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万見
- PDB-5g04: Structure of the human APC-Cdc20-Hsl1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g04
タイトルStructure of the human APC-Cdc20-Hsl1 complex
要素
  • (ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ...) x 11
  • (CELL DIVISION CYCLE PROTEIN ...) x 4
  • PROBABLE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HSL1
キーワードCELL CYCLE / PHOSPHORYLATION / MITOSIS / UBIQUITINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / metaphase/anaphase transition of cell cycle / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic nuclear division ...negative regulation of diacylglycerol biosynthetic process / protein localization to septin ring / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / cellular bud neck septin ring / metaphase/anaphase transition of cell cycle / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of dendrite development / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / mitotic sister chromatid cohesion / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / mitotic spindle assembly / enzyme-substrate adaptor activity / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / intercellular bridge / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / nuclear periphery / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein catabolic process / RHO GTPases Activate Formins / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G protein-coupled receptor binding / brain development / kinetochore / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / Separation of Sister Chromatids / spindle pole / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule cytoskeleton / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / Ub-specific processing proteases / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / protein kinase activity / regulation of cell cycle / negative regulation of gene expression / cell division / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / nucleolus
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / : / Cullin / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Tetratricopeptide repeat / Herpes Virus-1 / Galactose-binding domain-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Tetratricopeptide repeat / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / Jelly Rolls / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhang, S. / Chang, L. / Alfieri, C. / Zhang, Z. / Yang, J. / Maslen, S. / Skehel, M. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of APC/C activation by mitotic phosphorylation.
著者: Suyang Zhang / Leifu Chang / Claudio Alfieri / Ziguo Zhang / Jing Yang / Sarah Maslen / Mark Skehel / David Barford /
要旨: In eukaryotes, the anaphase-promoting complex (APC/C, also known as the cyclosome) regulates the ubiquitin-dependent proteolysis of specific cell-cycle proteins to coordinate chromosome segregation ...In eukaryotes, the anaphase-promoting complex (APC/C, also known as the cyclosome) regulates the ubiquitin-dependent proteolysis of specific cell-cycle proteins to coordinate chromosome segregation in mitosis and entry into the G1 phase. The catalytic activity of the APC/C and its ability to specify the destruction of particular proteins at different phases of the cell cycle are controlled by its interaction with two structurally related coactivator subunits, Cdc20 and Cdh1. Coactivators recognize substrate degrons, and enhance the affinity of the APC/C for its cognate E2 (refs 4-6). During mitosis, cyclin-dependent kinase (Cdk) and polo-like kinase (Plk) control Cdc20- and Cdh1-mediated activation of the APC/C. Hyperphosphorylation of APC/C subunits, notably Apc1 and Apc3, is required for Cdc20 to activate the APC/C, whereas phosphorylation of Cdh1 prevents its association with the APC/C. Since both coactivators associate with the APC/C through their common C-box and Ile-Arg tail motifs, the mechanism underlying this differential regulation is unclear, as is the role of specific APC/C phosphorylation sites. Here, using cryo-electron microscopy and biochemical analysis, we define the molecular basis of how phosphorylation of human APC/C allows for its control by Cdc20. An auto-inhibitory segment of Apc1 acts as a molecular switch that in apo unphosphorylated APC/C interacts with the C-box binding site and obstructs engagement of Cdc20. Phosphorylation of the auto-inhibitory segment displaces it from the C-box-binding site. Efficient phosphorylation of the auto-inhibitory segment, and thus relief of auto-inhibition, requires the recruitment of Cdk-cyclin in complex with a Cdk regulatory subunit (Cks) to a hyperphosphorylated loop of Apc3. We also find that the small-molecule inhibitor, tosyl-l-arginine methyl ester, preferentially suppresses APC/C(Cdc20) rather than APC/C(Cdh1), and interacts with the binding sites of both the C-box and Ile-Arg tail motifs. Our results reveal the mechanism for the regulation of mitotic APC/C by phosphorylation and provide a rationale for the development of selective inhibitors of this state.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / pdbx_validate_polymer_linkage / refine / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _refine.ls_d_res_high / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3385
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1
B: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11
C: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
D: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15
E: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16
F: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG
G: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
H: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG
I: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4
J: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG
K: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG
L: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10
M: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13
N: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2
O: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5
P: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
R: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 20 HOMOLOG
S: PROBABLE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HSL1
W: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
X: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
Y: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,250,91724
ポリマ－1,250,72121
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY

#1: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1 / APC1 / CYCLOSOME SUBUNIT 1 / MITOTIC CHECKPOINT REGULATOR / TESTIS-SPECIFIC GENE 24 PROTEIN / APC1


分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11 / APC11 / CYCLOSOME SUBUNIT 11 / HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOCIATED RING FINGER PROTEIN / APC11


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16 / APC16 / CYCLOSOME SUBUNIT 16 / APC16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG / APC12


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4 / APC4 / CYCLOSOME SUBUNIT 4 / APC4


分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10 / APC10 / CYCLOSOME SUBUNIT 10 / APC10


分子量: 21124.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13 / APC13 / CYCLOSOME SUBUNIT 13 / APC13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2 / APC2 / CYCLOSOME SUBUNIT 2 / APC2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5 / APC5 / CYCLOSOME SUBUNIT 5 / APC5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX4
#16: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7 / APC7 / CYCLOSOME SUBUNIT 7 / APC7


分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX3

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CELL DIVISION CYCLE PROTEIN ... , 4種, 7分子 CPFHJKR

#3: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / APC8 / CYCLOSOME SUBUNIT 8 / APC8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3 / APC3 / CDC27 HOMOLOG / CDC27HS / H-NUC / APC3


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6 / APC6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PF1, PU1
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13042
#14: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 20 HOMOLOG / P55CDC / CDC20


分子量: 54796.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MODIFIED PFASTBAC HTA
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12834

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 S

#15: タンパク質 PROBABLE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE HSL1 / HSL1


分子量: 23658.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 667-872 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P34244, non-specific serine/threonine protein kinase
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RECOMBINANT APC-CDC20- HSL1 COMPLEX / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20MM HEPES, 150MM NACL, 0. 5MM TCEP / pH: 8 / 詳細: 20MM HEPES, 150MM NACL, 0. 5MM TCEP
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2015年10月30日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 78000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179660 / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数65459 0 3 0 65462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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