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万見
- PDB-3kwi: X-ray structure of NS1 effector domain W187Y mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kwi
タイトルX-ray structure of NS1 effector domain W187Y mutant
要素Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza / NS1 / effector domain / Alternative splicing / Host cytoplasm / Host nucleus / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / signaling receptor inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / signaling receptor inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / signaling receptor binding / host cell nucleus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Xia, S. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of NS1 effector domain mutants.
著者: Xia, S. / Robertus, J.D.
履歴
登録2009年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0292
ポリマ－32,0292
非ポリマー00
水1,49583
1
A: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0141
ポリマ－16,0141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0141
ポリマ－16,0141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.991, 60.236, 132.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 16014.423 Da / 分子数: 2 / 断片: NS1 effector domain / 変異: W187Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: influenza A/Udorn/72 virus / 遺伝子: NS / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P03495
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 0.3M magnesium formate and 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月22日 / 詳細: VARIMAX
放射モノクロメーター: VARIMAX OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 19795 / Num. obs: 18310 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 51.4
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 62.2 / Num. unique all: 1771 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EE9

3ee9


解像度: 2.21→36.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.059 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25762 983 5.1 %RANDOM
Rwork0.22184 ---
all0.22362 19795 --
obs0.22362 18310 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→36.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 0 0 83 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0031.9762603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.51634243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29224.26882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74215353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0071513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2213486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3451935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5397733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.85111668
LS精密化 シェル解像度: 2.213→2.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 54 -
Rwork0.292 1155 -
obs--83.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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