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- PDB-4p4n: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p4n | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydrogenase | ||||||
![]() | Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Mycobacterium tuberculosis / shikimate dehydrogenase / AroE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | ![]() shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate metabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / chorismate biosynthetic process / NADP binding / protein homodimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lalgondar, M. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydrogenase Authors: Lalgondar, M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 293.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 238.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4p4lC ![]() 4p4gS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28289.133 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P95001, UniProt: I6Y120*PLUS, shikimate dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.1 M sodium citrate pH 6.2, 1.65 M (NH4)2SO4, 2.7 % 1,6-hexanediol, 0.1 M guanidine HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 49226 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.782 / Net I/av σ(I): 34.836 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 217954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4P4G Resolution: 1.95→46.168 Å / FOM work R set: 0.8474 / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.8 Å2 / Biso mean: 22.96 Å2 / Biso min: 7.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→46.168 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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