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- PDB-6ixp: Structure of Myo2-GTD in complex with Mmr1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixp
タイトルStructure of Myo2-GTD in complex with Mmr1
要素
  • Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
  • Myosin-2
キーワードPROTEIN BINDING/CELL CYCLE / Cargo binding domain / PROTEIN BINDING (タンパク質) / PROTEIN BINDING-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / mitochondrion inheritance / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / cellular bud / myosin V complex / vacuole inheritance ...peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / mitochondrion inheritance / membrane addition at site of cytokinesis / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / cellular bud / myosin V complex / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle docking involved in exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / fungal-type vacuole membrane / microfilament motor activity / actin filament bundle / filamentous actin / establishment of mitotic spindle orientation / 小胞 / vesicle-mediated transport / actin filament organization / actin filament binding / マイクロフィラメント / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / calmodulin binding / 細胞周期 / 細胞分裂 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Myo2 receptor-related protein 1 / Mitochondrial Myo2 receptor-related protein / : / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Mitochondrial Myo2 receptor-related protein 1 / Mitochondrial Myo2 receptor-related protein / : / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-2 / Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.733 Å
データ登録者Tang, K. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770791 中国
National Natural Science Foundation of China31570741 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural mechanism for versatile cargo recognition by the yeast class V myosin Myo2.
著者: Tang, K. / Li, Y. / Yu, C. / Wei, Z.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-2
B: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
C: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
D: Myosin-2
E: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
F: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4586
ポリマ－112,4586
非ポリマー00
水724
1
A: Myosin-2
B: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
C: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2293
ポリマ－56,2293
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
2
D: Myosin-2
E: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1
F: Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2293
ポリマ－56,2293
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.387, 63.459, 169.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22chain E
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASPchain AAA1152 - 15725 - 419
21ASNASNASPASPchain DDD1152 - 15725 - 419
12ILEILELEULEUchain BBB403 - 41812 - 27
22ILEILELEULEUchain EEE403 - 41812 - 27
13THRTHRPROPROchain CCC408 - 42517 - 34
23THRTHRPROPROchain FFF408 - 42517 - 34

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Myosin-2 / / Cell division control protein 66 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain ...Cell division control protein 66 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain MYO2 / Myosin V MYO2


分子量: 47961.508 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletions 1342-1347 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MYO2, CDC66, YOR326W, O6167 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19524
#2: タンパク質・ペプチド
Mitochondrial MYO2 receptor-related protein 1 / Mmr1


分子量: 4133.644 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MMR1, YLR190W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06324
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3350 and 0.2M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→54.55 Å / Num. obs: 28335 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 71.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 192730
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.73-2.887.21.1363189044040.9270.4531.2242.899.6
8.64-54.556.20.035624810130.9980.0150.03915.898.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F6H

2f6h


解像度: 2.733→53.381 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1316 4.68 %
Rwork0.2423 26815 -
obs0.2443 28131 92.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 246.7 Å2 / Biso mean: 106.1384 Å2 / Biso min: 49.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.733→53.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6778 0 0 4 6782
Biso mean---81.45 -
残基数----844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.719406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.832538
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3720X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
12D3720X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
21B136X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
22E136X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
31C182X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
32F182X-RAY DIFFRACTION5.169TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7326-2.8420.42471440.37453152329699
2.842-2.97140.37721730.35423126329998
2.9714-3.1280.38531360.34223153328998
3.128-3.3240.37321330.31213191332499
3.324-3.58060.35761230.29322403252675
3.5806-3.94080.30311120.27142332244472
3.9408-4.51080.25571580.21843134329298
4.5108-5.68210.29061690.21273069323896
5.6821-53.39090.22051680.19173255342398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1257-0.17011.96372.335-2.21657.28840.11-0.3628-0.26-0.57010.1450.55550.5774-0.9826-0.2740.4204-0.02990.00620.65040.03070.70814.9445-17.2615-3.2816
23.2762-0.29340.47593.68540.50356.7269-0.119-1.06630.18440.87150.1181-0.1048-0.892-0.2773-0.03550.74860.05340.06310.9776-0.05830.673833.3887-14.460934.9795
31.447-0.33110.04211.8170.39585.0330.1667-0.063-0.2752-0.5917-0.08570.3524-0.1004-0.0402-0.02480.84290.10360.00030.78260.06280.921520.8585-18.3194-1.8343
49.79256.55325.96135.21084.37933.8137-0.58160.64940.74010.1209-0.3831-1.1355-0.73770.98380.74781.9192-0.1997-0.21651.02390.05571.38829.1145-12.6184-26.2202
54.8272-1.0416-0.98984.77060.7042.24760.60110.860.2318-0.83220.24410.26630.17010.0812-0.58521.12560.08580.02430.80410.18850.810920.5092-12.8932-18.5347
63.5303-5.45291.00848.5457-1.57280.2882-0.0631-0.09291.1639-0.2555-0.0126-0.98041.1685-1.17480.15691.73620.1045-0.25410.6715-0.23330.909427.6789-27.0913-17.329
74.74220.8887-2.45139.0259-1.81621.47380.0295-0.20320.571-0.82260.89890.2173-0.8373-2.3325-0.76120.71360.37060.2531.61570.1380.85628.1695-8.00966.9126
83.26741.58360.12665.02390.19842.6567-0.023-0.5955-0.67740.2619-0.04920.4607-0.1995-2.0039-0.07460.99710.02860.15321.7829-0.04041.26619.1899-16.469820.8667
96.4704-0.67671.90446.2666-0.40237.68890.3761-0.2009-0.40410.2695-0.3117-0.08010.78460.413-0.31161.13570.0716-0.03820.72430.18020.788174.4253-26.104292.1757
101.954-0.30372.33482.04121.01187.3222-0.1954-0.00450.14590.24740.0143-0.0287-0.14770.88570.1210.7419-0.06290.020.82880.01980.796573.6676-15.940280.6438
112.9825-0.3416-0.32471.5881-0.83739.82890.1814-0.1203-0.21460.5294-0.1139-0.17551.27180.05670.02161.03780.0167-0.09440.62310.06160.920657.6919-27.568462.2406
122.0393-0.90161.92642.3026-0.85897.0434-0.12210.0623-0.0393-0.2584-0.0160.0843-0.10240.28720.13491.0135-0.0062-0.01540.6705-0.05630.807856.642-14.204444.0632
131.43350.29860.68931.68220.42844.87110.1384-0.3264-0.1484-0.3324-0.18610.16390.9482-0.2527-0.00451.1834-0.0476-0.0320.83430.09030.95667.6868-24.36993.2738
146.4864-4.50233.93568.5256-4.44135.5043-0.2644-0.63871.1614-0.1139-0.42630.27120.47430.70830.40721.987-0.0615-0.1831.26170.0521.258579.7664-15.1622108.2676
154.09561.5608-2.62145.7187-0.782.18610.05560.3617-0.0674-0.0091-0.42940.11610.5134-0.45880.16741.4240.0371-0.08010.9953-0.04080.855168.3337-14.9066100.1798
160.33830.5350.06060.84370.08850.00740.69180.63130.4233-0.35910.03820.98331.1243-0.1721-0.30371.0393-0.0936-0.2690.68310.50551.287161.0816-27.930999.1648
177.0182-0.5241-0.91639.43970.32311.97040.4449-0.00820.36010.24751.786-0.0563-1.04670.9386-2.07450.9965-0.2350.03760.9843-0.05490.870780.8863-10.590674.8161
183.8406-1.8771-0.09558.33420.7073.5510.16711.3655-0.545-0.8442-0.5764-0.8259-0.68122.45550.41211.0085-0.1020.17511.73060.0861.002379.8569-19.210260.8448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1152 through 1325 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1326 through 1504 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1505 through 1572 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 403 through 407 )B403 - 407
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 408 through 412 )B408 - 412
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 413 through 418 )B413 - 418
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 408 through 414 )C408 - 414
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 415 through 425 )C415 - 425
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1152 through 1217 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1218 through 1325 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1326 through 1375 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1376 through 1532 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1533 through 1572 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 403 through 407 )E403 - 407
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 408 through 412 )E408 - 412
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 413 through 418 )E413 - 418
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 408 through 414 )F408 - 414
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 415 through 425 )F415 - 425

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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