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- PDB-5fmz: Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmz
タイトルCrystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA
要素
  • 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3'
  • POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
  • POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
  • RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT
キーワードTRANSCRIPTION / INFLUENZA B VIRUS RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / HETEROTRIMER / VIRAL RNA / VRNA 5' END.
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA B VIRUS (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Guilligay, D. / Cusack, S.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Influenza Polymerase Can Adopt an Alternative Configuration Involving a Radical Repacking of Pb2 Domains.
著者: Thierry, E. / Guilligay, D. / Kosinski, J. / Bock, T. / Gaudon, S. / Round, A. / Pflug, A. / Hengrung, N. / El Omari, K. / Baudin, F. / Hart, D.J. / Beck, M. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of Influenza a Polymerase Bound to the Viral RNA Promoter.
著者: Pflug, A. / Guilligay, D. / Reich, S. / Cusack, S.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT
C: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
D: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT
F: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
H: 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3'
V: 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,5158
ポリマ－533,5158
非ポリマー00
水00
1
D: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT
F: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
H: 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,7574
ポリマ－266,7574
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38110 Å2
ΔGint-232.4 kcal/mol
Surface area87760 Å2
手法PISA
2
A: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT
C: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2
V: 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,7574
ポリマ－266,7574
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37780 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area87230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.570, 200.540, 133.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 POLYMERASE ACIDIC PROTEIN / INFLUENZA B POLYMERASE PA SUBUNIT


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA B VIRUS (B/MEMPHIS/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
プラスミド: PKL-PBAC / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Z9
#2: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE CATALYTIC SUBUNIT / INFLUENZA B POLYMERASE PB1 SUBUNIT


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA B VIRUS (B/MEMPHIS/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
プラスミド: PKL-PBAC / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 POLYMERASE BASIC PROTEIN 2 / INFLUENZA B POLYMERASE PB2 SUBUNIT


分子量: 90844.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA B VIRUS (B/MEMPHIS/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
プラスミド: PKL-PBAC / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3
#4: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP)-3' / VRNA 5' END


分子量: 3883.408 Da / 分子数: 2 / Fragment: FIRST 12 NUCLEOTIDES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) INFLUENZA B VIRUS (B/MEMPHIS/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
配列の詳細N-TERMINAL EXTENSION, HIS-TAG AND LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE N-TERMINAL ...N-TERMINAL EXTENSION, HIS-TAG AND LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE N-TERMINAL EXTENSION, LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE N-TERMINAL EXTENSION, LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER, STREP-TAG AND TEV SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07228
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07228 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 86591 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.37 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル解像度: 3.4→3.55 Å / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4WSA

4wsa


解像度: 3.4→126.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 46.772 / SU ML: 0.674 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.611 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27696 2595 3 %RANDOM
Rwork0.2553 ---
obs0.25595 83996 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.884 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å2-0.12 Å2
2---9.99 Å20 Å2
3---7.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→126.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34112 524 0 0 34636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01935345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0233992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9551.95547719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853378433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.68654265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48124.3581565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.104156570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.11615228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.25239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02139123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6211.17617119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.61911.17617118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9116.75721364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15811.17818226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 165 -
Rwork0.383 6197 -
obs--99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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