PDB-5f1k: human CD38 in complex with nanobody MU1053

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f1k

タイトル

human CD38 in complex with nanobody MU1053

要素

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
nanobody MU1053

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / nanobody / MU1053 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Immuno-targeting the multifunctional CD38 using nanobody
著者: Li, T. / Qi, S. / Unger, M. / Hou, Y.N. / Deng, Q.W. / Liu, J. / Lam, C.M. / Wang, X.W. / Xin, D. / Zhang, P. / Koch-Nolte, F. / Hao, Q. / Zhang, H. / Lee, H.C. / Zhao, Y.J.

履歴

登録	2015年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f1k.cif.gz	319.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f1k.ent.gz	261.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f1oC 5f21C 1yh3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6toz-d 1wpc-d 1wp6-d 2ius-5 6taj-2 2d3l-d 2ius-6 6tp0-d 1ud5-d 3fbi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

C: nanobody MU1053

D: nanobody MU1053

93.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

C: nanobody MU1053

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

D: nanobody MU1053

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.552, 96.242, 133.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ASN	ASN	A	A	49 - 290	5 - 246
2	1	THR	THR	ASN	ASN	B	B	49 - 290	5 - 246
1	2	VAL	VAL	SER	SER	C	C	2 - 124	2 - 124
2	2	VAL	VAL	SER	SER	D	D	2 - 124	2 - 124

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / CD38 分子量: 29693.645 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain, UNP residues 45-300 / 変異: Q49T, N100D, N164D, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 抗体	nanobody MU1053 分子量: 17062.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pHEN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 51358 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.936 / Net I/av σ(I): 21.812 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 501783

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	9.1	0.576	5075	0.776	100
2.38-2.48	9.3	0.434	5069	0.786	99.9
2.48-2.59	9.6	0.321	5076	0.794	100
2.59-2.73	9.8	0.24	5098	0.848	100
2.73-2.9	10	0.194	5100	0.888	100
2.9-3.12	10	0.146	5119	1.02	100
3.12-3.44	10	0.103	5152	1.09	100
3.44-3.93	9.6	0.081	5141	1.139	99.9
3.93-4.95	10.3	0.07	5185	1.177	99.3
4.95-50	10	0.056	5343	0.8	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
HKL-2000		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.2326 / WR_factor R_work: 0.2031 / FOM work R set: 0.8483 / SU B: 14.552 / SU ML: 0.153 / SU R_free: 0.2129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2313	2259	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.1996	42953	87.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.51 Å² / B_iso mean: 42.654 Å² / B_iso min: 11.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5755	0	0	323	6078
B_iso mean	-	-	-	33.8	-
残基数	-	-	-	-	727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.935	8031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.181	3	12657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.765	5	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.191	23.741	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.514	15	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.424	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.507	0.91	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.507	0.91	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.658	1.363	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.459	3	11418
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.549	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.163	5	11462

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	28040
1	2	B	28040
2	1	C	13206
2	2	D	13206

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	98	-
R_work	0.223	1796	-
all	-	1894	-
obs	-	-	50.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3901	-1.4038	-1.0861	4.6424	3.0267	4.5939	-0.1011	-0.0308	0.5366	-0.3099	0.2572	-0.177	-0.507	-0.0971	-0.1562	0.2824	0.0433	0.055	0.162	-0.0623	0.3051	61.384	35.006	94.596
2	5.6919	-2.4999	-0.2378	1.2287	0.4502	1.049	-0.0299	-0.1823	0.4546	0.0745	0.0962	-0.234	-0.0036	-0.0315	-0.0664	0.3545	0.0272	0.0259	0.1521	-0.0934	0.3297	75.154	26.527	98.222
3	9.6443	4.3134	-6.8235	8.2096	-6.0068	11.8289	-0.2662	-0.684	2.2802	0.19	0.4675	-0.0266	-0.4452	0.1195	-0.2014	0.5409	0.2195	-0.023	0.2657	-0.2711	0.9486	58.854	45.637	106.319
4	2.2039	-1.7644	-0.2937	3.4125	-0.9359	1.3799	-0.3034	-0.6719	0.2668	0.6434	0.3644	0.0359	-0.1349	0.0511	-0.0611	0.4137	0.1118	0.0182	0.3198	-0.212	0.2653	74.334	23.554	110.377
5	5.2227	1.4427	-0.8379	3.6528	-1.7136	3.4066	-0.2401	-0.687	-0.14	0.6221	-0.1045	-0.6289	-0.0632	0.3361	0.3447	0.4611	0.1121	-0.1198	0.24	-0.156	0.3456	86.567	18.311	109.258
6	3.5367	1.2102	1.5723	3.8691	1.3394	2.7452	0.164	-0.343	-0.1019	0.2119	0.1701	0.0407	0.2799	-0.1587	-0.3342	0.2733	-0.0168	0.0479	0.1823	0.1178	0.2013	55.599	1.497	88.525
7	4.0548	2.6885	-1.2788	2.524	-2.0824	2.5087	0.0917	0.097	-0.1222	-0.0573	-0.0346	-0.0237	0.0707	0.1974	-0.0571	0.3167	0.0023	0.044	0.2047	0.049	0.219	69.316	4.853	79.204
8	3.6795	-3.8486	-1.014	4.4158	2.161	9.0196	0.1334	0.0192	-0.6673	0.1001	0.0027	0.5948	0.2482	-0.662	-0.1361	0.3775	-0.0933	-0.0915	0.291	0.1625	0.4792	45.668	-8.147	81.504
9	11.2056	8.1068	2.5435	9.4619	0.5614	1.8786	0.0497	0.2946	0.3594	-0.3636	0.1132	0.6353	0.0527	0.038	-0.1629	0.2994	0.0265	-0.0045	0.1801	0.1293	0.3562	52.58	3.134	75.294
10	4.162	-0.6304	-0.0926	6.4119	-1.0559	2.0431	0.0934	0.452	-0.1341	-1.1039	-0.0512	0.148	0.3897	0.1196	-0.0421	0.4399	-0.0243	0.0158	0.2286	0.0432	0.0601	70.634	10.772	65.532
11	4.1269	-4.016	3.1011	5.3826	-0.5999	6.438	0.1458	0.0355	0.424	0.1764	0.1004	-0.9106	0.4839	0.2941	-0.2462	0.3634	-0.0058	-0.2416	0.155	0.0966	0.7596	89.363	-11.213	103.497
12	12.9107	6.9859	-2.38	17.7841	-5.4747	1.8218	-0.1239	-0.4856	-0.2793	0.2339	-0.0724	-1.4419	-0.0374	0.2444	0.1963	0.3666	0.0141	-0.2085	0.5287	-0.251	0.7182	93.591	-1.747	103.482
13	7.3905	2.6495	0.4427	6.5331	-0.3183	1.1274	-0.0447	-0.2969	0.241	-0.2665	0.1483	-0.194	0.0773	-0.1328	-0.1037	0.2804	0.0387	-0.0292	0.1684	-0.0123	0.2293	85.676	0.217	99.018
14	7.7822	19.2126	13.5274	65.618	31.2731	29.8292	0.0405	0.0234	-0.2426	-2.4142	-0.4862	0.553	-0.0832	-1.7723	0.4457	0.4502	0.1994	-0.1817	0.7239	-0.2099	0.4566	76.914	-7.945	94.674
15	3.4199	1.6352	0.3504	7.4105	-0.1026	2.1008	-0.0254	-0.5414	0.3047	0.7617	0.1785	0.1178	0.0387	-0.0984	-0.1532	0.3443	0.0665	-0.0506	0.2343	-0.0107	0.1388	81.511	2.436	107.091
16	4.3423	1.2446	-0.3796	7.2461	-1.2742	2.2938	-0.0364	-0.5314	0.0973	0.7908	0.1592	-0.269	0.0988	-0.0112	-0.1229	0.3649	0.0706	-0.074	0.2684	0.0446	0.2371	86.897	-4.973	108.579
17	3.5425	0.7804	-0.465	10.2796	-1.5383	0.2736	0.0908	-0.1638	-0.1054	-0.0941	-0.0847	-0.1695	0.0265	0.0483	-0.0061	0.3095	0.0245	-0.0579	0.1354	-0.0418	0.2383	82.696	-0.032	97.646
18	2.6025	1.523	0.715	15.4218	-2.74	4.9365	0.1347	-0.0525	-0.3359	-0.6318	0.1104	-0.0395	0.4267	0.1597	-0.245	0.2062	0.0438	-0.068	0.1967	0.0415	0.2951	85.005	-8.033	97.9
19	3.1066	-2.9941	-2.7674	17.1175	17.4868	17.8987	-0.4805	-1.1938	0.3934	0.6436	1.2313	-0.7881	0.6075	1.1647	-0.7507	0.2538	0.0676	-0.103	0.7665	0.3747	1.1804	96.112	28.094	73.33
20	7.4798	-8.9434	1.3241	19.3433	-1.3803	0.3897	-0.3028	-0.7197	0.0061	0.1597	0.3628	-1.2451	-0.0208	-0.0256	-0.06	0.3414	0.0746	0.2108	0.4468	0.3201	0.5761	89.887	34.252	66.633
21	2.7278	0.7686	1.0921	18.9624	-0.1312	2.718	0.1913	-0.0565	0.1567	0.4741	-0.7601	-1.4475	-0.1968	0.2553	0.5688	0.2479	-0.0975	0.008	0.374	0.2265	0.3345	85.471	29.338	75.464
22	2.8103	-0.2812	-0.6083	12.5468	-0.1024	2.9071	0.1105	0.0496	0.1212	0.0614	-0.3701	-0.1485	0.0052	0.1961	0.2595	0.2398	-0.0458	0.1039	0.3073	0.1603	0.1855	78.869	28.199	70.4
23	5.2033	-0.4297	-0.4667	10.8471	-1.2453	2.0851	0.1782	0.4095	0.1937	-0.363	-0.6922	-0.9433	-0.0305	0.1842	0.514	0.2716	-0.0154	0.1268	0.3893	0.2537	0.3184	84.924	34.424	67.168
24	5.1323	-3.4631	-3.9782	3.7806	-0.7106	12.1466	-0.0651	0.2624	0.7853	0.4825	-0.6115	-1.1389	-0.0629	0.4558	0.6766	0.9128	-0.4616	-0.3287	0.5069	0.392	0.456	82.784	22.56	78.171
25	0.5705	-0.5218	1.851	9.6704	-3.7242	8.3302	0.141	0.0777	0.2956	1.4468	-0.9569	-1.4067	-0.4685	0.6952	0.8159	0.4903	-0.1585	0.0423	0.3584	0.2789	0.55	87.886	35.223	75.659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	49 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	113 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	180 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	257 - 296
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	49 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	117 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	160 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	177 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	196 - 291
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	2 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	16 - 30
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	31 - 39
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	40 - 47
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	48 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	73 - 89
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	90 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	110 - 124
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	2 - 6
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	7 - 29
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	30 - 43
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	44 - 72
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	73 - 95
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	96 - 109
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	110 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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