+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ixo | |||||||||
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Title | Apo structure of Myo2-GTD | |||||||||
Components | Myosin-2 | |||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Cargo binding domain | |||||||||
Function / homology | Function and homology information peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance ...peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / vesicle docking involved in exocytosis / fungal-type vacuole membrane / microfilament motor activity / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / vesicle-mediated transport / transport vesicle / actin filament organization / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.901 Å | |||||||||
Authors | Tang, K. / Wei, Z. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019 Title: Structural mechanism for versatile cargo recognition by the yeast class V myosin Myo2. Authors: Tang, K. / Li, Y. / Yu, C. / Wei, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ixo.cif.gz | 181.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ixo.ent.gz | 141.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ixo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ixo_validation.pdf.gz | 441.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ixo_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | Display | |
Data in XML | 6ixo_validation.xml.gz | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6ixo_validation.cif.gz | 26.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ixpC 6ixqC 6ixrC 2f6hS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47961.508 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: 1342-1347 deletions Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: MYO2, CDC66, YOR326W, O6167 / Plasmid: modified pET32a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P19524 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1 M potassium chloride, 1 M ammonium sulfate and 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 49545 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 32.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.168 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2F6H Resolution: 1.901→42.081 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.77 Å2 / Biso mean: 48.8398 Å2 / Biso min: 19.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.901→42.081 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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