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- PDB-1huw: THE CRYSTAL STRUCTURE OF AFFINITY-MATURED HUMAN GROWTH HORMONE AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1huw
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF AFFINITY-MATURED HUMAN GROWTH HORMONE AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HUMAN GROWTH HORMONE
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / animal organ development / positive regulation of multicellular organism growth / growth hormone receptor binding / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway ...growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / animal organ development / positive regulation of multicellular organism growth / growth hormone receptor binding / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway / Prolactin receptor signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of MAP kinase activity / cytokine activity / endosome lumen / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / response to nutrient levels / cytokine-mediated signaling pathway / hormone activity / response to estradiol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatotropin / Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Somers, W.S. / Kossiakoff, A.A. / De Vos, A.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The crystal structure of affinity-matured human growth hormone at 2 A resolution.
著者: Ultsch, M.H. / Somers, W. / Kossiakoff, A.A. / de Vos, A.M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Affinity Maturation of Human Growth Hormone by Monovalent Phage Display
著者: Lowman, H.B. / Wells, J.A.
履歴
登録1993年9月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN GROWTH HORMONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9871
ポリマ－21,9871
非ポリマー00
水1,38777
1
A: HUMAN GROWTH HORMONE

A: HUMAN GROWTH HORMONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9732
ポリマ－43,9732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)80.450, 59.340, 50.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 HUMAN GROWTH HORMONE


分子量: 21986.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01241
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
46 mg/mlprotein1drop
5120 mM1dropNaCl
620 mMsodium cacoylate1drop
75.0 mMEDTA1drop
81 mMphenylmethylsulfonyl fluoride1drop
910 %(w/v)PEG80001drop
100.2 Mmagnesium acetate1drop
110.1 Msodium cacodylate1drop

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 6630 / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 16335 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.48 Å / % possible obs: 94.1 % / Num. unique obs: 626 / Num. measured obs: 1167 / Rmerge(I) obs: 0.144

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / Rfactor Rwork: 0.185 / Rfactor obs: 0.185 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1361 0 0 77 1438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 12423 / Num. reflection obs: 11341 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.199 / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.63
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / Num. reflection Rfree: 4151 / Rfactor obs: 0.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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