PDB-5fq4: Crystal structure of the lipoprotein BT2263 from Bacteroides thet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fq4

タイトル

Crystal structure of the lipoprotein BT2263 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

PUTATIVE LIPOPROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Robinson, C.V. / Kleinekathoefer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.

履歴

登録	2015年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fq4.cif.gz	383.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fq4.ent.gz	314.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fq4_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fq4_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	5fq4_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	5fq4_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fq3C 5fq6C 5fq7C 5fq8C 5lx8C 5t3rC 5t4yC 4q69S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z00-d 1yey-4 4mwh-d 3t6v-3 5mib-d 5bud-2 2cz0-d 5bvc-d 6rho-d 6vhw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE LIPOPROTEIN

B: PUTATIVE LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.757, 80.025, 120.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PUTATIVE LIPOPROTEIN / BT_2263 分子量: 53261.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 20-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL CYSTEINE RESIDUE REMOVED 由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A5H6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE 0.1 M TRIS PH 8.5 30% V/V PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.96
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.75 Å / Num. obs: 81475 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q69

4q69

解像度: 1.9→47.535 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	2030	2.5 %
R_work	0.1583	-	-
obs	0.1593	80356	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7182	0	2	876	8060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	10028
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.732	4332
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.3366	119	0.2925	5569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.2525	130	0.2336	5586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.059	0.27	152	0.221	5511	X-RAY DIFFRACTION	99
2.059-2.1255	0.2219	151	0.1992	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.2609	132	0.1804	5597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2896	0.2312	135	0.1806	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.2088	157	0.1635	5549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.1976	167	0.1607	5557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6779	0.2491	148	0.1623	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8846	0.2181	168	0.159	5609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.1748	0.205	162	0.1534	5560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1748-3.6341	0.1948	153	0.139	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6341-4.578	0.1408	121	0.1197	5675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.578-47.5503	0.142	135	0.1389	5742	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5901	0.2939	-0.563	2.274	-0.8915	1.4863	-0.0284	-0.3403	-0.1826	0.2515	-0.1165	-0.151	-0.035	0.2571	0.1454	0.1369	-0.0054	-0.0008	0.2294	0.0221	0.1565	-13.5245	6.0919	174.0643
2	1.9323	0.9081	-0.7756	3.1555	-0.996	1.1521	-0.1372	-0.1796	-0.5558	-0.1188	-0.1988	-0.6443	0.256	0.2896	0.2879	0.2228	0.0832	0.0904	0.2799	0.1166	0.4259	-4.522	-5.4232	167.4527
3	0.7484	0.0976	0.1471	1.7217	-0.4216	0.6179	-0.2119	-0.0344	-0.3337	-0.1093	0.0868	0.0159	0.4267	-0.0055	0.15	0.2632	-0.0019	0.1104	0.1552	-0.0115	0.3637	-21.0056	-9.4126	168.4627
4	2.1885	0.0944	-0.8583	2.6437	-0.1303	1.1438	-0.3993	0.0246	-0.4498	0.0783	-0.0024	0.2637	0.5499	-0.064	0.3794	0.2329	-0.0058	0.0122	0.1463	0.0229	0.2465	-22.5066	-2.8188	165.425
5	1.7672	0.3598	-0.95	2.5534	-1.4145	1.7668	0.2175	0.0446	0.3615	0.3178	0.0956	0.2358	-0.3882	-0.1304	-0.2801	0.1774	0.0177	0.0428	0.1773	-0.0022	0.2221	-27.6068	23.0306	167.4369
6	1.6688	0.2256	-0.9935	1.4699	-0.7391	1.3602	-0.1109	0.2124	-0.0851	-0.2129	0.0546	0.0795	0.1472	-0.1618	0.0357	0.1493	-0.0325	-0.0084	0.1769	-0.0219	0.1352	-20.9313	10.4029	156.3791
7	0.8245	0.589	-0.2201	2.3959	-0.2829	1.4707	0.048	-0.0595	0.0049	-0.0554	-0.0875	-0.2335	-0.2248	0.1951	0.0336	0.1448	0.0042	0.0001	0.1783	0.0234	0.1434	10.5178	36.6609	137.4948
8	1.871	0.9844	-2.1911	1.2209	-1.1369	4.3005	0.1225	-0.0367	0.1533	-0.0051	0.0178	0.209	-0.3672	-0.0271	-0.1747	0.2741	0.0566	-0.0132	0.208	0.006	0.217	-2.6749	44.1788	136.6553
9	0.9796	0.1854	-0.042	3.149	-0.5959	3.0225	0.1803	0.1683	0.1906	-0.3617	-0.0237	0.029	-0.5376	-0.1239	-0.1869	0.2171	-0.0119	-0.0127	0.1467	0.0316	0.2216	-0.6213	40.7347	130.8357
10	0.7551	0.9681	-0.4432	3.0351	-0.5928	2.1471	-0.1965	0.1508	-0.226	-0.5732	0.0513	-0.2099	0.4995	-0.123	0.1424	0.3165	-0.0121	0.0302	0.2092	-0.022	0.1768	-0.7904	14.8458	126.0553
11	0.8117	0.2423	-0.3114	1.3736	-0.2977	1.4913	-0.0201	0.0978	0.0493	-0.1391	0.0475	0.2607	-0.0132	-0.3155	-0.0094	0.1321	0.0105	-0.0176	0.198	0.0207	0.171	-8.344	27.4296	136.5606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 120 THROUGH 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 159 THROUGH 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 234 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 235 THROUGH 321 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 322 THROUGH 480 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 175 THROUGH 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 197 THROUGH 234 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 235 THROUGH 321 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 322 THROUGH 480 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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