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- PDB-3tzi: X-ray crystal structure of arachidonic acid bound in the cyclooxy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tzi | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of arachidonic acid bound in the cyclooxygenase channel of G533V murine COX-2 | |||||||||
![]() | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / N-glycosylation / Monotopic Membrane Protein | |||||||||
Function / homology | ![]() Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / response to cytokine / caveola / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / memory / regulation of blood pressure / positive regulation of protein import into nucleus / peroxidase activity / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / cellular response to heat / regulation of cell population proliferation / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Investigating Substrate Promiscuity in Cyclooxygenase-2: THE ROLE OF ARG-120 AND RESIDUES LINING THE HYDROPHOBIC GROOVE. Authors: Vecchio, A.J. / Orlando, B.J. / Nandagiri, R. / Malkowski, M.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 379.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4e1gC ![]() 1cvuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 68160.641 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 19-604 / Mutation: N580A, G533V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-Sugars , 4 types, 7 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | #7: Sugar | ChemComp-BOG / | |
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-Non-polymers , 5 types, 830 molecules ![](data/chem/img/ACD.gif)
![](data/chem/img/COH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% Polyacrylic acid 5100, 100mM HEPES pH 7.5, 20mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 24, 2009 |
Radiation | Monochromator: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→20 Å / Num. all: 80417 / Num. obs: 76377 / % possible obs: 99.98 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 1CVU Resolution: 2.15→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.872 / SU ML: 0.117 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.167 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.812 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.299 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→19.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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