+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ixp | |||||||||
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Title | Structure of Myo2-GTD in complex with Mmr1 | |||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING/CELL CYCLE / Cargo binding domain / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-CELL CYCLE complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / mitochondrion inheritance / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / cellular bud / myosin V complex / vacuole inheritance ...peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / mitochondrion inheritance / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / cellular bud / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / fungal-type vacuole membrane / microfilament motor activity / actin filament bundle / filamentous actin / establishment of mitotic spindle orientation / transport vesicle / vesicle-mediated transport / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / calmodulin binding / cell cycle / cell division / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.733 Å | |||||||||
Authors | Tang, K. / Wei, Z. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019 Title: Structural mechanism for versatile cargo recognition by the yeast class V myosin Myo2. Authors: Tang, K. / Li, Y. / Yu, C. / Wei, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ixp.cif.gz | 357.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ixp.ent.gz | 294.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ixp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ixoC 6ixqC 6ixrC 2f6hS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 47961.508 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Deletions 1342-1347 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: MYO2, CDC66, YOR326W, O6167 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P19524 #2: Protein/peptide | Mass: 4133.644 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: MMR1, YLR190W / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q06324 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% w/v PEG3350 and 0.2M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.73→54.55 Å / Num. obs: 28335 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 71.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 192730 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2F6H Resolution: 2.733→53.381 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 41.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 246.7 Å2 / Biso mean: 106.1384 Å2 / Biso min: 49.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.733→53.381 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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