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万見
- PDB-6e5v: human mGlu8 receptor amino terminal domain in complex with (S)-3,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e5v
タイトルhuman mGlu8 receptor amino terminal domain in complex with (S)-3,4-Dicarboxyphenylglycine (DCPG)
要素Metabotropic glutamate receptor 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / mGluR8 ATD / GRM8 / DCPG
機能・相同性
機能・相同性情報


group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / visual perception / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / G alpha (i) signalling events / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 8 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 8 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HVG / Metabotropic glutamate receptor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Chen, Q. / Ho, J.D. / Ashok, S. / Vargas, M.C. / Wang, J. / Atwell, S. / Bures, M. / Schkeryantz, J.M. / Monn, J.A. / Hao, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for ( S)-3,4-Dicarboxyphenylglycine (DCPG) As a Potent and Subtype Selective Agonist of the mGlu8Receptor.
著者: Chen, Q. / Ho, J.D. / Ashok, S. / Vargas, M.C. / Wang, J. / Atwell, S. / Bures, M. / Schkeryantz, J.M. / Monn, J.A. / Hao, J.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 8
B: Metabotropic glutamate receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2156
ポリマ－117,6652
非ポリマー5494
水64936
1
A: Metabotropic glutamate receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1073
ポリマ－58,8331
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metabotropic glutamate receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1073
ポリマ－58,8331
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.945, 106.780, 117.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 8 / mGluR8


分子量: 58832.715 Da / 分子数: 2 / 変異: C246S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM8, GPRC1H, MGLUR8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00222
#2: 化合物 ChemComp-HVG / 4-[(S)-amino(carboxy)methyl]benzene-1,2-dicarboxylic acid / (S)-3,4-Dicarboxyphenylglycine (DCPG) / 2-(3,4-ジカルボキシフェニル)-L-グリシン


分子量: 239.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO6 / コメント: アゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Bis-Tris, pH 6.5, 27% PEG 3350, 200mM Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→19.91 Å / Num. obs: 21256 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.91 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BSZ

6bsz


解像度: 2.95→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 26.279 / SU ML: 0.467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.52
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.2551 ---
obs0.2576 21256 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.15 Å2 / Biso mean: 66.96 Å2 / Biso min: 28.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6 Å20 Å2-0 Å2
2---4.07 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6682 0 36 36 6754
Biso mean--53.92 48.26 -
残基数----882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0971.9519331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.45874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68724.155296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.987151053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7851536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215256
LS精密化 シェル解像度: 2.952→3.027 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 79 -
Rwork0.369 1452 -
all-1531 -
obs--96.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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