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- PDB-3n8y: Structure of Aspirin Acetylated Cyclooxygenase-1 in Complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n8y | |||||||||
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Title | Structure of Aspirin Acetylated Cyclooxygenase-1 in Complex with Diclofenac | |||||||||
![]() | (Prostaglandin G/H synthase ...) x 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cox-1 / cyclooxygenase / peroxidase / prostaglandin / heme / aspirin acetylation / diclofenac / merohedral twinned | |||||||||
Function / homology | ![]() prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sidhu, R.S. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Comparison of Cyclooxygenase-1 Crystal Structures: Cross-Talk between Monomers Comprising Cyclooxygenase-1 Homodimers Authors: Sidhu, R.S. / Lee, J.Y. / Yuan, C. / Smith, W.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 478.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 391 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3n8vC ![]() 3n8wC ![]() 3n8xC ![]() 3n8zC ![]() 1q4gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-
Components
-Prostaglandin G/H synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63724.141 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 63766.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Sugars , 5 types, 9 molecules ![](data/chem/img/BOG.gif)
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-BOG / |
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-Non-polymers , 4 types, 147 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/DIF.gif)
![](data/chem/img/SAL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DIF.gif)
![](data/chem/img/SAL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | #8: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-SAL / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 273 K / pH: 6.5 Details: SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 25, 2008 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.6→29.84 Å / Num. obs: 58765 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23.7391 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / % possible all: 79.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1Q4G Resolution: 2.6→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 21.955 / SU ML: 0.189 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.046 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.01 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 4300 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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