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- PDB-5gm6: Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gm6
タイトルCryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution
要素
  • (Pre-mRNA) x 2
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 20
  • (Saccharomyces cerevisiae strain ...) x 2
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 snRNP component ...) x 2
  • Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
  • Peptidyl-prolyl isomerase CWC27
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Protein HSH49
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / spliceosome / RNA splicing / Bact / Catalytically activated / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / mRNA branch site recognition / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...maintenance of RNA location / mRNA branch site recognition / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / HAT (Half-A-TPR) repeat / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif ...Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / HAT (Half-A-TPR) repeat / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / : / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / : / : / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / Domain of unknown function DUF382 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Domain of unknown function (DUF382) / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / Zinc-finger of C2H2 type / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / PHF5-like / PHF5-like protein / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / PSP, proline-rich / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Splicing factor 3B subunit 1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Modified RING finger domain / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / U-box domain / : / zinc finger / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 snRNP component IST3 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / U2 snRNP component HSH155 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Pre-mRNA-splicing factor CWC24 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / Peptidyl-prolyl isomerase CWC27 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / Pre-mRNA leakage protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yan, C. / Wan, R. / Bai, R. / Huang, G. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structure of a yeast activated spliceosome at 3.5 Å resolution.
著者: Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi /
要旨: Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome ...Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome (known as the B(act) complex) from Saccharomyces cerevisiae, determined by cryo-electron microscopy at an average resolution of 3.52 angstroms. The final refined model contains U2 and U5 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), U6 small nuclear RNA (snRNA), nineteen complex (NTC), NTC-related (NTR) protein, and a 71-nucleotide pre-mRNA molecule, which amount to 13,505 amino acids from 38 proteins and a combined molecular mass of about 1.6 megadaltons. The 5' exon is anchored by loop I of U5 snRNA, whereas the 5' splice site (5'SS) and the branch-point sequence (BPS) of the intron are specifically recognized by U6 and U2 snRNA, respectively. Except for coordination of the catalytic metal ions, the RNA elements at the catalytic cavity of Prp8 are mostly primed for catalysis. The catalytic latency is maintained by the SF3b complex, which encircles the BPS, and the splicing factors Cwc24 and Prp11, which shield the 5' exon-5'SS junction. This structure, together with those determined earlier, outlines a molecular framework for the pre-mRNA splicing reaction.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Other
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 2.02024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_admin / struct_ref_seq_dif / Item: _em_admin.last_update / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9524
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
D: Saccharomyces cerevisiae strain CDRDR_sf_H chromosome VII sequence
E: Saccharomyces cerevisiae strain T.52_2H chromosome XII sequence
F: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
H: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
I: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
J: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
K: RDS3 complex subunit 10
L: U2 snRNA
N: Pre-mRNA
M: Pre-mRNA
O: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
P: Pre-mRNA-processing protein 45
Q: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
S: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
T: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
U: Pre-mRNA leakage protein 1
V: U2 snRNP component IST3
W: Pre-mRNA-splicing factor CWC26
Y: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2
Z: Pre-mRNA-splicing factor CWC22
a: Pre-mRNA-splicing factor CWC24
b: Peptidyl-prolyl isomerase CWC27
c: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
G: U2 snRNP component HSH155
d: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
X: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
v: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
e: Protein HSH49
f: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
o: Pre-mRNA-processing factor 19
p: Pre-mRNA-processing factor 19
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
n: Pre-mRNA-processing factor 17
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
h: Small nuclear ribonucleoprotein F
j: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,679,38966
ポリマ－2,677,46746
非ポリマー1,92220
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 20種, 20分子 ACFIJOQRSTWYZacdXvft

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 265949.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334
#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / RNA splicing and ER to Golgi transport factor 1 / Spliceosome-associated protein 130


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04693
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP11


分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07350
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06835
#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2 / Synthetic lethality with U2 protein 11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Complexed with CEF1 protein 15


分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31 / Complexed with CEF1 protein 14


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / Bud site selection protein 13 / Complexed with CEF1 protein 26


分子量: 30529.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P46947
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-processing protein 2


分子量: 99947.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20095, RNA helicase
#24: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Complexed with CEF1 protein 22


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC24 / Complexed with CEF1 protein 24


分子量: 29797.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53769
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85


分子量: 61057.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654
#29: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77


分子量: 68044.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309
#30: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Complexed with CEF1 protein 21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375
#31: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / PRP19-associated complex protein 90s / Synthetic lethal with CDC40 protein 1


分子量: 78125.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048
#33: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / PRP19 complex protein 31 / Synthetic lethal with CDC40 protein 2


分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277
#35: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / PRP19-associated complex protein 25 / Synergistic to PRP19 mutation protein 309


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091

-
タンパク質 , 8種, 8分子 BHKPUbek

#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#7: タンパク質 Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1


分子量: 50339.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02554
#10: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit


分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C074
#15: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004
#20: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 24100.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07930
#26: タンパク質 Peptidyl-prolyl isomerase CWC27 / PPIase CWC27 / Complexed with CEF1 protein 27 / Rotamase CWC27


分子量: 35080.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02770, peptidylprolyl isomerase
#32: タンパク質 Protein HSH49


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99181
#37: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018

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Saccharomyces cerevisiae strain ... , 2種, 2分子 DE

#4: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae strain CDRDR_sf_H chromosome VII sequence


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023403
#5: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae strain T.52_2H chromosome XII sequence


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925

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RNA鎖 , 3種, 3分子 LNM

#11: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#12: RNA鎖 Pre-mRNA


分子量: 7864.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#13: RNA鎖 Pre-mRNA


分子量: 18915.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

-
U2 snRNP component ... , 2種, 2分子 VG

#21: タンパク質 U2 snRNP component IST3 / Increased sodium tolerance protein 3 / U2 snRNP protein SNU17


分子量: 17121.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40565
#28: タンパク質 U2 snRNP component HSH155


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49955

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 opqrn

#34: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#36: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division control protein 40


分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 ihjlmg

#38: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330
#39: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999
#40: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204
#41: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321
#42: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260
#43: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 11021.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217

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非ポリマー , 4種, 20分子

#44: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#45: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#47: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(LOWER-CASE)/v(LOWER-CASE) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP ...EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(LOWER-CASE)/v(LOWER-CASE) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP DATABASE SEQUENCE. CHAIN c(LOWER-CASE) UNP Q03654, CHAIN d(LOWER-CASE) UNP Q12309, CHAIN v(LOWER-CASE) UNP Q04048, BUT THERE ARE UNK RESIDUES(UNKNOWN RESIDUES) IN THE CHAINS. THE AUTHORS DO NOT KNOW HOW THE COORDINATES OF UNK RESIDUES ALIGN WITH THE SEQUENCE. THEREFORE THE RESIDUE NUMBERS IN THE COORDINATES ARE MEANINGLESS. AUTHORS STATE THAT THE CHAIN M IS A PRE-MRNA. THE CHAIN M HAS FIVE UNCLEAR NUCLEOTIDES 'N".

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bact spliceosomal complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 8
詳細: CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 4.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャンScanner model: OTHER

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77312 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化最高解像度: 3.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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