PDB-5eyu: 1.72 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eyu

タイトル

1.72 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) P449M point mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BetB / ROSSMANN FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.72 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) P449M point mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eyu.cif.gz	824.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eyu.ent.gz	680.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mpbS 4mpy 4nea 4nu9 4q92 4qje 4qn2 4qto 4zwl 4zxu 5dib 5ez4 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ilu-1 5x5t-1 2opx-1 4npi-d 5ez4-d 4qje-d 6j75-d 5j77-2 4qto-d 4zwl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00699

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.271, 102.721, 117.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 496 / Label seq-ID: 27 - 517

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase / Betaine-aldehyde dehydrogenase 分子量: 57226.328 Da / 分子数: 4 / 変異: P449M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PMAGIC / 参照: UniProt: Q9L4P8, betaine-aldehyde dehydrogenase

#1: タンパク質

Betaine aldehyde dehydrogenase / Betaine-aldehyde dehydrogenase

分子量: 57226.328 Da / 分子数: 4 / 変異: P449M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PMAGIC / 参照: UniProt: Q9L4P8, betaine-aldehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 2354分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, 5 mM NAD. Crystallization: The Classics II Suite D3: 100 mM HEPES, pH 7.0, 30%(v/v) Jeffamine ED-2001. Cryo: crystallization condition

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→30 Å / Num. obs: 271627 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データスケーリング
BLU-MAX		データ収集
Coot		モデル構築
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4MPB

4mpb

解像度: 1.72→29.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.291 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18295	13698	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16373	-	-	-
obs	0.1647	257471	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.824 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.72→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15232	0	284	2334	17850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	15524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.975	22285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	35910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.696	5	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.407	25.469	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.811	15	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.782	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32167	0.05
1	2	B	32167	0.05
2	1	A	31859	0.07
2	2	C	31859	0.07
3	1	A	31817	0.07
3	2	D	31817	0.07
4	1	B	31661	0.06
4	2	C	31661	0.06
5	1	B	31688	0.06
5	2	D	31688	0.06
6	1	C	31603	0.07
6	2	D	31603	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	877	-
R_work	0.269	17182	-
obs	-	-	89.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.559	-0.1933	0.0629	0.6393	0.0275	0.5598	-0.0034	0.0747	0.0597	-0.0408	0.0142	0.028	-0.0724	-0.0566	-0.0108	0.0523	0.0157	-0.0162	0.0367	0.0347	0.0644	-66.0053	21.8262	14.1731
2	0.2664	-0.0149	0.0327	0.5352	-0.1338	0.3148	0.0117	0.061	0.0253	-0.0032	-0.0044	0.045	-0.0133	-0.0928	-0.0073	0.0445	0.0101	-0.031	0.051	0.0083	0.0626	-68.7244	9.9012	17.6122
3	0.4276	0.043	-0.0995	0.9099	-0.4104	1.3232	0.026	0.0334	0.0787	0.0674	0.0434	0.2	-0.1496	-0.1973	-0.0694	0.084	0.0577	0.0084	0.0495	0.0069	0.1312	-79.941	28.5065	41.8986
4	0.4485	-0.1313	-0.2762	0.7229	0.3863	1.6604	-0.0207	-0.0363	0.0164	0.1199	-0.0049	0.0554	0.0253	-0.0776	0.0256	0.0499	0.0111	-0.0132	0.0154	0.0004	0.0669	-69.0954	12.8303	44.4766
5	0.296	0.1872	-0.0826	1.1592	0.3282	0.6624	-0.0349	0.0011	-0.0672	0.0518	0.0681	-0.1537	0.1832	0.0263	-0.0332	0.0832	-0.0046	-0.03	0.0158	-0.0072	0.0642	-57.4331	-15.3672	18.1129
6	0.6663	0.1722	0.0933	0.721	0.1058	0.9678	-0.0088	-0.0387	-0.0596	0.0204	0.0243	0.0482	0.1587	-0.1892	-0.0155	0.0798	-0.0651	-0.0239	0.0652	0.0256	0.0612	-73.7583	-21.8768	39.4669
7	0.2699	0.09	0.0214	0.5091	-0.0427	0.4158	0.0064	-0.0205	-0.0175	-0.0127	0.0063	0.0586	0.0723	-0.1505	-0.0126	0.0389	-0.034	-0.0178	0.0583	0.0027	0.0652	-73.8966	-9.9299	35.174
8	0.6603	0.1425	-0.4275	0.7756	-0.3598	1.7651	0.0011	0.0893	-0.0801	-0.1247	0.0273	0.1107	0.3123	-0.2499	-0.0285	0.1606	-0.0783	-0.0402	0.0702	-0.0306	0.1067	-71.8606	-29.637	8.7375
9	0.4781	-0.0283	0.1147	0.4872	0.2296	1.067	0.0188	0.0784	-0.0326	-0.1109	-0.002	0.0022	0.0628	-0.0833	-0.0168	0.0797	-0.0209	-0.0208	0.0293	-0.0095	0.0613	-64.0811	-14.5152	10.5391
10	0.2252	-0.249	-0.0738	1.481	0.0146	0.5417	-0.0255	0.0102	0.0552	0.052	0.0727	-0.1214	-0.108	0.0349	-0.0472	0.0425	-0.0048	-0.0171	0.0141	-0.0009	0.0678	-62.7508	14.8631	40.6955
11	0.971	-0.2325	0.5385	0.1685	-0.1721	0.8458	0.0729	-0.0767	-0.1998	-0.0065	0.0167	0.0025	0.0927	-0.0399	-0.0896	0.081	-0.0162	-0.0719	0.0088	0.0166	0.1585	-36.0753	-22.1189	49.8836
12	0.468	-0.0462	0.2063	0.2651	-0.2164	0.6454	0.0387	-0.0009	-0.0946	0.0094	0.016	-0.035	0.0302	0.0457	-0.0548	0.0456	0.0067	-0.0572	0.0094	-0.014	0.1115	-31.759	-13.5812	42.3518
13	1.0469	-0.2791	0.3476	1.1692	-0.2553	0.6865	-0.1306	-0.2952	0.0293	0.2162	0.09	-0.0903	-0.1234	-0.1336	0.0405	0.105	0.0616	-0.0691	0.1276	-0.0248	0.0786	-34.662	2.1638	70.756
14	0.8795	-0.3205	0.0912	0.5558	0.1267	0.9841	-0.0959	-0.1399	0.1039	0.0865	0.0736	-0.0479	-0.0914	-0.0798	0.0223	0.0555	0.0261	-0.0576	0.0295	-0.0194	0.0836	-41.8181	8.1686	53.8732
15	0.8508	0.3669	-0.6879	0.5443	-0.4326	1.7008	0.0186	0.1687	0.0442	-0.0554	0.058	0.0188	-0.0771	-0.1617	-0.0765	0.0494	0.019	-0.043	0.0394	-0.0114	0.105	-36.6982	-4.2324	16.3486
16	0.8775	-0.0651	-0.2059	0.4865	0.0979	0.6657	0.0208	0.062	0.1175	-0.0294	-0.0026	-0.0896	-0.1327	0.0676	-0.0182	0.0646	-0.0256	-0.0272	0.0183	0.0195	0.1339	-27.8068	20.8039	24.0494
17	0.4093	0.0885	-0.0572	0.4247	-0.1484	0.4831	-0.0036	0.026	0.0685	0.0142	0.0079	-0.0679	-0.0295	0.0504	-0.0044	0.0392	-0.0094	-0.0446	0.014	-0.0023	0.102	-28.9751	11.8082	32.9267
18	0.5779	0.0601	-0.0701	1.3389	0.08	0.7368	0.0175	0.1552	-0.0205	-0.0651	0.0218	-0.2513	-0.0181	0.1658	-0.0393	0.0463	-0.0041	-0.0079	0.1177	-0.0357	0.1448	-16.9573	-3.8632	6.8601
19	0.4759	-0.1323	-0.147	1.0023	0.4299	0.8857	0.0031	0.0959	-0.0759	-0.0041	0.0212	-0.0389	0.1008	0.0346	-0.0243	0.0312	0.0055	-0.0352	0.0287	-0.0224	0.0891	-31.991	-9.8028	17.4352
20	0.8932	-0.178	-0.1217	0.3695	-0.3872	2.0356	-0.0882	-0.1609	-0.0014	0.0411	0.1356	0.0586	0.0756	-0.2206	-0.0474	0.0598	0.0255	-0.0389	0.0749	-0.0067	0.1093	-46.6053	3.0388	52.4645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	127 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	258 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	400 - 469
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	470 - 496
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	127 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	259 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	382 - 469
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	470 - 496
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	6 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	130 - 257
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	258 - 402
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	403 - 469
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	470 - 496
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	6 - 126
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	127 - 257
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	258 - 401
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	402 - 469
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	470 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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