PDB-4dsg: Crystal Structure of oxidized UDP-Galactopyranose mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dsg

タイトル

Crystal Structure of oxidized UDP-Galactopyranose mutase

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / Rossmann fold / flavin adenine dinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.249 Å

データ登録者

Singh, H. / Dhatwalia, R. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Trypanosoma cruzi UDP-Galactopyranose Mutase Implicate Flexibility of the Histidine Loop in Enzyme Activation.
著者: Dhatwalia, R. / Singh, H. / Oppenheimer, M. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2012年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dsg.cif.gz	389.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dsg.ent.gz	318.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dshC 3uteS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e5v-2 4dsh-1 6lzs-4 5eqd-2 4aze-1 5eqf-3 1tdk-d 3aqc-1 1pqc-1 5wwq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.393, 143.393, 354.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 55228.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507993.160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E1W2, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 0.5% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月6日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.249→55 Å / Num. all: 102574 / Num. obs: 101725 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 0.791 / Net I/σ(I): 14.077

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.249-2.33	5.2	0.542	2.214	19381	0.559	100
2.33-2.42	6.4	0.552		19370	0.553	100
2.42-2.53	6.4	0.44		19333	0.555	99.9
2.53-2.67	6.4	0.339		19381	0.575	99.9
2.67-2.83	6.4	0.237		19317	0.608	99.8
2.83-3.05	6.4	0.161		19389	0.67	99.8
3.05-3.36	6.4	0.111		19283	0.771	99.7
3.36-3.85	6.4	0.085		19313	1.19	99.5
3.85-4.85	6.4	0.068		19316	1.591	99.3
4.85-55	6.4	0.041		19236	0.845	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UTE

3ute

解像度: 2.249→46.936 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2125	5093	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1829	-	-	-
obs	0.1844	101705	99.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.646 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.33 Å² / B_iso mean: 29.9405 Å² / B_iso min: 5.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8856 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.8856 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7712 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.249→46.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7479	0	161	381	8021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	10801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.18	2927

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.249-2.3297	0.2979	508	0.2463	9506	10014	100
2.3297-2.423	0.2741	486	0.2221	9594	10080	100
2.423-2.5332	0.2524	481	0.2085	9598	10079	100
2.5332-2.6668	0.2512	531	0.2045	9595	10126	100
2.6668-2.8338	0.2281	501	0.1941	9595	10096	100
2.8338-3.0526	0.2336	515	0.1928	9652	10167	100
3.0526-3.3597	0.2455	499	0.1942	9667	10166	99
3.3597-3.8457	0.2055	504	0.1845	9691	10195	99
3.8457-4.8444	0.147	524	0.1341	9764	10288	99
4.8444-46.9466	0.1878	544	0.1725	9950	10494	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0825	0.037	-0.0459	1.3368	-0.6957	0.3578	-0.0031	-0.014	-0.0101	0.2667	-0.0524	0.0702	-0.1457	-0.0098	0.0304	0.1345	-0.0424	0.0034	-0.0073	0.0128	0.0338	65.9513	-12.1473	-35.0285
2	0.4318	-0.0193	-0.2159	0.269	0.1997	0.4481	0.0023	-0.1216	0.0948	-0.0273	0.0565	0.0174	-0.0188	0.1783	-0.0587	0.0141	-0.0285	-0.0263	0.1104	-0.0243	0.0645	69.772	-41.2222	-67.8647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	4 - 476
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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