PDB-5ggj: Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ggj

タイトル

Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with Man-alpha-pNP

要素

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferease / O-mannosylation / alpha-dystroglycan

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective POMGNT1 causes MDDGA3, MDDGB3 and MDDGC3 / O-linked glycosylation / localization of cell / protein O-linked glycosylation via mannose / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / reactive gliosis / acetylglucosaminyltransferase activity / basement membrane organization / dentate gyrus development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.424 Å

データ登録者

Kuwabara, N. / Senda, T. / Kato, R.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Carbohydrate-binding domain of the POMGnT1 stem region modulates O-mannosylation sites of alpha-dystroglycan
著者: Kuwabara, N. / Manya, H. / Yamada, T. / Tateno, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Akasaka-Manya, K. / Hirose, Y. / Mizuno, M. / Ikeguchi, M. / Toda, T. / Hirabayashi, J. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2016年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ggj.cif.gz	149.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ggj.ent.gz	117.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ggj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ggj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ggj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5ggj_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5ggj_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ggfC 5gggSC 5ggiC 5ggkC 5gglC 5ggnC 5ggoC 5ggpC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ggl-1 5xfc-1 5ggn-1 5ggk-1 5xfc-2 6vgv-d 3sub-1 5ggo-1 4qxk-d 4a60-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

B: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

ヘテロ分子

35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.490, 88.830, 53.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-612- HOH
2	1	A-618- HOH

#1: タンパク質

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / POMGnT1 / UDP-GlcNAc:alpha-D-mannoside beta-1 / 2-N-acetylglucosaminyltransferase I.2 / GnT I.2

分子量: 17623.020 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 92-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT1, MGAT1.2, UNQ746/PRO1475 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZA1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

#2: 糖

ChemComp-PNA / 4-nitrophenyl alpha-D-mannopyranoside / 4'-NITROPHENYL-ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE / 4-nitrophenyl alpha-D-mannoside / 4-nitrophenyl D-mannoside / 4-nitrophenyl mannoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₂H₁₅NO₈

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: Tris-HCl, PEG-6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→19.2 Å / Num. obs: 62431 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.42→1.43 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GGG

5ggg

解像度: 1.424→19.175 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	3819	3.21 %
R_work	0.1867	-	-
obs	0.1874	62371	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.424→19.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2327	0	42	412	2781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.008	884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4237-1.4417	0.4092	116	0.3726	3467	X-RAY DIFFRACTION	81
1.4417-1.4607	0.3509	144	0.3305	4296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4607-1.4807	0.3109	142	0.3042	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4807-1.5018	0.2731	140	0.2924	4309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.5243	0.276	145	0.2762	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5243-1.5481	0.3261	140	0.27	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5481-1.5734	0.2503	142	0.2411	4330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5734-1.6006	0.2307	143	0.2307	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6006-1.6296	0.2255	144	0.225	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6296-1.661	0.2415	139	0.2118	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.661-1.6949	0.2417	146	0.2123	4300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6949-1.7317	0.2399	140	0.203	4324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7317-1.7719	0.2237	143	0.2095	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7719-1.8162	0.2648	144	0.207	4309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8162-1.8653	0.2591	142	0.2041	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8653-1.9201	0.2421	144	0.1935	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9201-1.982	0.2114	144	0.1783	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.0528	0.1795	136	0.1782	4254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.1349	0.2244	144	0.1766	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1349-2.2319	0.1902	144	0.177	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2319-2.3494	0.22	134	0.1737	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3494-2.4963	0.2394	141	0.1753	4295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4963-2.6886	0.2002	147	0.1757	4295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6886-2.9582	0.1889	146	0.174	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9582-3.3843	0.1826	143	0.1689	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3843-4.2561	0.1796	136	0.1615	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2561-19.1771	0.1692	150	0.1664	4282	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2089	-0.6107	-0.3557	3.6273	1.0757	1.8864	0.047	0.0328	-0.0108	-0.2334	-0.2069	0.5403	-0.2831	-0.3492	0.1046	0.1953	0.0681	-0.0326	0.2526	-0.0167	0.1414	8.6579	10.1307	7.9963
2	0.2053	-0.0956	0.1924	0.7419	-0.753	0.7844	0.4414	0.3593	-0.1856	-1.1928	-0.5549	0.4024	-0.0355	-0.2233	0.1113	0.3383	0.1055	-0.0576	0.2419	-0.0399	0.1861	14.356	5.2172	-0.7544
3	0.8027	-0.4044	-0.0113	2.7506	0.1774	0.3517	0.0127	-0.0292	0.0496	-0.0513	-0.0108	-0.1461	-0.0365	-0.0057	0.0009	0.1233	0.0222	-0.0026	0.161	-0.0174	0.1039	22.3558	5.1567	11.6977
4	1.5046	-0.4671	0.2475	1.5238	0.1906	2.0507	0.0985	-0.1679	-0.0246	0.2822	-0.0309	0.0686	0.0253	-0.0362	-0.013	0.1593	0.0028	0.0056	0.2001	-0.0103	0.1431	17.8842	-3.5723	18.4166
5	1.3539	-0.8871	-0.4475	2.3609	0.1789	1.9174	-0.0515	-0.0614	-0.223	0.0668	-0.0581	0.4447	0.0144	-0.2402	0.0056	0.1165	0.0286	-0.0012	0.2074	0.0043	0.1906	10.5112	0.0152	14.8221
6	2.401	1.427	0.973	7.6906	4.3423	3.5516	0.0724	-0.1582	0.2044	-0.1256	-0.2602	0.3321	-0.3806	-0.3212	0.1503	0.2129	0.0708	0.0135	0.2476	0.0001	0.1412	8.8073	15.4642	17.5128
7	4.9869	0.6207	0.9159	2.6846	0.2215	1.4505	0.1206	0.6052	-0.2122	-0.2206	-0.0175	-0.4305	0.2296	0.5271	-0.1354	0.18	0.0848	0.0281	0.2514	-0.0221	0.1922	14.3664	13.9986	33.0945
8	0.0586	-0.2119	-0.2158	2.7085	0.9943	0.8736	0.1991	0.9039	-1.1488	-0.3203	-0.2762	0.0282	0.2859	0.0636	-0.0138	0.3176	0.0598	-0.024	0.3208	-0.0754	0.3529	4.304	6.4215	33.4036
9	2.4909	0.0782	0.8349	2.8898	0.1024	1.1322	0.1098	-0.4343	-0.3767	0.4248	0.0736	-0.3459	0.3487	0.1131	-0.0645	0.223	0.074	-0.0444	0.2149	-0.0005	0.1771	11.283	13.088	44.8101
10	5.318	0.0326	2.9523	1.3245	0.4636	2.0806	-0.0492	-0.3754	-0.389	0.2156	0.0679	0.1521	0.0942	-0.2897	0.0049	0.175	0.0156	0.0231	0.1798	0.0118	0.1559	-2.9509	17.3611	46.4242
11	1.8062	0.2815	0.3409	1.1649	0.4216	0.5638	-0.0005	0.0043	0.0708	-0.0044	-0.056	0.0285	-0.0267	0.0589	0.043	0.1448	0.0182	0.0075	0.1503	0.0041	0.1095	4.3667	23.5993	39.4823
12	3.8905	0.2702	1.0573	2.2636	0.2674	1.433	0.1151	0.2516	0.3417	-0.2489	-0.0935	-0.0283	-0.1539	0.0861	-0.0118	0.2402	0.0593	0.0477	0.214	-0.0246	0.1323	8.5631	21.004	30.6608

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 97 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 186 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 187 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 237 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 238 through 249 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 97 through 116 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 117 through 129 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 130 through 149 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 150 through 166 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 167 through 226 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 227 through 248 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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