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万見
- PDB-5emb: Crystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emb
タイトルCrystal structure of the SNX27 PDZ domain bound to the C-terminal phosphorylated PTHR PDZ binding motif
要素
  • GLU-GLU-TRP-SEP-THR-VAL-MET
  • Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Endosome / PDZ domain / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic early endosome / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / response to methamphetamine hydrochloride / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / parathyroid hormone receptor activity / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / endosome to plasma membrane protein transport ...postsynaptic early endosome / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / response to methamphetamine hydrochloride / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / parathyroid hormone receptor activity / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / osteoblast development / endosomal transport / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / endosome to lysosome transport / bone mineralization / peptide hormone binding / immunological synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / bone resorption / cell maturation / ionotropic glutamate receptor binding / phosphatidylinositol binding / skeletal system development / intracellular protein transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / nervous system development / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / in utero embryonic development / early endosome / cell population proliferation / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Collins, B.M. / Clairfeuille, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A molecular code for endosomal recycling of phosphorylated cargos by the SNX27-retromer complex.
著者: Clairfeuille, T. / Mas, C. / Chan, A.S. / Yang, Z. / Tello-Lafoz, M. / Chandra, M. / Widagdo, J. / Kerr, M.C. / Paul, B. / Merida, I. / Teasdale, R.D. / Pavlos, N.J. / Anggono, V. / Collins, B.M.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: GLU-GLU-TRP-SEP-THR-VAL-MET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6592
ポリマ－11,6592
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.570, 48.330, 56.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27 / MAP-responsive gene protein / Methamphetamine-responsive transcript 1 protein / PDZ-protein Mrt1


分子量: 10569.952 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 39-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snx27, Mrt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K4V4
#2: タンパク質・ペプチド GLU-GLU-TRP-SEP-THR-VAL-MET


分子量: 1089.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03431*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10% PEG1000, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.7085 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→31.265 Å / Num. obs: 90806 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 0.85→0.86 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 2.06 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8J

4z8j


解像度: 0.85→10.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.275 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13567 2000 2.2 %RANDOM
Rwork0.1237 ---
obs0.12397 88390 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→10.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数781 0 0 182 963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.019840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.02843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0891.9871148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88831936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.725116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.10123.51437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.1815150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.853159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.81731683
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.747519
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.23451831
LS精密化 シェル解像度: 0.85→0.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 146 -
Rwork0.222 6440 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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