R. / Shukla, T. / Alexander, J.C. / Qiu, C. / Wickens, M. / Lo, T.W. / Tanaka Hall, T.M. / Campbell, Z.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 148.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 457.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6nocC ![]() 6nodC ![]() 6nohC ![]() 3k5qS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46951.922 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C363A, R364Y, Q367 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: RNA chain | Mass: 2535.569 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 100 mM Tris pH 8.0, 15% [w/v] PEG 8000, 8% [v/v] ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 25386 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3K5Q Resolution: 2.251→32.211 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.03 Å2 / Biso mean: 46.5307 Å2 / Biso min: 20.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.251→32.211 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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