PDB-5e7b: Structure of a nanobody (vHH) from camel against phage Tuc2009 RB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e7b

タイトル

Structure of a nanobody (vHH) from camel against phage Tuc2009 RBP (BppL, ORF53)

要素

nanobody nano-L06

キーワード

IMMUNE SYSTEM / bacteriophages / Lactococcus lactis / receptor binding protein / single-chain nanobody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. ...

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: The Atomic Structure of the Phage Tuc2009 Baseplate Tripod Suggests that Host Recognition Involves Two Different Carbohydrate Binding Modules.
著者: Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.

履歴

登録	2015年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月4日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e7b.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e7b.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e7b_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e7b_full_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示
XML形式データ	5e7b_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	5e7b_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e7fC 5e7tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jqx-3 4co7-2 6vsi-d 3jqw-2 3sed-d 4j8t-1 5htg-1 3rh0-2 3kwi-2 1d6o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody nano-L06

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.080, 52.080, 162.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-314- HOH

#1: 抗体	nanobody nano-L06 分子量: 14164.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: obtained upon immunization 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: mixing 100-300 nl of 12 mg.mL-1 protein (Na2HPO4, 10 mM; KH2PO4, 1.8 mM, pH7.4; NaCl, 137 mM; KCl, 2.7mM) with 100 nl precipitant solution in 25-30 % PEG4000, 0.2 M Imidazole (pH 6.0). PH範囲: 7.2 - 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.86 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→45.1 Å / Num. all: 51977 / Num. obs: 52014 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 19.2 % / R_merge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.1→14.97 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	4719	4.87 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1595	96986	96.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→14.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	938	0	0	185	1123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.367	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.131	395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	165
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.1125	0.3059	152	0.316	2905	X-RAY DIFFRACTION	91
1.1125-1.1256	0.3075	152	0.2702	2939	X-RAY DIFFRACTION	93
1.1256-1.1393	0.2561	159	0.2536	2999	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1393-1.1537	0.2701	156	0.2346	3021	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1537-1.1689	0.2536	157	0.2375	2999	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1689-1.1849	0.2716	163	0.2334	3067	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1849-1.2018	0.2725	156	0.228	2958	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2018-1.2198	0.2586	163	0.2227	3060	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2198-1.2388	0.2589	165	0.224	3039	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2388-1.2591	0.2503	160	0.2115	2999	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2591-1.2808	0.2859	162	0.1988	3052	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2808-1.3041	0.1931	158	0.1991	3104	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3041-1.3291	0.2276	158	0.1914	3043	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3291-1.3563	0.222	157	0.1929	3039	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3563-1.3857	0.2154	166	0.1879	3076	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3857-1.4179	0.208	161	0.1759	3066	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4179-1.4534	0.1773	166	0.1609	3114	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4534-1.4926	0.1955	164	0.1689	3069	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4926-1.5365	0.1922	163	0.1633	3109	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5365-1.5861	0.1535	163	0.1543	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5861-1.6427	0.1811	167	0.1491	3120	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6427-1.7084	0.1818	159	0.1512	3102	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7084-1.786	0.1741	163	0.1471	3117	X-RAY DIFFRACTION	98
1.786-1.88	0.1541	164	0.1457	3150	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.9975	0.1647	93	0.1371	3205	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9975-2.1513	0.1264	120	0.1383	3190	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1513-2.3671	0.1668	157	0.1403	3159	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3671-2.7078	0.1664	162	0.1543	3142	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7078-3.4049	0.1805	160	0.1516	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4049-14.9718	0.2076	173	0.1448	3169	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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