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- PDB-5h1k: Crystal structure of WD40 repeat domains of Gemin5 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1k
タイトルCrystal structure of WD40 repeat domains of Gemin5 in complex with 13-nt U4 snRNA fragment
要素
  • Gem-associated protein 5
  • U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')
キーワードSPLICING/RNA / WD repeat / Gemin5 / SMN / RNA binding / U4 snRNA / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding ...SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / regulation of translation / ribosome binding / snRNP Assembly / protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / translation / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily ...: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Gem-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, Y. / Jin, W. / Liu, C.P. / Yang, N. / Jin, M. / Cong, Y. / Wang, M. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570747 中国
National Natural Science Foundation of China31622020 中国
National Natural Science Foundation of China31430018 中国
National Natural Science Foundation of China31521002 中国
Beijing Natural Science Foundation5164038 中国
Strategic Priority Research Program of Chinese Academy of SciencesXDB08010100 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for snRNA recognition by the double-WD40 repeat domain of Gemin5
著者: Jin, W. / Wang, Y. / Liu, C.P. / Yang, N. / Jin, M. / Cong, Y. / Wang, M. / Xu, R.M.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 5
B: Gem-associated protein 5
C: U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')
D: U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,0634
ポリマ－171,0634
非ポリマー00
水23,9601330
1
A: Gem-associated protein 5
C: U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5322
ポリマ－85,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
B: Gem-associated protein 5
D: U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5322
ポリマ－85,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.654, 107.191, 151.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 5 / Gemin5


分子量: 81428.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-726 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN5 / プラスミド: pFastBac-HTC / Cell (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEQ6
#2: RNA鎖 U4 snRNA (5'-R(*GP*CP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4103.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_003925
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4% Tacsimate (pH 8.0), 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 126392 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H1J

5h1j


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.968 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20626 6307 5 %RANDOM
Rwork0.17033 ---
obs0.17216 119452 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10694 522 0 1330 12546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01911839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.91116304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32551447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.56223.665483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.478151825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6551556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 398 -
Rwork0.242 8015 -
obs--93.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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