+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c1m | ||||||
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Title | NavAb NormoPP mutant | ||||||
Components | Ion transport protein | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Mutant | ||||||
Function / homology | Function and homology information membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arcobacter butzleri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.518 Å | ||||||
Authors | Catterall, W.A. / Zheng, N. / Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2018 Title: Structural basis for gating pore current in periodic paralysis. Authors: Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Lu, P. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c1m.cif.gz | 228.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c1m.ent.gz | 182.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c1m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c1m_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6c1m_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
Data in XML | 6c1m_validation.xml.gz | 30 KB | Display | |
Data in CIF | 6c1m_validation.cif.gz | 36.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/6c1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/6c1m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6c1eC 6c1kC 6c1pC 3rvyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 33004.949 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C235I, H123R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (bacteria) Strain: RM4018 / Gene: Abu_1752 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A8EVM5 |
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-Non-polymers , 6 types, 63 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PX4 / #3: Chemical | ChemComp-1N7 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.79 Å3/Da / Density % sol: 78.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 4.8 / Details: ammonium sulphate, Na-citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.99994 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99994 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→42.31 Å / Num. obs: 51039 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.3 % / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.64 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RVY Resolution: 2.518→42.311 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.518→42.311 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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