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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f21 | ||||||
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Title | human CD38 in complex with nanobody MU375 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / nanobody / MU375 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hao, Q. / Zhang, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Immuno-targeting the multifunctional CD38 using nanobody Authors: Li, T. / Qi, S. / Unger, M. / Hou, Y.N. / Deng, Q.W. / Liu, J. / Lam, C.M. / Wang, X.W. / Xin, D. / Zhang, P. / Koch-Nolte, F. / Hao, Q. / Zhang, H. / Lee, H.C. / Zhao, Y.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 136.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 17.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5f1kC ![]() 5f1oC ![]() 1yh3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29536.451 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: ectodomain, UNP residues 46-300 / Mutation: Q49T, N100D, N164D, N219D, N209D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase | ||||
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#2: Protein | Mass: 16597.363 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, 25%(w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 31133 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.912 / Net I/av σ(I): 22.198 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 191446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YH3 Resolution: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2207 / WRfactor Rwork: 0.1694 / FOM work R set: 0.8717 / SU B: 7.148 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1196 / SU Rfree: 0.1394 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.139 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68.81 Å2 / Biso mean: 27.244 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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