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万見
- PDB-5f6j: Crystal Structure of Tier 2 Neutralizing Antibody DH427 from a Rh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6j
タイトルCrystal Structure of Tier 2 Neutralizing Antibody DH427 from a Rhesus Macaque in Complex with HIV-1 gp120 Core
要素
  • DH427 Antibody Heavy Chain
  • DH427 Antibody Light Chain
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
キーワードViral Protein/Immue System / FAB FRAGMENT / HIV-1 / ANTIBODY / Viral Protein-Immue System complex
機能・相同性membrane fusion involved in viral entry into host cell / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.63 Å
データ登録者Fera, D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Constraints of Vaccine-Induced Tier-2 Autologous HIV Neutralizing Antibodies Targeting the Receptor-Binding Site.
著者: Bradley, T. / Fera, D. / Bhiman, J. / Eslamizar, L. / Lu, X. / Anasti, K. / Zhang, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Lloyd, K.E. / Parks, R. / Eaton, A. ...著者: Bradley, T. / Fera, D. / Bhiman, J. / Eslamizar, L. / Lu, X. / Anasti, K. / Zhang, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Lloyd, K.E. / Parks, R. / Eaton, A. / Foulger, A. / Nie, X. / Karim, S.S. / Barnett, S. / Kelsoe, G. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Montefiori, D.C. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Morris, L. / Santra, S. / Harrison, S.C. / Haynes, B.F.
履歴
登録2015年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
A: DH427 Antibody Light Chain
B: DH427 Antibody Heavy Chain
F: DH427 Antibody Light Chain
H: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,5296
ポリマ－172,5296
非ポリマー00
水00
1
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
A: DH427 Antibody Light Chain
B: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2653
ポリマ－86,2653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
F: DH427 Antibody Light Chain
H: DH427 Antibody Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2653
ポリマ－86,2653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.902, 162.902, 229.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21E
12A
22F
13B
23H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLYSLYSGA44 - 4921 - 352
21VALVALLYSLYSEB44 - 4921 - 352
12SERSERTHRTHRAC2 - 2132 - 213
22SERSERTHRTHRFE2 - 2132 - 213
13GLUGLUPROPROBD1 - 2171 - 217
23GLUGLUPROPROHF1 - 2171 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.792635, -0.608654, 0.035638), (-0.609309, -0.79286, 0.010735), (0.021722, -0.030223, -0.999307)-71.578697, -203.712463, 78.934143
3given(1), (1), (1)
4given(0.764619, -0.64439, 0.010913), (-0.644322, -0.763942, 0.035253), (-0.01438, -0.033987, -0.999319)-72.672859, -196.119934, 82.645493
5given(1), (1), (1)
6given(0.765518, -0.642399, 0.036144), (-0.643242, -0.765405, 0.01986), (0.014907, -0.038452, -0.999149)-74.698868, -195.436493, 78.163811

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要素

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C


分子量: 39031.199 Da / 分子数: 2 / 変異: G321K, N326S, D327N, 322-324 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R4GRV3
#2: 抗体 DH427 Antibody Light Chain


分子量: 22858.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 DH427 Antibody Heavy Chain


分子量: 24375.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5M ammonium sulfate and 100 mM Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.63→141.08 Å / Num. obs: 6058 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Rpim(I) all: 0.146 / Rrim(I) all: 0.312 / Χ2: 1.197 / Net I/av σ(I): 6.615 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 78988
反射 シェル解像度: 6.63→6.8 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HIV strain ZM176.66 gp120 core from PDB Entry 4LST, and separated Fv and Fc regions of DH427 Fab from PDB Entry 5F6H

4lst

5f6h


解像度: 6.63→141.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2767 / WRfactor Rwork: 0.2337 / FOM work R set: 0.6853 / SU B: 381.586 / SU ML: 2.969 / SU Rfree: 2.9795 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 2.98 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3046 302 5 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.2585 5756 93.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 480 Å2 / Biso mean: 276.625 Å2 / Biso min: 130.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---4.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 6.63→141.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11572 0 0 0 11572
残基数----1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01911852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.94516124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45751500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34824.596470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.676151926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7461546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.97927.2616048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.61540.8797531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.75728.1015804
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1G264034.68
2A157418.53
3B157216.94
LS精密化 シェル解像度: 6.625→6.797 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 26 -
Rwork0.356 415 -
all-441 -
obs--91.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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