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- PDB-5ea1: Crystal Structure of SMARCA4 bromodomain in complex with MPD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ea1
タイトルCrystal Structure of SMARCA4 bromodomain in complex with MPD
要素Transcription activator BRG1
キーワードTRANSCRIPTION / four helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / neural retina development / npBAF complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / neural retina development / npBAF complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex / Formation of the non-canonical BAF (ncBAF) complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / nucleosome array spacer activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RSC-type complex / host-mediated activation of viral transcription / regulation of nucleotide-excision repair / nucleosome disassembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of Wnt signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / Interleukin-7 signaling / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / helicase activity / transcription coregulator binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of cell growth / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / positive regulation of miRNA transcription / kinetochore / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / fibrillar center / nuclear matrix / RMTs methylate histone arginines / p53 binding / transcription corepressor activity / nervous system development / heterochromatin formation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / : / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex ...SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lolli, G. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription activator BRG1
B: Transcription activator BRG1
C: Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1939
ポリマ－46,4843
非ポリマー7096
水3,819212
1
A: Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7313
ポリマ－15,4951
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7313
ポリマ－15,4951
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7313
ポリマ－15,4951
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.783, 86.783, 97.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERGLUGLUchain AAA1452 - 15654 - 117
2LEULEUGLUGLUchain BBB1451 - 15783 - 130
3LEULEUASPASPchain CCC1451 - 15693 - 121

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要素

#1: タンパク質 Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 15494.565 Da / 分子数: 3 / 断片: Bromodomain, UNP residues 1451-1580 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First two residues SM derive from the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG1000 (12.5%), PEG3350 (12.5%), MPD (12.5%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.39 Å / Num. obs: 28198 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 102791
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.053.70.6782.1751320350.7160.40798
8.94-43.393.80.01464126533210.00899.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5


解像度: 2→43.391 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 1411 5.01 %
Rwork0.1921 26767 -
obs0.1939 28178 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.63 Å2 / Biso mean: 31.6186 Å2 / Biso min: 16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 40 212 3220
Biso mean--27.65 35.44 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8654146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5041248
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1664X-RAY DIFFRACTION9.576TORSIONAL
12B1664X-RAY DIFFRACTION9.576TORSIONAL
13C1664X-RAY DIFFRACTION9.576TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0002-2.07170.2941400.25212647278798
2.0717-2.15470.27161390.23022648278799
2.1547-2.25270.25661410.21392660280199
2.2527-2.37150.23181400.20782667280799
2.3715-2.52010.23931420.212926782820100
2.5201-2.71460.2521410.213826792820100
2.7146-2.98770.24221410.205126772818100
2.9877-3.41990.23921410.199926782819100
3.4199-4.30810.20081420.160526982840100
4.3081-43.40170.19131440.165227352879100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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