+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fq3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the lipoprotein BT2262 from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | BT_2262 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF5012 / BT_2262-like, C-terminal domain / Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold / DUF5012 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Robinson, C.V. / Kleinekathoefer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota. 著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 268.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 467.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23515.039 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 20-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL CYSTEINE RESIDUE REMOVED 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M SODIUM HEPES PH 7.5 2% W/W PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.75 Å / Num. obs: 26439 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 85.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: N-TERMINAL DOMAIN FROM COMPLEX STRUCTURE 解像度: 3.1→48.749 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.749 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|