PDB-5fdq: Murine COX-2 S530T mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fdq

タイトル

Murine COX-2 S530T mutant

要素

Prostaglandin G/H synthase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Cyclooxygenase / Cyxlooxygenase-2 / Monotopic / COX-2 / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Aspirin-Acetylated Human Cyclooxygenase-2: Insight into the Formation of Products with Reversed Stereochemistry.
著者: Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.

履歴

登録	2015年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fdq.cif.gz	486.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fdq.ent.gz	393.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fdq_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fdq_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5fdq_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	5fdq_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/5fdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/5fdq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f19C 5f1aC 3hs5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v3r-2 4m10-2 1pgg-d 3ln0-2 3n8y-d 5jw1-d 5ikv-d 3n8x-d 4otj-1 3ntb-2 3qmo-d 5jvz-d 4rrx-d 4rry-2 1prh-d 5jvy-d 6bl4-2 3ntg-2 3tzi-d 1ht8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (16) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin G/H synthase 2

B: Prostaglandin G/H synthase 2

ヘテロ分子

140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.163, 132.500, 180.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein 分子量: 67947.414 Da / 分子数: 2 / 変異: S530T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

#1: タンパク質

Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...

分子量: 67947.414 Da / 分子数: 2 / 変異: S530T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#8: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1150分子

#4: 化合物	ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO 分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂CoN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸分子量: 72.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-60A / 2-[(2~{R})-2-(hydroxymethyloxy)propoxy]ethanol 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PAA-5100, HEPES(7.5), magnesium chloride, beta-octyl glucoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9777 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 112453 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 10.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: truncated 3HS5

3hs5

解像度: 1.9→19.958 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	5518	4.91 %
R_work	0.1529	-	-
obs	0.1548	112377	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8946	0	273	1144	10363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.382	12951
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.628	3505
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3139	175	0.2603	3304	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9216-1.9442	0.2954	182	0.2324	3424	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9442-1.9678	0.232	197	0.2107	3534	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9678-1.9927	0.2481	184	0.1918	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9927-2.0189	0.2516	187	0.1823	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0189-2.0466	0.2133	200	0.1792	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0466-2.0758	0.2289	186	0.1791	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0758-2.1067	0.2135	190	0.1685	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1067-2.1396	0.2041	175	0.1599	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1396-2.1746	0.1914	161	0.161	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1746-2.2121	0.193	191	0.1549	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2121-2.2523	0.2055	175	0.1465	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2523-2.2955	0.2276	189	0.158	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2955-2.3423	0.1918	163	0.1532	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3423-2.3932	0.2089	190	0.1504	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3932-2.4487	0.1906	172	0.1442	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4487-2.5099	0.2161	192	0.1447	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5099-2.5776	0.1988	160	0.1505	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5776-2.6533	0.2158	167	0.144	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6533-2.7387	0.2184	166	0.1474	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7387-2.8363	0.1836	161	0.1509	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8363-2.9495	0.2054	162	0.154	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9495-3.0833	0.1987	163	0.1596	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0833-3.2452	0.1859	159	0.1486	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2452-3.4476	0.1833	165	0.1496	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4476-3.7122	0.1683	231	0.1351	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7122-4.0829	0.162	247	0.1295	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0829-4.6671	0.1603	194	0.1211	3619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6671-5.8553	0.1388	191	0.1408	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8553-19.9588	0.186	243	0.1779	3661	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6676	1.7464	-0.2009	3.0594	0.2	2.6624	0.037	-0.1863	-0.173	0.1285	0.0635	0.1624	0.0261	-0.5138	-0.0639	0.1307	0.0278	0.0339	0.2816	0.0741	0.2325	-0.943	32.571	60.4282
2	2.9359	0.6636	-2.4496	4.2455	0.5382	5.243	-0.3063	0.3188	-0.2087	-0.1746	0.0966	0.325	0.3351	-0.3688	0.2111	0.1798	-0.0817	0.012	0.2754	0.018	0.3622	12.3332	4.9766	66.4458
3	0.7673	-0.2566	0.0145	0.6758	-0.3659	0.7264	-0.0655	-0.1321	0.0744	0.1722	0.0489	-0.0072	-0.1428	-0.0473	0.0112	0.1523	0.0096	-0.0022	0.1161	-0.0131	0.1168	23.6181	31.7433	67.2586
4	2.2149	0.5762	0.5271	1.9664	0.4694	2.9908	0.0151	-0.0988	0.1193	0.0092	-0.0157	-0.1448	-0.0591	0.1705	-0.0036	0.0775	0.0151	0.0166	0.1338	0.0263	0.1507	47.8455	19.4147	59.7253
5	0.6511	-0.2472	-0.1073	0.5639	-0.0869	0.7471	-0.0368	-0.1496	-0.0203	0.1124	0.0544	0.0222	0.015	-0.016	-0.0104	0.1415	-0.0032	0.009	0.1242	0.0171	0.1201	27.4605	18.3145	68.8006
6	4.478	1.4353	-0.4163	3.0799	0.2516	2.7532	-0.0013	0.0905	-0.3101	-0.2922	0.0053	0.1374	0.5539	-0.1087	-0.0149	0.379	0.0056	-0.0218	0.1263	-0.0257	0.227	29.0812	0.5471	32.5993
7	2.2236	-0.0833	-0.8069	3.2639	2.4601	4.374	0.0387	0.0607	-0.3407	0.2108	-0.2571	0.2337	0.3984	-0.4559	0.2053	0.2876	-0.1084	-0.0233	0.2648	-0.0287	0.4051	2.6573	17.21	25.3311
8	0.5739	-0.2589	0.2695	0.6486	-0.36	1.1816	0.0598	0.1021	-0.0118	-0.1307	-0.058	-0.0292	0.1387	0.0961	-0.0202	0.123	0.0098	0.0227	0.1277	0.0037	0.1135	30.6045	25.2191	26.613
9	1.1462	0.237	-0.2267	1.9587	-0.3193	2.6511	0.0123	0.0824	0.1666	-0.0573	0.045	-0.1377	-0.195	0.1562	-0.0295	0.1244	-0.0038	0.0049	0.0939	0.0255	0.169	21.3414	50.6337	34.6541
10	0.5319	-0.2768	-0.1698	0.6424	-0.0429	0.7598	0.0426	0.1269	-0.0097	-0.1428	-0.0044	0.0333	0.0768	-0.0518	-0.0314	0.1212	-0.0092	-0.0169	0.1429	0.0091	0.1189	18.0893	30.9249	24.5681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 33:83)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 84:122)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 123:228)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 229:319)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 320:582)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 33:81)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 82:121)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 122:228)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 229:319)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 320:582)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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