PDB-5gir: Crystal structure of a Fab fragment with its ligand peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gir

タイトル

Crystal structure of a Fab fragment with its ligand peptide

要素

Heavy chain of Fab fragment
LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP
Light chain of Fab fragment

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / peptide ligand / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Kitago, Y. / Kaneko, K.K. / Ogasawara, S. / Kato, Y. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for multi-specific peptide recognition by the anti-IDH1/2 monoclonal antibody, MsMab-1.
著者: Kitago, Y. / Kaneko, M.K. / Ogasawara, S. / Kato, Y. / Takagi, J.

履歴

登録	2016年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gir.cif.gz	349.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gir.ent.gz	283.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gir_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gir_full_validation.pdf.gz	503 KB	表示
XML形式データ	5gir_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5gir_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gisC 4ebqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5it2-d 6ev2-2 6o3u-2 6a0x-4 4kjw-2 2adj-d 6ev2-4 4wht-3 4kka-2 6pyd-1 3qpq-1 1ghf-d 3eo9-d 1hil-2 1a4k-2 5d1z-5 3ejz-3 6n16-2 3dgg-2 1c5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

H: Heavy chain of Fab fragment

L: Light chain of Fab fragment

A: Heavy chain of Fab fragment

B: Light chain of Fab fragment

C: LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP

D: LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Heavy chain of Fab fragment

L: Light chain of Fab fragment

C: LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Heavy chain of Fab fragment

B: Light chain of Fab fragment

D: LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.110, 93.650, 70.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド	LYS-PRO-ILE-ILE-ILE-GLY-SER-HIS-ALA-TYR-GLY-ASP 分子量: 1272.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75874*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	Heavy chain of Fab fragment 分子量: 25712.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体	Light chain of Fab fragment 分子量: 26006.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mammalia (両生類)

-
非ポリマー , 3種, 506分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Imidazole-HCl pH 6.5, 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.2 M Potassium/Sodium Tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48.3 Å / Num. obs: 64311 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.93→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2341)	精密化
XDS		data processing
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EBQ

4ebq

解像度: 1.93→38.435 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	3201	4.98 %
R_work	0.1815	-	-
obs	0.184	64281	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→38.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6613	0	53	495	7161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	6853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	9342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.637	4102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9588	0.358	117	0.2707	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9588-1.9894	0.3023	139	0.2519	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9894-2.022	0.3129	145	0.2354	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.0569	0.2563	135	0.2327	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0569-2.0943	0.2837	145	0.2271	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0943-2.1346	0.2862	141	0.217	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1346-2.1781	0.2796	134	0.2084	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1781-2.2255	0.2559	144	0.1975	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2255-2.2773	0.2543	139	0.1904	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2773-2.3342	0.2715	137	0.1888	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3342-2.3973	0.241	140	0.198	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3973-2.4678	0.2851	139	0.199	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4678-2.5475	0.2848	141	0.1982	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5475-2.6385	0.2673	137	0.1952	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6385-2.7441	0.2548	141	0.1939	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7441-2.869	0.263	144	0.1983	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-3.0202	0.2614	136	0.2046	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0202-3.2093	0.2331	141	0.1923	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2093-3.457	0.2242	141	0.1796	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.457-3.8046	0.2155	141	0.1637	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8046-4.3544	0.1802	141	0.134	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3544-5.4836	0.1432	140	0.1253	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4836-38.4427	0.1802	143	0.1672	2725	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1111	0.6989	0.1587	1.6972	0.4297	0.924	0.0134	-0.1075	0.1548	0.1592	-0.0365	0.2436	-0.0442	-0.0778	0	0.1692	0.0184	0.0123	0.1705	0.0052	0.2478	16.533	15.746	-14.547
2	1.0187	-0.311	-0.0966	1.2275	0.3201	0.6928	0.0159	-0.004	0.0278	-0.136	-0.0716	-0.0741	0.0012	0.0553	0	0.226	-0.0048	0.0395	0.1693	0.0085	0.169	41.0553	33.347	-25.1103
3	1.0033	0.0288	-0.4685	0.3956	0.3748	1.5164	-0.1228	0.0402	-0.1279	-0.0522	0.0119	-0.0256	0.112	0.0098	-0	0.1755	-0.0164	0.0328	0.1682	0.0136	0.228	26.192	4.453	-27.952
4	1.0677	0.5835	0.6248	0.9772	0.9911	1.1985	0.0875	-0.0427	-0.1195	0.1406	0.0732	-0.2003	0.1078	0.0094	-0	0.1946	0.0107	-0.0416	0.1462	-0.0039	0.1662	50.3064	20.5876	-20.9949
5	1.0209	0.0666	-0.0476	2.2167	-0.3908	0.4722	0.0534	-0.0438	-0.0336	-0.1129	-0.0413	-0.2924	0.0089	0.0672	-0	0.1566	-0.0226	0.0005	0.1781	-0.0141	0.1865	0.873	-7.5	-21.657
6	0.785	0.4259	-0.016	1.2183	-0.0745	1.0439	-0.0134	0.0658	0.0648	-0.0653	0.0367	0.0494	-0.0578	-0.1433	0	0.1586	0.0174	0.0035	0.1683	0.0107	0.1258	-4.528	-5.051	-27.168
7	1.336	-0.7975	-0.1598	1.438	0.0041	0.5643	0.0559	-0.0517	-0.0105	0.0891	-0.0104	0.1158	-0.0909	-0.003	-0	0.2119	-0.0265	0.0399	0.1673	-0.0197	0.1544	1.051	-0.919	-17.672
8	0.988	0.2493	-0.3476	0.7108	-0.5908	1.1714	0.0772	-0.0637	0.144	0.2424	-0.038	0.0353	-0.1228	0.0198	0.0001	0.2287	-0.0047	0.0792	0.1492	-0.0052	0.2184	6.407	4.251	-27.763
9	0.0171	0.0193	0.0274	0.0024	0.02	0.0394	-0.0825	-0.0327	0.032	-0.0154	-0.1431	0.028	0.1641	0.1494	0	0.1832	-0.0373	-0.0123	0.2663	0.0711	0.3623	-29.864	-19.876	-2.084
10	0.1007	-0.0507	0.0824	0.0053	-0.0071	0.0939	-0.2332	0.0441	0.45	-0.155	-0.0672	0.0084	-0.2775	-0.1471	-0.002	0.2681	-0.0623	0.0788	0.2433	-0.0136	0.3029	38.966	42.118	-17.129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 21:128 )	A	21 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 135:213 )	A	135 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 20:127 )	B	20 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 130:211 )	B	130 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 126:132 )	C	126 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 134:137 )	C	134 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 126:127 )	D	126 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 130:135 )	D	130 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 301:302 )	A	301 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 301:303 )	H	301 - 303
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 301:301 )	B	301
12	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 301:303 )	L	301 - 303
13	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 303:304 )	A	303 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)