PDB-4dsh: Crystal structure of reduced UDP-Galactopyranose mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dsh

タイトル

Crystal structure of reduced UDP-Galactopyranose mutase

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / Rossmann fold / flavin adenine dinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Dhatwalia, R. / Singh, H. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Trypanosoma cruzi UDP-Galactopyranose Mutase Implicate Flexibility of the Histidine Loop in Enzyme Activation.
著者: Dhatwalia, R. / Singh, H. / Oppenheimer, M. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2012年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dsh.cif.gz	384.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dsh.ent.gz	313.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dsgC 3uteS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dsg-1 4dsg-2 6lzs-3 4gzu-2 2bxs-1 6hdx-d 5oln-2 6lzs-4 4aze-1 1z4p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.840, 143.840, 354.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 55228.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507993.160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E1W2, UDP-galactopyranose mutase

-
非ポリマー , 5種, 255分子

#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 0.5% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.17 % / 数: 841035 / R_merge(I) obs: 0.089 / D res high: 2.25 Å / D res low: 47.08 Å

反射

解像度: 2.25→47.08 Å / Num. obs: 102978 / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
2.25-2.37	7.3	0.526	3.7	107552	14746	99.76
2.37-2.52				106969	14034	99.88
2.52-2.69				105484	13206	99.98
2.69-2.9				102685	12354	99.97
2.9-3.18				98354	11402	99.94
3.18-3.56				90922	10369	99.91
3.56-4.11				79897	9212	99.92
4.11-5.03				66650	7852	99.84
5.03-7.12				53322	6218	99.91
7.12-47.08				29200	3585	99.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UTE

3ute

解像度: 2.25→46.901 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8845 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2098	5134	4.99 %	FROM PDB ENTRY 4DSG
R_work	0.1801	-	-	-
obs	0.1816	102877	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.228 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.79 Å² / B_iso mean: 32.1708 Å² / B_iso min: 9.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3109 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.3109 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.6217 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7464	0	191	246	7901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	10820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.538	2929

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.3304	0.2853	494	0.2381	9584	10078	100
2.3304-2.4237	0.2782	496	0.2252	9603	10099	100
2.4237-2.534	0.2674	480	0.2125	9665	10145	100
2.534-2.6676	0.2386	543	0.203	9663	10206	100
2.6676-2.8347	0.2427	498	0.1936	9694	10192	100
2.8347-3.0536	0.2247	515	0.1876	9694	10209	100
3.0536-3.3608	0.2278	504	0.1994	9776	10280	100
3.3608-3.8469	0.2059	516	0.1801	9809	10325	100
3.8469-4.8459	0.1518	531	0.1304	9907	10438	100
4.8459-46.9117	0.1876	557	0.1707	10348	10905	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1462	0.023	0.0229	0.7861	-0.4412	0.207	-0.0302	-0.0175	-0.003	0.1534	0.0018	0.0561	-0.0977	-0.0087	0.0229	0.1531	-0.0313	0.0031	0.0444	0.0121	0.0655	65.6826	-12.4597	-35.3515
2	0.4699	-0.0299	0.0635	0.4046	0.0898	0.2583	0.0161	-0.0035	0.0524	-0.0606	0.0181	0.0173	0.0092	0.0604	-0.032	0.0395	-0.0201	-0.0293	0.0581	-0.0145	0.0402	69.9004	-41.95	-67.6645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	4 - 476
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 475

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 255分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 255分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 255分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)