PDB-5e7f: Complex between lactococcal phage Tuc2009 RBP head domain and a n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e7f

タイトル

Complex between lactococcal phage Tuc2009 RBP head domain and a nanobody (L06)

要素

Major structural protein 1
nanobody L06

キーワード

VIRAL PROTEIN / bacteriophages / Lactococcus lactis / Siphoviridae / receptor binding protein / single-chain nanobody

機能・相同性

Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Major structural protein 1

機能・相同性情報

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. ...

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: The Atomic Structure of the Phage Tuc2009 Baseplate Tripod Suggests that Host Recognition Involves Two Different Carbohydrate Binding Modules.
著者: Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.

履歴

登録	2015年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2018年10月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_strain
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e7f.cif.gz	305 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e7f.ent.gz	251.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e7f_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e7f_full_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示
XML形式データ	5e7f_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	5e7f_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e7bC 5e7tC 5efbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1v6t-1 6lf4-d 4hem-d 5wkn-d 5nnw-d 5k31-3 3v1k-1 6ldq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody L06

B: nanobody L06

C: nanobody L06

G: Major structural protein 1

H: Major structural protein 1

I: Major structural protein 1

99.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.730, 88.040, 147.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	nanobody L06 分子量: 14164.479 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: blood (immunization) 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質	Major structural protein 1 分子量: 18979.213 Da / 分子数: 3 / Fragment: head domain, UNP residues 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved by trypsin 由来: (組換発現) Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ) 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q38610
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: mixing 300 nl of protein (10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl) with 100 nl precipitant solution (25-30 % PEG4000, 0.2 M Imidazole pH 6.0, or 0.1 M Tris pH 8.0). PH範囲: 7.5 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.1 Å / Num. obs: 31023 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 75.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
MOLREP		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5efb

5efb

解像度: 2.7→34.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8783 / SU R Cruickshank DPI: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.457 / SU R_free Blow DPI: 0.24 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.244

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2079	1550	5 %	RANDOM
R_work	0.1941	-	-	-
obs	0.1948	31009	99.93 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.5784 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-21.1031 Å²	0 Å²
3-	-	-	36.6815 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.395 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5848	0	0	40	5888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	6009	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	8167	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1945	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		135	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		902	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6009	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.29
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		776	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6765	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.79 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3565	140	4.98 %
R_work	0.2805	2672	-
all	0.2841	2812	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2811	-0.3953	0.2145	1.8985	-0.8261	5.6786	0.0678	0.0813	0.1017	-0.1246	-0.0673	-0.0392	0.1707	0.2417	-0.0005	-0.056	0.041	-0.0407	-0.0968	0.0594	-0.0652	-47.3605	-22.1029	83.3477
2	3.6205	-0.3522	-0.6375	5.2314	-0.0204	4.0052	-0.0092	0.1529	-0.4724	-0.0675	-0.0136	-0.0739	0.6601	0.1875	0.0229	0.3917	0.0995	0.0464	0.0188	-0.0958	0.0161	-10.2613	-51.8474	61.9274
3	2.83	1.1649	-0.0917	2.3056	0.3767	4.4083	-0.1193	0.2092	0.0671	-0.2211	0.0215	-0.1819	-0.2817	0.1587	0.0979	0.0617	0.0081	0.0193	-0.1783	-0.0055	-0.076	-36.0561	-69.671	107.343
4	3.9059	-0.2923	0.2543	2.4607	-0.4223	3.5313	0.0465	-0.0415	-0.0547	0.113	-0.0331	0.0027	-0.2351	0.2767	-0.0134	0.0546	0.0225	0.0643	-0.1315	0.0463	-0.1527	-26.0304	-35.7652	104.255
5	0.9	-0.8512	-0.9597	1.6246	0.155	5.6689	0.0694	-0.1378	0.0147	0.1216	-0.0402	-0.1372	-0.1028	0.3797	-0.0292	-0.033	-0.0597	0.0643	-0.0283	0.0719	0.0152	-12.9847	-32.2385	88.6179
6	2.6208	1.3586	-0.3292	3.1066	-0.2888	3.4421	-0.0694	-0.1718	-0.3259	0.0114	-0.1103	-0.4734	0.4311	0.2665	0.1796	0.0542	0.1803	0.0799	0.0453	0.0669	0.0723	-11.8926	-50.0618	99.0792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ G\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ I\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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