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- PDB-5eka: HU DNA-binding protein from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eka
タイトルHU DNA-binding protein from Thermus thermophilus
要素DNA-binding protein HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HU PROTEIN / HISTONE-LIKE PROTEIN / THERMOSTABLE DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Papageorgiou, A. / Adam, P. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Meijers, R. / Petratos, K. / Vorgias, C.E.
引用ジャーナル: Extremophiles / 年: 2016
タイトル: HU histone-like DNA-binding protein from Thermus thermophilus: structural and evolutionary analyses.
著者: Papageorgiou, A.C. / Adam, P.S. / Stavros, P. / Nounesis, G. / Meijers, R. / Petratos, K. / Vorgias, C.E.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4372
ポリマ－10,3451
非ポリマー921
水1,72996
1
A: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子

A: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8754
ポリマ－20,6912
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.464, 38.432, 44.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-263-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein HU / DNA-binding protein II / TL29


分子量: 10345.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DNA-binding protein HU from Thermus thermophilus. UniProtKB code: DBH_THET8
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: TTHA1349 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19436
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: Rod-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: Protein solutions of 14-18 mg/ml, Buffer: 0.2 M Na-formate, Precipitating agent: 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97631 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日 / 詳細: BIMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→44.9 Å / Num. obs: 10742 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 17.6 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.69→1.74 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 59.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B8Z

1b8z


解像度: 1.69→44.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.387 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25612 534 5 %RANDOM
Rwork0.19776 ---
obs0.20077 10208 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0 Å2
2---1.01 Å2-0 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数644 0 6 96 746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4772.009883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75931680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.011583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35324.28621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25215143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.624154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02125
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.452338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0131.446337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.592.164419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5932.169420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9291.845324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9291.845324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1042.621465
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.47213.452764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.412.523736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 27 -
Rwork0.23 454 -
obs--59.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04780.1245-0.215.3839-0.43840.93720.0364-0.0699-0.04270.3428-0.15990.097-0.02030.00780.12340.0229-0.01440.0070.1023-0.01170.022-1.871-0.0973.892
20.3061-0.06191.50550.0215-0.27848.58680.16430.1368-0.09-0.0883-0.01640.0020.43340.2363-0.14790.46760.091-0.02110.3623-0.07770.3477-1.76213.397-23.316
315.2443.63396.80991.98912.22363.3633-0.2150.3602-0.0581-0.32820.23190.008-0.24490.2321-0.01680.2381-0.01570.00050.20250.0250.1688-8.25515.415-22.924
46.272-7.37232.046811.1458-2.51883.76530.33680.1014-0.2068-0.6386-0.18690.05990.27320.2073-0.150.04950.02480.0020.1131-0.01330.05885.469-3.576-9.244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4A79 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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