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- PDB-5f19: The Crystal Structure of Aspirin Acetylated Human Cyclooxygenase-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f19
タイトルThe Crystal Structure of Aspirin Acetylated Human Cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Membrane protein / Cyclooxygenase / Cyxlooxygenase-2 / Monotopic / Aspirin / Complex / Covalent Inhibitor / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / lipoxygenase pathway / hair cycle ...Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / lipoxygenase pathway / hair cycle / cellular response to homocysteine / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / cellular response to lead ion / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of smooth muscle contraction / : / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / response to selenium ion / response to nematode / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / Interleukin-10 signaling / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / decidualization / response to tumor necrosis factor / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077176 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Aspirin-Acetylated Human Cyclooxygenase-2: Insight into the Formation of Products with Reversed Stereochemistry.
著者: Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,20530
ポリマ－127,1932
非ポリマー5,01228
水12,629701
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14270 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area42100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.200, 130.130, 178.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin- ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2


分子量: 63596.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGS2, COX2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21
参照: UniProt: P35354, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 722分子

#4: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#6: 化合物
ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H4O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23-34% PAA-5100, 100mM HEPES (pH 7.5), 20mM MgCl2, 0.6% BoG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→53.99 Å / Num. obs: 79456 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 269307 / Scaling rejects: 48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.04-2.082.90.5272.21189440430.6720.3388.6
10.6-53.993.50.03619.522416330.9960.02294.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HS5

3hs5


解像度: 2.04→53.882 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 7862 9.91 %Random selection
Rwork0.1676 71493 --
obs0.1715 79355 94.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.14 Å2 / Biso mean: 31.134 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.228 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→53.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8918 0 334 701 9953
Biso mean--49.39 37.97 -
残基数----1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7412979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6683518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.06320.30752580.24742204246289
2.0632-2.08750.27512350.23162171240688
2.0875-2.11290.28172290.23212243247288
2.1129-2.13970.28622360.22822241247789
2.1397-2.16780.2752350.2232253248890
2.1678-2.19750.26532740.21692219249390
2.1975-2.22890.24052510.21092264251590
2.2289-2.26220.27682460.20172279252590
2.2622-2.29750.2182580.19742269252790
2.2975-2.33520.25552590.19272291255091
2.3352-2.37550.22092530.18312287254092
2.3755-2.41870.22622730.18232289256292
2.4187-2.46520.22482620.1842326258892
2.4652-2.51550.25572280.18512380260893
2.5155-2.57020.23312820.17682286256892
2.5702-2.630.22352520.17692367261993
2.63-2.69580.21022720.1712366263894
2.6958-2.76860.21272380.16922418265695
2.7686-2.85010.21842460.16352409265595
2.8501-2.94210.17912600.16812447270796
2.9421-3.04720.21172760.16832452272897
3.0472-3.16920.19942830.16592498278199
3.1692-3.31340.21223080.15282469277799
3.3134-3.48810.19472970.15142503280099
3.4881-3.70660.18152940.143425522846100
3.7066-3.99270.15422670.133225552822100
3.9927-4.39430.1752560.138725802836100
4.3943-5.02980.16992780.134425812859100
5.0298-6.33550.17992720.159926192891100
6.3355-53.90050.20252840.17692675295998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8990.316-2.45713.2383-1.18264.72690.2609-0.58180.16970.158-0.1723-0.6671-0.42550.3967-0.06570.3196-0.0681-0.03970.2034-0.02390.355237.033661.542553.324
21.894-1.1128-1.7392.41840.1343.04190.2211-0.37220.61610.1928-0.0342-0.3137-0.84040.1774-0.18320.4104-0.0150.02040.2429-0.11640.394131.479967.422951.1587
32.07660.2759-4.28244.5681-1.52519.14720.16320.19430.00490.32780.12250.1438-0.4506-0.3313-0.29570.44410.21220.12040.4817-0.05190.701114.343268.412156.9336
43.29911.3605-0.24212.1991.87124.5440.0161-0.39880.4746-0.0385-0.17850.2242-0.266-0.5030.18850.30320.11370.03110.3254-0.0640.38452.543150.534863.0772
52.60291.1596-0.83852.0575-0.27653.52820.1103-0.1180.22070.149-0.1380.0715-0.1914-0.17910.02360.1472-0.0189-0.01730.1191-0.0140.121231.188947.464248.1455
63.471.8049-0.57915.7651-3.08993.8307-0.0276-0.4347-0.03980.2745-0.4426-0.6723-0.43660.71730.43040.302-0.0708-0.05680.37820.00020.223139.743846.297171.6213
71.78930.6215-0.12540.8527-0.55032.1524-0.0625-0.2075-0.14870.0361-0.0651-0.0703-0.05820.07220.14160.11770.0045-0.0060.09940.0230.13423.45631.843159.4046
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244.18152.2708-0.86382.0147-0.89092.2536-0.33780.3433-0.16160.1010.24960.05950.0845-0.15070.0620.26560.0615-0.06270.25810.00210.4674.57857.39614.5723
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293.90810.12440.23062.32410.4573.3505-0.01750.399-0.0793-0.05240.0798-0.18310.13280.174-0.06970.09180.02190.00640.14330.02230.174649.385942.441125.71
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312.11520.13830.36910.4677-0.17491.5544-0.01770.14530.17720.0202-0.0618-0.0675-0.06690.10430.08450.1231-0.00290.00220.0860.05280.164340.532653.613128.8854
321.13820.0294-0.18651.5615-0.79233.57870.0710.14990.2398-0.05960.00370.1281-0.1768-0.1905-0.07340.140.0484-0.01380.18070.02450.250718.946657.161526.4833
332.56380.6463-2.42860.8112-1.03572.59330.04370.81570.0259-0.17840.09970.18160.0016-0.1602-0.05410.23910.028-0.01930.3342-0.00590.108924.517840.336215.0693
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391.11720.83180.87632.32360.7872.6072-0.03360.63590.0793-0.3610.01560.34940.0341-0.27580.05550.2491-0.0048-0.03770.5174-0.04110.225112.304140.04928.4269
401.4786-0.1442-0.06620.60440.30771.27710.0540.18330.3603-0.0147-0.02130.005-0.2812-0.0643-0.03410.19530.038-0.01540.11310.04780.26632.41558.811926.8763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 33:51)A33 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 52:72)A52 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 73:83)A73 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 84:119)A84 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 120:156)A120 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 157:186)A157 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 187:233)A187 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 234:271)A234 - 271
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 272:295)A272 - 295
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 296:336)A296 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 337:364)A337 - 364
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 365:385)A365 - 385
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 386:414)A386 - 414
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 415:430)A415 - 430
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 431:457)A431 - 457
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 458:478)A458 - 478
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 479:497)A479 - 497
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 498:552)A498 - 552
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 553:559)A553 - 559
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 560:583)A560 - 583
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 33:48)B33 - 48
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 49:66)B49 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 67:79)B67 - 79
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 80:96)B80 - 96
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 97:121)B97 - 121
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 122:155)B122 - 155
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 156:186)B156 - 186
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 187:234)B187 - 234
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 235:280)B235 - 280
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 281:290)B281 - 290
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 291:346)B291 - 346
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 347:374)B347 - 374
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 375:394)B375 - 394
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 395:415)B395 - 415
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 416:429)B416 - 429
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 430:456)B430 - 456
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 457:475)B457 - 475
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 476:484)B476 - 484
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 485:530)B485 - 530
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 531:583)B531 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る