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- PDB-5g56: THE TETRA-MODULAR CELLULOSOMAL ARABINOXYLANASE CtXyl5A STRUCTURE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g56
タイトルTHE TETRA-MODULAR CELLULOSOMAL ARABINOXYLANASE CtXyl5A STRUCTURE AS REVEALED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
キーワードCARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / ARABINOXYLANASE / CTXYL5A / GH5 / CBM6 / CBM13 / FN3 / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM / CELLULOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. ...Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Galactose-binding domain-like / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate binding family 6
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Bras, J.L.A. / Gilbert, H.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Mechanism by which Arabinoxylanases Can Recognise Highly Decorated Xylans.
著者: Labourel, A. / Crouch, L.I. / Bras, J.L. / Jackson, A. / Rogowski, A. / Gray, J. / Yadav, M.P. / Henrissat, B. / Fontes, C.M. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S. / Basle, A. / Cuskin, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the Pentamodular Arabinoxylanase Ctxyl5A from Clostridium Thermocellum.
著者: Bras, J.L.A. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2016年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年6月29日ID: 5AK1
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Other
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32016年11月9日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3066
ポリマ－93,9501
非ポリマー3575
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.410, 191.730, 50.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6 / ARABINOXYLANASE


分子量: 93949.648 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 36-889 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEMET DERIVATIVE
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A3DHG6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEMET DERIVATIVE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: CBM13 MODEL WAS BUILT IN MANUALLY USING COOT.
結晶化pH: 7 / 詳細: 40% (V/V) 2-METHYL-2-4PENTANEDIOL (MPD), pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50.7 Å / Num. obs: 42246 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.64→2.78 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2Y8K, 3MPC, 2Y8M, 2Y9I AND 2Y9S

2y8k

3mpc

2y8m
PDB 未公開エントリ

2y9i
PDB 未公開エントリ

2y9s
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.64→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 22.967 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED FOR GH5, CBM6,CBM13 AND FN3 MODULES. CBM62 WAS NOT FITTED IN THE SOLVENT CHANNEL. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2125 5 %RANDOM
Rwork0.23726 ---
obs0.23928 40074 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→50.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5446 0 19 227 5692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.025626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.9267683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886311610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3565706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39123.9259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72615780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9711530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7652.4642826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7652.4632825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4113.6943530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4113.6953531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6462.5432800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6462.5452801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.123.7954154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.75529.1026450
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.57528.8796400
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.642→2.711 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 153 -
Rwork0.32 2626 -
obs--89.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 80.9645 Å / Origin y: 24.6616 Å / Origin z: 7.6844 Å
111213212223313233
T0.2184 Å2-0.0123 Å2-0.0088 Å2-0.0422 Å20.0232 Å2--0.0242 Å2
L0.6237 °2-0.0127 °2-0.186 °2-0.7674 °2-0.2373 °2--0.5875 °2
S-0.029 Å °-0.1441 Å °-0.0454 Å °0.0205 Å °-0.0544 Å °-0.1107 Å °-0.2581 Å °0.1034 Å °0.0833 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 373
2X-RAY DIFFRACTION1A374 - 516
3X-RAY DIFFRACTION1A517 - 652
4X-RAY DIFFRACTION1A653 - 742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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