[日本語] English
- PDB-5fq3: Crystal structure of the lipoprotein BT2262 from Bacteroides thet... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fq3
タイトルCrystal structure of the lipoprotein BT2262 from Bacteroides thetaiotaomicron
要素BT_2262
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN
機能・相同性Domain of unknown function DUF5012 / BT_2262-like, C-terminal domain / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold / DUF5012 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Robinson, C.V. / Kleinekathoefer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Nature / : 2017
タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年2月1日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BT_2262
B: BT_2262
C: BT_2262
D: BT_2262


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0604
ポリマ-94,0604
非ポリマー00
00
1
A: BT_2262


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5151
ポリマ-23,5151
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BT_2262


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5151
ポリマ-23,5151
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: BT_2262


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5151
ポリマ-23,5151
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: BT_2262


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5151
ポリマ-23,5151
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)167.320, 167.320, 100.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
BT_2262


分子量: 23515.039 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 20-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL CYSTEINE RESIDUE REMOVED
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A5H7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M SODIUM HEPES PH 7.5 2% W/W PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.75 Å / Num. obs: 26439 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 85.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-TERMINAL DOMAIN FROM COMPLEX STRUCTURE

解像度: 3.1→48.749 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1999 7.6 %
Rwork0.1994 --
obs0.204 26387 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6180 0 0 0 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3728624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9143664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17750.35651470.30281684X-RAY DIFFRACTION100
3.1775-3.26340.40361400.28421712X-RAY DIFFRACTION100
3.2634-3.35940.31921420.27221717X-RAY DIFFRACTION100
3.3594-3.46780.351380.26651710X-RAY DIFFRACTION100
3.4678-3.59180.31941550.2351697X-RAY DIFFRACTION100
3.5918-3.73550.3231370.24321723X-RAY DIFFRACTION100
3.7355-3.90550.29361620.2231715X-RAY DIFFRACTION100
3.9055-4.11130.27441330.19011716X-RAY DIFFRACTION100
4.1113-4.36870.21141370.16481757X-RAY DIFFRACTION100
4.3687-4.70570.20741490.14641719X-RAY DIFFRACTION100
4.7057-5.17880.20631240.14971778X-RAY DIFFRACTION100
5.1788-5.92710.23721480.1791766X-RAY DIFFRACTION100
5.9271-7.46320.26671350.21461797X-RAY DIFFRACTION100
7.4632-48.75480.22261520.19521897X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16721.24071.21422.34380.67152.27250.1482-0.26830.34970.2126-0.29410.36-0.1423-0.1980.13690.6165-0.11610.29420.4256-0.13240.7531170.6772138.9552110.5978
23.9312-1.6250.19664.12161.45042.95120.11150.1572-0.0940.39630.2259-0.21630.2280.2801-0.31520.5621-0.03820.04760.3411-0.05480.4642191.0436118.263496.2124
34.01722.05720.18182.5183-0.28461.69120.04650.4840.4167-0.26920.21380.20290.1056-0.0497-0.27970.49090.06010.06440.52290.11020.4639147.1314120.761981.4183
42.9102-0.3099-0.42911.73320.69051.57380.3650.9341.0815-0.3401-0.08760.3232-0.5093-0.4445-0.25350.74020.09650.25030.90150.38570.9305169.5938139.638867.4801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 14 THROUGH 212)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'B' AND RESID 14 THROUGH 212)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'C' AND RESID 14 THROUGH 212)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN 'D' AND RESID 14 THROUGH 212)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る