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- PDB-5e98: Crystal structure of human heparanase in complex with HepMer M04S02a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+98
タイトルCrystal structure of human heparanase in complex with HepMer M04S02a
要素(Heparanase) x 2
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / heparan / protein / sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport / syndecan binding / vascular wound healing / angiogenesis involved in wound healing / establishment of endothelial barrier / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / lysosomal lumen / cell-matrix adhesion / : / extracellular matrix / specific granule lumen / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / P-NITROPHENOL / Heparanase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Wu, L. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)AdG 322942 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of human heparanase reveals insights into substrate recognition.
著者: Wu, L. / Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Davies, G.J.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / chem_comp / computing / diffrn / entity / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.d_resolution_low / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_asym.entity_id / _struct_keywords.text / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Ligand geometry / 詳細: geometry of heparan sulfate ligand corrected / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparanase
B: Heparanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7959
ポリマ－52,2762
非ポリマー1,5197
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.790, 71.290, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heparanase / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase
#2: タンパク質 Heparanase / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 8542.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 611.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAb1-4DGlcpNSa1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O]/1-2-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 246分子

#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES [5.5] 0.1 M MgCl2 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.45 Å / Num. obs: 61989 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.077 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4543 / CC1/2: 0.465 / Rpim(I) all: 0.625

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m


解像度: 1.63→38.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 2.135 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0.906 / Average fsc work: 0.9146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 3083 4.975 %from apo structure
Rwork0.1697 58885 --
all0.171 ---
obs-61968 99.454 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20.351 Å2
2---1.096 Å20 Å2
3----0.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 54 243 3983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.6775206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4121.6048370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6965459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90121.823181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77815648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5091522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.23264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21671
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2690.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3020.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2033.3661839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1943.3641838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4355.0362297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4355.0382298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3493.9871999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3523.9841996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4425.7562909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4395.7552908
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.241.0464226
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.20540.9974217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.6720.2832150.34323X-RAY DIFFRACTION99.6268
1.672-1.7180.2881960.2824249X-RAY DIFFRACTION99.9325
1.718-1.7680.2922130.2574168X-RAY DIFFRACTION99.7723
1.768-1.8220.2812220.2424004X-RAY DIFFRACTION99.7639
1.822-1.8820.252080.2083849X-RAY DIFFRACTION99.8278
1.882-1.9480.2142000.1893745X-RAY DIFFRACTION99.8229
1.948-2.0210.2282030.1823637X-RAY DIFFRACTION99.844
2.021-2.1040.2251740.193509X-RAY DIFFRACTION99.6752
2.104-2.1970.221710.1743342X-RAY DIFFRACTION99.8579
2.197-2.3050.2341700.1753221X-RAY DIFFRACTION99.8234
2.305-2.4290.2191650.1633036X-RAY DIFFRACTION99.8752
2.429-2.5760.2161570.1612888X-RAY DIFFRACTION99.5749
2.576-2.7540.2211500.1662691X-RAY DIFFRACTION99.2663
2.754-2.9740.2371310.1682495X-RAY DIFFRACTION98.8333
2.974-3.2580.2041340.1692316X-RAY DIFFRACTION98.7903
3.258-3.6410.1961000.162088X-RAY DIFFRACTION98.6919
3.641-4.2030.1531020.1411853X-RAY DIFFRACTION98.3895
4.203-5.1440.145790.1291571X-RAY DIFFRACTION98.6842
5.144-7.2590.2570.1681222X-RAY DIFFRACTION97.6336
7.259-38.450.218360.169679X-RAY DIFFRACTION96.1021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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