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- PDB-3qsu: Structure of Staphylococcus aureus Hfq in complex with A7 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsu
タイトルStructure of Staphylococcus aureus Hfq in complex with A7 RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA chaperone Hfq
キーワードCHAPERONE/RNA / hexamer / Sm/Lsm family / RNA chaperone / translational regulator / mRNA / sRNA / cytoplasma / CHAPERONE-RNA complex
機能・相同性SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / RNA / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brennan, R. / Horstmann, N. / Link, T.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural mechanism of Staphylococcus aureus Hfq binding to an RNA A-tract.
著者: Horstmann, N. / Orans, J. / Valentin-Hansen, P. / Shelburne, S.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA chaperone Hfq
B: RNA chaperone Hfq
H: RNA chaperone Hfq
I: RNA chaperone Hfq
K: RNA chaperone Hfq
M: RNA chaperone Hfq
C: RNA chaperone Hfq
D: RNA chaperone Hfq
E: RNA chaperone Hfq
F: RNA chaperone Hfq
G: RNA chaperone Hfq
J: RNA chaperone Hfq
N: RNA chaperone Hfq
S: RNA chaperone Hfq
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,42945
ポリマ－127,53316
非ポリマー1,89729
水3,729207
1
A: RNA chaperone Hfq
B: RNA chaperone Hfq
H: RNA chaperone Hfq
I: RNA chaperone Hfq
K: RNA chaperone Hfq
M: RNA chaperone Hfq
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,76419
ポリマ－54,9807
非ポリマー78512
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA chaperone Hfq
D: RNA chaperone Hfq
E: RNA chaperone Hfq
F: RNA chaperone Hfq
G: RNA chaperone Hfq
J: RNA chaperone Hfq
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,83020
ポリマ－54,9807
非ポリマー85013
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: RNA chaperone Hfq
S: RNA chaperone Hfq
ヘテロ分子

N: RNA chaperone Hfq
S: RNA chaperone Hfq
ヘテロ分子

N: RNA chaperone Hfq
S: RNA chaperone Hfq
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,50518
ポリマ－52,7206
非ポリマー78512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-415 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.397, 156.397, 34.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
RNA chaperone Hfq


分子量: 8786.683 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: subsp. aureus ECT-R 2 / 遺伝子: ECTR2_1161, hfq / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5RBT2
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2259.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12 % MPD, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Zn(0Ac)2, 0.1M KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Na-cacodylate11
3Zn(0Ac)211
4KCl11
5MPD12
6Na-cacodylate12
7Zn(0Ac)212
8KCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月1日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→78.2 Å / Num. all: 48116 / Num. obs: 47823 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→78.198 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1937 4.25 %
Rwork0.1956 --
obs0.1981 45560 94.7 %
all-47819 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.419 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.6153 Å20 Å20 Å2
2---13.6153 Å2-0 Å2
3---27.2307 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→78.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6913 176 29 207 7325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0099814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2542628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27870.28321750.23424005X-RAY DIFFRACTION87
2.2787-2.36990.30311840.20944118X-RAY DIFFRACTION89
2.3699-2.47780.33151860.22524181X-RAY DIFFRACTION90
2.4778-2.60840.2741910.23544269X-RAY DIFFRACTION94
2.6084-2.77190.28051990.21214376X-RAY DIFFRACTION95
2.7719-2.98590.26922010.19494475X-RAY DIFFRACTION98
2.9859-3.28640.24682020.19044583X-RAY DIFFRACTION99
3.2864-3.76190.25582030.18674581X-RAY DIFFRACTION99
3.7619-4.73950.22822050.16624593X-RAY DIFFRACTION100
4.7395-78.24790.24161910.20694442X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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