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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ap5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human POFUT2 | ||||||
要素 | GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GT-B / GT68 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein folding / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / regulation of secretion / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / fucose metabolic process / regulation of epithelial to mesenchymal transition / mesoderm formation / regulation of gene expression ...positive regulation of protein folding / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / regulation of secretion / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / fucose metabolic process / regulation of epithelial to mesenchymal transition / mesoderm formation / regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.003 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C. / Keusch, J.J. / Klein, D. / Hess, D. / Hofsteenge, J. / Gut, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2012 タイトル: Structure of Human Pofut2: Insights Into Thrombospondin Type 1 Repeat Fold and O-Fucosylation. 著者: Chen, C.I. / Keusch, J.J. / Klein, D. / Hess, D. / Hofsteenge, J. / Gut, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ap5.cif.gz | 332.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ap5.ent.gz | 278 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ap5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ap5_validation.pdf.gz | 460.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ap5_full_validation.pdf.gz | 472.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ap5_validation.xml.gz | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ap5_validation.cif.gz | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4ap5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4ap5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.6925, 0.4858, -0.5333), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47882.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2G5, peptide-O-fucosyltransferase #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 12% PEG 20000, 0.02 M TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 31375 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 50.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 71.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 3.003→29.657 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.628 Å2 / ksol: 0.271 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.003→29.657 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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