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- PDB-6x8z: Crystal structure of N-truncated human B12 chaperone CblD(C262S)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8z
タイトルCrystal structure of N-truncated human B12 chaperone CblD(C262S)-thiolato-cob(III)alamin complex (108-296)
要素Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / cobalamin / vitamin B12 / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective MMADHC causes MMAHCD / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Cobalamin trafficking protein CblD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mascarenhas, R. / Li, Z. / Koutmos, M. / Banerjee, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1-DK045776 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: An Interprotein Co-S Coordination Complex in the B 12 -Trafficking Pathway.
著者: Li, Z. / Mascarenhas, R. / Twahir, U.T. / Kallon, A. / Deb, A. / Yaw, M. / Penner-Hahn, J. / Koutmos, M. / Warncke, K. / Banerjee, R.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial
B: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3104
ポリマ－43,6492
非ポリマー2,6612
水25214
1
A: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1552
ポリマ－21,8241
非ポリマー1,3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1552
ポリマ－21,8241
非ポリマー1,3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.222, 69.776, 64.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methylmalonic aciduria and homocystinuria type D protein, mitochondrial / CblD


分子量: 21824.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 108-296 / 変異: C262S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMADHC, C2orf25, CL25022, HSPC161, My011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3L0, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG8000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.637 Å / Num. obs: 15518 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.213 / Num. unique obs: 1736 / CC1/2: 0.593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5CV0

5cv0


解像度: 2.5→50.637 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 814 5.26 %
Rwork0.2493 14658 -
obs0.2509 15472 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.93 Å2 / Biso mean: 64.5675 Å2 / Biso min: 30.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 320 14 2722
Biso mean--90.42 49.96 -
残基数----308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.65670.38591370.31232411
2.6567-2.86180.37271150.31522434
2.8618-3.14970.31431420.30142432
3.1497-3.60540.30871330.25292432
3.6054-4.5420.23411510.22892457
4.542-50.6370.25621360.22262492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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