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- PDB-5foe: Crystal structure of the C. elegans Protein O-fucosyltransferase ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5foe
タイトルCrystal structure of the C. elegans Protein O-fucosyltransferase 2 (CePOFUT2) double mutant (R298K-R299K) in complex with GDP and the human TSR1 from thrombospondin 1
要素GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1
キーワードTRANSFERASE / POFUT2 / WATERS / FUSION PROTEIN / AFM / ITC / GLYCOSYLTRANSFERASE / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / MOLECULAR DYNAMICS / TSR1
機能・相同性
機能・相同性情報


O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked glycosylation via fucose / peptide-O-fucosyltransferase activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / chronic inflammatory response ...O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked glycosylation via fucose / peptide-O-fucosyltransferase activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / chronic inflammatory response / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / fucose metabolic process / engulfment of apoptotic cell / fibrinogen complex / negative regulation of focal adhesion assembly / low-density lipoprotein particle binding / peptide cross-linking / Signaling by PDGF / platelet alpha granule / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of interleukin-12 production / fibrinogen binding / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage activation / transforming growth factor beta binding / sprouting angiogenesis / proteoglycan binding / negative regulation of endothelial cell migration / positive regulation of fibroblast migration / extracellular matrix structural constituent / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of cGMP-mediated signaling / Syndecan interactions / negative regulation of interleukin-10 production / phosphatidylserine binding / response to testosterone / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell proliferation / fibroblast growth factor binding / behavioral response to pain / response to magnesium ion / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibronectin binding / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / response to unfolded protein / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / response to glucose / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / laminin binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / response to progesterone / secretory granule / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / response to calcium ion / cellular response to growth factor stimulus / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / cell migration / Platelet degranulation / heparin binding / : / cellular response to heat / protease binding / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2-like / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat ...GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2-like / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Thrombospondin-1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Valero-Gonzalez, J. / Leonhard-Melief, C. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Oses, G. / Hernandez-Ruiz, C. / Pallares, M.C. / Yruela, I. / Vasudevan, D. / Lostao, A. / Corzana, F. ...Valero-Gonzalez, J. / Leonhard-Melief, C. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Oses, G. / Hernandez-Ruiz, C. / Pallares, M.C. / Yruela, I. / Vasudevan, D. / Lostao, A. / Corzana, F. / Takeuchi, H. / Haltiwanger, R.S. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Proactive Role of Water Molecules in Acceptor Recognition of Thrombospondin Type 1 Repeats by Protein-O-Fucosyltransferase 2
著者: Valero-Gonzalez, J. / Leonhard-Melief, C. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Oses, G. / Hernandez-Ruiz, C. / Pallares, M.C. / Yruela, I. / Vasudevan, D. / Lostao, A. / Corzana, F. / Takeuchi, H. ...著者: Valero-Gonzalez, J. / Leonhard-Melief, C. / Lira-Navarrete, E. / Jimenez-Oses, G. / Hernandez-Ruiz, C. / Pallares, M.C. / Yruela, I. / Vasudevan, D. / Lostao, A. / Corzana, F. / Takeuchi, H. / Haltiwanger, R.S. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32016年3月30日Group: Database references
改定 1.42017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1
B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,98016
ポリマ－115,0302
非ポリマー1,94914
水9,566531
1
A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4908
ポリマ－57,5151
非ポリマー9757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4908
ポリマ－57,5151
非ポリマー9757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.026, 67.447, 90.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9974, -0.07215, 0.009094), (-0.07126, 0.9945, 0.07619), (-0.01454, 0.07534, -0.9971)
ベクター: 26.31, -5.701, 38.02)

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要素

#1: タンパク質 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1 / Patterning defective protein 2 / Peptide-O-fucosyltransferase 2 / O-FucT-2


分子量: 57515.227 Da / 分子数: 2 / 変異: YES,YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: pad-2, K10G9.3, THBS1, TSP, TSP1 / プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: Q8WR51, UniProt: P07996, peptide-O-fucosyltransferase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細WE MADE A DOUBLE MUTANT OF CEPOFUT2. THIS WAS R298K-R299K. THE NUMBERING OF HSTSR1 IN THE PDB DOES ...WE MADE A DOUBLE MUTANT OF CEPOFUT2. THIS WAS R298K-R299K. THE NUMBERING OF HSTSR1 IN THE PDB DOES NOT CORRESPOND WITH ITS NUMBERING IN THE HUMAN THROMBOSPONDIN 1. HOWEVER, THIS IS EXPLAINED IN THE MANUSCRIPT, WHICH IS ALMOST ACCEPTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 283636 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AP5

4ap5


解像度: 1.98→81.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 9.769 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24607 1852 2.8 %RANDOM
Rwork0.20044 ---
obs0.20168 64467 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20.42 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→81.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7150 0 124 531 7805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.95610113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.079315747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37223.444392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.347151276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8531564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4642.1353455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4642.1343454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3693.1914311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6622.3624021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 132 -
Rwork0.269 4733 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5245-0.36760.10240.7858-0.130.1097-0.0119-0.01920.0636-0.01090.0006-0.11060.01080.00190.01130.21310.0069-0.08990.03820.02540.077822.706822.5933.0842
21.15490.28890.17780.67310.13050.1272-0.03360.17370.04240.05230.0149-0.02160.0224-0.09270.01880.2005-0.0497-0.06530.1814-0.00960.02892.173425.80336.5892
31.4150.6414-1.11530.3049-0.47983.8722-0.09090.2913-0.0150.0250.1179-0.02630.2915-0.2274-0.0270.27940.0082-0.0760.13550.01340.029711.347815.1347-14.5227
40.8515-0.2137-0.7230.2039-0.42973.2915-0.0353-0.0897-0.1476-0.06720.04480.05950.24650.0941-0.00950.2229-0.0291-0.05920.0656-0.02030.086414.149217.712954.3295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 426
2X-RAY DIFFRACTION2B40 - 425
3X-RAY DIFFRACTION3A1003 - 1051
4X-RAY DIFFRACTION4B1003 - 1051

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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