PDB-5e9y: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with MPD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9y

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with MPD

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9y.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9y.ent.gz	47.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5dyxC 5e9iC 5e9kC 5e9lC 5e9mC 5ea1C 4ir5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mgg-d 5dyx-d 5mgf-d 5l98-d 5pc0-d 6fgt-d 5e9m-d 5pc9-d 5mge-d 6fgu-d 5pbm-d 5cq3-d 5e9k-d 5pbg-d 5pbo-d 5pce-d 4cur-d 5l8t-d 5pf3-d 5pbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.317, 96.190, 57.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 1858-1971 / 由来タイプ: 組換発現詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→48.1 Å / Num. obs: 27621 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 181473

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.65-1.68	6.7	0.633	2.9	8915	1336	0.938	0.263	99.9
9.04-48.1	5.8	0.04	47.9	1155	199	0.997	0.018	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5

解像度: 1.65→42.289 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	1400	5.08 %
R_work	0.178	26157	-
obs	0.1794	27557	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.59 Å² / B_iso mean: 39.9377 Å² / B_iso min: 21.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→42.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	8	145	1100
B_iso mean	-	-	49.34	47.48	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	1312
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.282	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.709	0.2881	146	0.2799	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7774	0.3113	133	0.2407	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8583	0.2324	121	0.2155	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8583-1.9563	0.2007	133	0.2043	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-2.0788	0.221	150	0.1978	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0788-2.2393	0.2057	138	0.1772	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2393-2.4647	0.2114	148	0.176	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4647-2.8213	0.2404	142	0.1765	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8213-3.5542	0.2145	143	0.1867	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5542-42.289	0.1704	146	0.1566	2753	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2044	-0.523	-0.6663	0.1099	0.2082	0.038	-0.516	-0.4457	-0.6641	-0.1256	0.0037	0.1588	-0.2672	0.1234	0.5011	0.3994	-0.0378	-0.0094	0.5026	0.0758	0.4945	1.4569	-34.1865	-9.7648
2	7.4402	-4.1756	-4.2281	3.6231	2.8518	3.9264	-0.1141	0.1858	-0.565	0.2566	-0.1112	0.3246	0.3135	-0.0657	0.1963	0.2311	0.0159	-0.0425	0.2235	0.0023	0.3617	-20.4577	-29.4303	-2.3904
3	2.3615	0.0776	-0.1968	4.3603	-0.137	1.7256	-0.0176	-0.0558	0.2511	-0.2044	0.1127	0.2663	-0.2588	-0.0722	-0.1042	0.2689	0.0376	-0.0015	0.2144	-0.0031	0.2602	-25.0447	-10.0213	-3.1535
4	2.1274	-0.9934	-0.2792	2.407	0.4163	2.2675	0.0963	0.1809	-0.0489	-0.1671	-0.1027	0.0085	-0.0578	0.2048	0.0072	0.1896	0.0134	-0.0209	0.2405	-0.0047	0.2132	-16.809	-19.0674	-5.5395
5	2.6608	-1.1627	-0.4757	6.0796	0.7042	4.086	-0.44	-0.4338	-0.1099	1.1091	0.1969	-0.0428	0.1213	0.404	0.1277	0.3426	0.0646	-0.0217	0.3398	0.0363	0.2162	-17.7798	-20.1237	7.2104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1883 through 1910 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1911 through 1943 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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