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万見
- PDB-5gx9: PYP mutant - E46Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gx9
タイトルPYP mutant - E46Q
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / pas / lov / photoreceptor / light sensor / lbhb / shb / chromophore / photoreceptor protein / receptor / sensory transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.493 Å
データ登録者Yonezawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japanese Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology25102003 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Neutron crystallography of photoactive yellow protein reveals unusual protonation state of Arg52 in the crystal
著者: Yonezawa, K. / Shimizu, N. / Kurihara, K. / Yamazaki, Y. / Kamikubo, H. / Kataoka, M.
履歴
登録2016年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0522
ポリマ－13,8881
非ポリマー1641
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area7150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.823, 66.823, 40.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13887.591 Da / 分子数: 1 / 変異: E46Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, SODIUM DIDEUTERIUM PHOSPHATE, DISODIUM DEUTERIUM PHOSPHATE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, MICROSEEDING, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: JRR-3M / ビームライン: 1G-B / 波長: 2.6 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.493→100 Å / Num. obs: 15995 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.78
反射 シェル解像度: 1.493→1.55 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2815)精密化
AMoREモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTA

1ota


解像度: 1.493→33.445 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 1610 10.07 %RANDOM
Rwork0.1581 ---
obs0.1623 15983 93.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.493→33.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 11 80 1067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0072326
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.2334018
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.218609
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086155
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.01419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.493-1.54120.32831350.26331184NEUTRON DIFFRACTION86
1.5412-1.59630.26121400.23141239NEUTRON DIFFRACTION89
1.5963-1.66020.27151340.23071214NEUTRON DIFFRACTION89
1.6602-1.73580.2341450.19811273NEUTRON DIFFRACTION91
1.7358-1.82730.2491430.17941317NEUTRON DIFFRACTION94
1.8273-1.94170.19991470.15571333NEUTRON DIFFRACTION95
1.9417-2.09160.18241440.13911318NEUTRON DIFFRACTION96
2.0916-2.30210.18391550.12971354NEUTRON DIFFRACTION96
2.3021-2.63510.18021490.12651373NEUTRON DIFFRACTION98
2.6351-3.31940.17011540.13931369NEUTRON DIFFRACTION97
3.3194-33.45330.14441640.12341399NEUTRON DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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