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万見
- PDB-5g24: Type IV-like pilin TTHA1219 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g24
タイトルType IV-like pilin TTHA1219 from Thermus thermophilus
要素TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / NATURAL COMPETENCE / TYPE IV PILUS / DNA UPTAKE
機能・相同性: / Type IV pilin Tt1219 / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation site / cell outer membrane / Probable general secretion pathway protein J
機能・相同性情報
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Derrick, J.P.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of Type Iv Pilins from Thermus Thermophilus Demonstrate Similarities with Type II Secretion System Pseudopilins
著者: Karuppiah, V. / Thistlethwaite, A. / Derrick, J.P.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219
B: TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2532
ポリマ－50,2532
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-4.9 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.830, 32.170, 108.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4715, 0.1321, 0.8719), (0.0403, -0.9845, 0.1709), (0.881, 0.1157, 0.4588)
ベクター: -73.5961, -26.5404, 46.7514)

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要素

#1: タンパク質 TYPE-IV LIKE PILIN TTHA1219


分子量: 25126.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: Q5SIZ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.01M ZINC CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5 AND 20% (W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→57.77 Å / Num. obs: 16586 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G23

5g23


解像度: 2.3→97.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 17.194 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24034 838 5.1 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
obs0.19266 15747 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.06 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→97.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 0 79 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.022878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9864080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.56236605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3875390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81923.008123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96215463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0271530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.872.0881572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8672.0851571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0063.1171958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3552.4011427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 50 -
Rwork0.273 1126 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49360.6776-0.21641.4296-0.12552.32590.1062-0.4644-0.25260.1852-0.1443-0.12170.07170.11110.03810.167-0.02250.04480.17110.03260.0577-26.871-11.38116.691
21.67190.0942-0.51991.547-0.43466.3916-0.0306-0.13230.10110.010.068-0.0986-0.0641-0.3679-0.03750.11390.01480.05870.27190.00450.047-47.673-11.73130.482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2B39 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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